Sekvenciranje cijelog genoma biljke/životinje
Service značajke
● Priprema knjižnice može biti standardna ili bez PCR-a
● Dostupno u 4 platforme za sekvenciranje: Illumina Novaseq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 ili Pacbio Revio.
● Bioinformatička analiza usredotočena na otkrivanje varijanti: SNP, Indel, SV i CNV
Prednosti usluge
●Opsežna zapisa o stručnosti i publikacijama: Akumulirano iskustvo u sekvenciranju genoma za preko 1000 vrsta rezultiralo je preko 1000 objavljenih slučajeva s kumulativnim faktorom udara od preko 5000.
●Sveobuhvatna analiza bioinformatike: Uključujući pozivanje varijacija i napomenu funkcije.
● Podrška nakon prodaje:Naša predanost proteže se izvan završetka projekta s 3-mjesečnom razdoblju nakon prodaje. Za to vrijeme nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i Q&A sjednice za rješavanje bilo kakvih upita vezanih za rezultate.
●Sveobuhvatna napomena: Koristimo više baza podataka za funkcionalno bilježenje gena s identificiranim varijacijama i provodimo odgovarajuću analizu obogaćivanja, pružajući uvid u više istraživačkih projekata.
Specifikacije usluge
| Varijante koje treba identificirati | Strategija sekvenciranja | Preporučena dubina |
| SNP i Indel | Illumina Novaseq PE150 ili mgi t7 | 10x |
| SV i CNV (manje precizni) | 30x | |
| SV i CNV (točniji) | Nanopore maturant P48 | 20x |
| SNP -ovi, indeksi, SV i CNV | Pacbio Revio | 10x |
Zahtjevi za uzorkovanje
| Tkivo ili ekstrahirane nukleinske kiseline | Illumina/MGI | Nanopora | Pacbio
| ||
| Životinjska viscera | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Životinjski mišić | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Krv sisavaca | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Krv peradi/ribe | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Biljka- svježi list | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Kultivirane stanice |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Meko tkivo/pojedinac insekata | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Izvađena DNK
| Koncentracija: ≥ 1 ng/ µl Iznos: ≥ 30 ng Ograničena ili nikakva degradacija ili onečišćenje
| Koncentracija Iznositi
OD260/280
OD260/230
Ograničena ili nikakva degradacija ili onečišćenje
| ≥ 40 ng/ µl 4 µg/protočna ćelija/uzorak
1.7-2.2
≥1,5 | Koncentracija Iznositi
OD260/280
OD260/230
Ograničena ili nikakva degradacija ili onečišćenje | ≥ 50 ng/ µl 10 µg/protočna ćelija/uzorak
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Priprema knjižnice bez PCR-a: Koncentracija≥ 40 ng/ µl Iznos≥ 500 ng | |||||
Servisni rad protoka
Dostava uzorka
Vađenje DNK
Konstrukcija knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Dostava podataka
Uključuje sljedeću analizu:
- Sirova kontrola kvalitete podataka
- Statistika usklađivanja s referentnim genomom
- Identifikacija varijante: SNP, Indel, SV i CNV
- Funkcionalna napomena varijanti
Statistika usklađivanja s referentnim genomu - raspodjela dubine sekvenciranja
SNP pozivanje među više uzoraka
Indel Identifikacija-Statistika duljine indela u regiji CDS i regiji za cijelu genom
Varijantna raspodjela kroz genom - Circos crtež
Funkcionalna napomena gena s identificiranim varijantama - genska ontologija
Chai, Q. i sur. (2023.) 'GHTT19 GHTT19 glutation S -transferaza određuje pigmentaciju latica cvijeća putem regulacije akumulacije antocijanina u pamuku', Plant Biotechnology Journal, 21 (2), str. 433. doi: 10.1111/pbi.13965.
Cheng, H. i sur. (2023.) 'Divlja hevea brasiliensis genom na razini kromosoma pruža nove alate za uzgoj i vrijedne lokusima uz pomoć genomske potpore za povećanje prinosa gume', Plant Biotechnology Journal, 21 (5), str. 1058–1072. doi: 10.1111/pbi.14018.
Li, A. i sur. (2021) 'Genom estuarinske kamenice daje uvid u klimatski utjecaj i adaptivnu plastičnost', Komunikacijska biologija 2021 4: 1, 4 (1), str. 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. i sur. (2022) 'Analiza promjena genoma i metilacije u kineskim autohtonim pilićima tijekom vremena pruža uvid u očuvanje vrsta', komunikacijska biologija, 5 (1), str. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
