PacBio 2+3 mRNA otopina pune duljine
Značajke
● Dizajn studije:
Skupni uzorak sekvenciran s PacBio za identifikaciju izoformi transkripta
Odvojeni uzorci (replikati i uvjeti za testiranje) sekvencirani sNGS za kvantificiranje ekspresije transkripta
● PacBio sekvenciranje u CCS modu, generiranje HiFi čitanja
● Redoslijed cjelovečernjih transkripata
● Analiza ne zahtijeva referentni genom; međutim, može se koristiti
● Bioinformatska analiza uključuje ne samo ekspresiju na razini gena i izoforme, već i analizu lncRNA, genskih fuzija, poliadenilacije i strukture gena
Prednosti
● Visoka točnost: HiFi očitava s točnošću >99,9% (Q30), usporedivo s NGS-om
● Analiza alternativnog spajanja: sekvenciranje svih transkripata omogućuje identifikaciju i karakterizaciju izoforme.
● Kombinacija PacBio i NGS snaga: omogućavanje kvantifikacije ekspresije na razini izoforme, otkrivanje promjena koje mogu biti maskirane kada se analizira cjelokupna ekspresija gena
● Opsežna stručnost: s iskustvom u dovršavanju preko 1100 PacBio projekata transkriptoma pune duljine i obradi preko 2300 uzoraka, naš tim donosi bogato iskustvo u svaki projekt.
● Podrška nakon prodaje: naša predanost proteže se i nakon završetka projekta s 3-mjesečnim servisnim razdobljem nakon prodaje. Tijekom tog vremena nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i sesije s pitanjima i odgovorima kako bismo odgovorili na sva pitanja povezana s rezultatima.
Zahtjevi za uzorke i isporuka
| Knjižnica | Strategija sekvenciranja | Preporučeni podaci | Kontrola kvalitete |
| PolyA obogaćena mRNA CCS biblioteka | PacBio nastavak II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poli A obogaćen | Ilumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nukleotidi
|
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistoća | Integritet |
| Knjižnica Illumina | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu se vidi ograničena ili nikakva kontaminacija proteinima ili DNK. | Za biljke: RIN≥4,0; Za životinje: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; ograničena ili nikakva osnovna elevacija |
| PacBio knjižnica | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu se vidi ograničena ili nikakva kontaminacija proteinima ili DNK. | Biljke: RIN≥7,5 Životinje: RIN≥8,0 5,0≥28S/18S≥1,0; ograničena ili nikakva osnovna elevacija |
Preporučena dostava uzoraka
Spremnik: epruveta za centrifugu od 2 ml (ne preporučuje se limena folija)
Označavanje uzorka: Grupa + ponavljanje npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pošiljka:
1. Suhi led:Uzorke je potrebno pakirati u vreće i zakopati u suhi led.
2. RNAstable epruvete: RNA uzorci se mogu osušiti u RNA stabilizacijskoj epruveti (npr. RNAstable®) i poslati na sobnoj temperaturi.
Uključuje sljedeću analizu:
Kontrola kvalitete sirovih podataka
Analiza alternativne poliadenilacije (APA)
Analiza fuzijskog transkripta
Analiza alternativnog spajanja
Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) analiza
Nova analiza transkripta: predviđanje kodirajućih sekvenci (CDS) i funkcionalna anotacija
Analiza lncRNA: predviđanje lncRNA i ciljeva
mikrosatelitska identifikacija (SSR)
Analiza različito izraženih transkripata (DET).
Analiza diferencijalno izraženih gena (DEGs).
Funkcionalna oznaka DEG-ova i DET-ova
BUSCO analiza
Analiza alternativnog spajanja
Analiza alternativne poliadenilacije (APA)
Diferencijalno izraženi geni (DEGs) i transkripti (DETs9 analiza
Protein-Protein interakcijske mreže DET-a i DEG-a
Istražite napredak koji omogućuje BMKGene PacBio 2+3 sekvenciranje mRNA pune duljine kroz odabranu zbirku publikacija.
Chao, Q. i sur. (2019) 'Razvojna dinamika transkriptoma stabljike vrste Populus', Plant Biotechnology Journal, 17(1), str. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. i sur. (2022.) 'Dinamičke promjene u sadržaju askorbinske kiseline tijekom razvoja i sazrijevanja plodova Actinidia latifolia (voćke kulture bogate askorbatom) i povezani molekularni mehanizmi', Međunarodni časopis za molekularne znanosti, 23(10), str. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. i sur. (2022.) 'Učinkovito predviđanje gena biosintetskog puta uključenih u bioaktivne polifiline u Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), str. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. i sur. (2023) 'Kombinirana PacBio Iso-Seq i Illumina RNA-Seq analiza transkriptoma Tuta absoluta (Meyrick) i gena citokroma P450', Insekti, 14(4), str. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019.) 'Istraživanje složenosti transkriptoma korištenjem analize PacBio jedne molekule u stvarnom vremenu u kombinaciji s Illumina RNA sekvenciranjem za bolje razumijevanje biosinteze ricinolne kiseline u Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), str. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/SLIKE/7.
