Neodređeni sekvenciranje mRNA-ngs
Značajke
● Snimanje poli mRNA prije pripreme knjižnice
● Neovisno o bilo kojem referentnom genomu: na temelju de novo sastavljanja transkripata, generirajući popis unigena koji su označeni s više baza podataka (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, Eggnog, PFAM, GO, KEGG)
● Sveobuhvatna bioinformatička analiza ekspresije gena i strukture transkripta
Prednosti usluge
●Opsežna stručnost: S zapisom o obradi preko 600 000 uzoraka na BMKGENE -u, obuhvaćajući različite vrste uzoraka kao što su stanične kulture, tkiva i tjelesna tekućina, naš tim donosi mnoštvo iskustava svakom projektu. Uspješno smo zatvorili preko 100 000 projekata mRNA-seq u različitim istraživačkim domenama.
●Rigorozna kontrola kvalitete: Provodimo temeljne kontrolne točke u svim fazama, od uzoraka i pripreme knjižnice do sekvenciranja i bioinformatike. Ovo pažljivo praćenje osigurava davanje dosljedno visokokvalitetnih rezultata.
● Sveobuhvatna napomena: Koristimo više baza podataka za funkcionalno bilježenje različito eksprimiranih gena (DEG) i provodimo odgovarajuću analizu obogaćivanja, pružajući uvid u stanične i molekularne procese koji su u osnovi odgovora transkripta.
●Podrška nakon prodaje: Naša predanost proteže se izvan završetka projekta s 3-mjesečnom razdoblju nakon prodaje. Za to vrijeme nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i Q&A sjednice za rješavanje bilo kakvih upita vezanih za rezultate.
Uzorak zahtjeva i isporuka
| Knjižnica | Strategija sekvenciranja | Podaci preporučeni | Kontrola kvalitete |
| Poly A obogaćeno | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Zahtjevi uzorka:
Nukleotidi:
| Conc. (Ng/μl) | Količina (μg) | Čistoća | Integritet |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Ograničena ili bez kontaminacije proteina ili DNA prikazana na gelu. | Za biljke: Rin≥4.0; Za životinje: Rin≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; Ograničeno ili nema osnovne visine |
● Biljke:
Korijen, stabljika ili latica: 450 mg
List ili sjeme: 300 mg
Voće: 1,2 g
● životinja:
Srce ili crijevo: 300 mg
Viscera ili mozak: 240 mg
Mišić: 450 mg
Kosti, kosa ili koža: 1g
● Arthropods:
Insekti: 6g
Crustacea: 300 mg
● Cijela krv: 1 cijev
● Stanice: 106 stanice
Preporučena isporuka uzorka
Kontejner: 2 ml cijev za centrifugu (limena folija se ne preporučuje)
Oznaka uzoraka: grupa+replicirati npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pošiljka:
1. Suhi led: Uzorci se moraju spakirati u vrećice i zakopani u suhi led.
2. RNASTable Epruvete: Uzorci RNA mogu se sušiti u cijevi za stabilizaciju RNA (npr. RNastable®) i isporučuju se na sobnoj temperaturi.
Servisni rad protoka
Eksperiment dizajn
Dostava uzorka
Vađenje RNA
Konstrukcija knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Bioinformatika
Transkriptomiranje i odabir unigena
Unigena napomena
Korelacija uzorka i procjena bioloških replika
Diferencijalno eksprimirani geni (DEG)
Funkcionalna napomena DEG -a
Funkcionalno obogaćivanje DEG -a
Istražite napredovanje koje je omogućilo BMKGENE -ove eukariotske NGS usluge sekvenciranja mRNA kroz kuriranu zbirku publikacija.
Shen, F. i sur. (2020) 'De novo transkripta i ekspresija gena u pristrani spolu u gonadama amurskog soma (Silurus asotus)', Genomics, 112 (3), str. 2603–2614. doi: 10.1016/j.ygeno.2020.01.026.
Zhang, C. i sur. (2016) 'Analiza transkripta metabolizma saharoze tijekom oteklina žarulje i razvoja luka (Allium Cepa L.)', Frontiers in Birce Science, 7. rujna), str. 212763. Doi: 10.3389/fpls.2016.01425/Bibtex.
Zhu, C. i sur. (2017) 'De novo sastavljanje, karakterizacija i napomena za transkript Sarcocheilichthys sinensis', PLOS ONE, 12 (2). doi: 10.1371/journal.pone.0171966.
Zou, L. i sur. (2021) 'De novo analiza transkripta daje uvid u toleranciju soli Podocarpus makrofila pod stresom slanosti', BMC biljna biologija, 21 (1), str. 1–17. doi: 10.1186/s12870-021-03274-1/figure/9.
