mRNA-seq (NGS) s referentnim genomom
RNA-seq je standardni alat u znanostima o životu i usjevima, premošćujući jaz između genoma i proteoma. Njegova snaga leži u otkrivanju novih transkripata i kvantificiranju njihove ekspresije u jednom testu. Naširoko se koristi za komparativne transkriptomske studije, bacajući svjetlo na gene povezane s različitim osobinama ili fenotipovima, poput usporedbe mutanata s divljim tipovima ili otkrivanja ekspresije gena pod određenim uvjetima. BMKCloud mRNA(Reference) APP integrira kvantifikaciju ekspresije, diferencijalnu ekspresijsku analizu (DEG) i analizu strukture sekvence u mRNA-seq(NGS) bioinformatički cjevovod i ujedinjuje prednosti sličnog softvera, osiguravajući praktičnost i lakoću korištenja. Korisnici mogu prenijeti svoje RNA-seq podatke u oblak, gdje aplikacija nudi sveobuhvatno rješenje za bioinformatičku analizu na jednom mjestu. Osim toga, daje prednost korisničkom iskustvu, nudeći personalizirane operacije prilagođene specifičnim potrebama korisnika. Korisnici mogu postaviti parametre i sami predati misiju cjevovoda, provjeriti interaktivno izvješće, pregledati podatke/dijagrame i dovršiti rudarenje podataka, kao što su: izbor ciljnog gena, funkcionalno klasteriranje, dijagramiranje itd.
Platforma:Ilumina, MGI
Strategija:RNA-Seq
Izgled: Parirano, čisti podaci.
Vrsta biblioteke:fr-unstranded, fr-firststrand ili fr-secondstrand
Dužina čitanja:150 bp
Vrsta datoteke:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz ili *.fq.gz. Sustav ćeautomatski upariti .fastq datoteke prema njihovim nazivima datoteka,npr. *_1.fastq upareno s *._2.fastq.
Broj uzoraka:Nema ograničenja u brojuuzoraka, ali će se vrijeme analize povećavati s povećanjem brojauzorci rastu.
Preporučena količina podataka:6G po uzorku