T2T skup genoma, genom bez praznina
1stDva gena riže1
Naslov: Sastavljanje i validacija dva referentna genoma bez praznina za Xian/Indica Rice otkriva uvid u arhitekturu biljnih centromera
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Objavljeno vrijeme: 01. siječnja 2021.
Institut: poljoprivredno sveučilište Huazhong, Kina
Materijal
O. sativa xian/indicasorte riže 'Zhenshan 97 (ZS97)' i 'Minghui 63 (MH63)
Strategija sekvenciranja
Ngs čita + hifi čita + clr čita + bionano + hi-c
Podaci:
ZS97: 8,34 GB （~ 23X） HIFI čita + 48,39 GB (~ 131x) CLR čita + 25 GB (~ 69x) NGS + 2 Bionano IRys ćelije
MH63: 37,88 GB (~ 103x) HIFI čita + 48,97 GB (~ 132x) CLR čita + 28 GB (~ 76x) ngs + 2 Bionano IRys ćelije
Slika 1 Dva genoma riže bez praznina (MH63 i ZS97)
2ndGenom banane2
Naslov: Telomere-do-telomere kromosomi banane bez praznina pomoću sekvenciranja nanopora
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Objavljeno vrijeme: 17. travnja 2021.
Institut: Université Paris-Saclay, Francuska
Materijal
Dvostruki haploidanMusa Acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Strategija sekvenciranja i podaci:
HISEQ2500 PE250 Način+ Minion/ Promethion (93GB, ~ 200x)+ Optička karta (DLE-1+ BSPQ1)
Tablica 1 Usporedba sklopova genoma Musa Acuminata (DH-Pahang)
Slika 2 Usporedba arhitekture Musa Genomes
3rdPhaeodactylum tricornutum genom3
Naslov: sklop genoma telomera-telomeraP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Objavljeno vrijeme: 04. svibnja 2021
Institut: Zapadno sveučilište, Kanada
Materijal
Phaeodactylum tricornutum(Zbirka kulture algi i protozoa CCAP 1055/1)
Strategija sekvenciranja i podaci:
1 Oxford Nanopore Minion Flow Cell + A 2 × 75 Uparen-End Mid-Output NextSeq 550 Run
Slika 3 tijek rada za sklop genoma telomera do telomera
4thLjudski chm13 genom4
Naslov: Kompletan slijed ljudskog genoma
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Objavljeno vrijeme: 27. svibnja 2021
Institut: Nacionalni instituti za zdravstvo (NIH), SAD
Materijali: stanična linija CHM13
Strategija sekvenciranja i podaci:
30 × Pacbio kružni sekvenciranje konsenzusa (HIFI), 120 × Oxford Nanopore ultra dugačko čitanje sekvenciranja, 100 × Illumina sekvenciranje bez PCR-a (ILMN), 70 × Illumina / ARIMA genomika Hi-C (HI-C), Bionano Optic Maps, i Strand-Seq
Tablica 2 Usporedba GRCH38 i T2T-CHM13 sklopova ljudskog genoma
Referenca
1.Sergey Nurk i sur. Kompletan slijed ljudskog genoma. Biorxiv 2021.05.26.445798; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.karolin Belser i sur. Telomere-telomere kromosomi bez jaza banane pomoću sekvenciranja nanopora. Biorxiv 2021.04.16.440017; doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere i sur. Sastavljanje genoma telomera-telomera Phaeodactylum tricornutum. Biorxiv 2021.05.04.442596; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-ming Song i sur. Sastavljanje i validacija dva referentna genoma bez razmaka za Xian/indica rižu otkriva uvid u arhitekturu biljnog centromera. Biorxiv 2020.12.24.424073; doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Post vremena: siječnja-06-2022