Nanopore Transkriptom pune duljine

Sekvenciranje transkriptoma nanopora moćna je metoda za sekvenciranje cDNA pune duljine, precizno identificiranje i kvantificiranje izoformi transkripta. Cjevovod transkriptoma pune duljine BMKCloud Nanopore dizajniran je za analizu RNA-Seq podataka generiranih na Nanopore platformi u usporedbi s visokokvalitetnim dobro označenim referentnim genomom, pružajući kvalitativnu i kvantitativnu analizu na razini gena i transkripta. Nakon kontrole kvalitete dobivaju se nekimerne sekvence pune duljine (FLNC) i konsenzusne sekvence se mapiraju na referentni genom kako bi se uklonili suvišni transkripti. Iz ovog skupa transkripta, ekspresija se kvantificira, a različito izraženi geni i transkripti se identificiraju i funkcionalno označavaju. Cjevovod također uključuje analizu alternativne poliadenilacije (APA), analizu alternativnog spajanja, analizu jednostavnog ponavljanja sekvence (SSR), predviđanje lncRNA i odgovarajućih ciljeva, predviđanje kodirajućih sekvenci (CDS), analizu obitelji gena, analizu faktora transkripcije, predviđanje novih gena i funkcionalna anotacija prijepisa.