Transkript je veza između genomskih genetskih informacija i proteoma biološke funkcije. Regulacija transkripcijske razine najvažnija je i najčešće proučena regulacijski način organizama. Transkriptome sekvenciranje može sekvencirati transkript u bilo kojem trenutku ili u bilo kojem stanju, s rezolucijom točno za jedan nukleotid. To može dinamički odražavati razinu transkripcije gena, istovremeno identificirati i kvantificirati rijetke i normalne transkripte i pružiti strukturne informacije Uzorak specifičnih transkripata.
Trenutno se tehnologija sekvenciranja transkripta široko koristi u agronomiji, medicini i drugim istraživačkim područjima, uključujući regulaciju razvoja životinja i biljaka, prilagodbu okoliša, imunološku interakciju, lokalizaciju gena, genetsku evoluciju vrsta i otkrivanje tumora i genetske bolesti.
