mRNA-seq (NGS) – De novo

Sekvenciranje mRNA omogućuje profiliranje svih transkripata mRNA u stanicama pod određenim uvjetima i široko je korištena tehnologija u raznim područjima istraživanja. BMKCloud De novo mRNA-seq cjevovod dizajniran je za analizu poli-A obogaćenih biblioteka sekvenciranja kada nije dostupan referentni genom. Cjevovod počinje kontrolom kvalitete, nakon čega slijedide novosastavljanje transkripta i izbor unigene skupa. Analiza unigene strukture predviđa kodirajuću sekvencu (CDS) i jednostavna ponavljanja sekvence (SSR). Naknadno, analiza diferencijalne ekspresije pronalazi različito eksprimirane gene (DEG) među testiranim uvjetima, nakon čega slijedi funkcionalna anotacija i obogaćivanje DEG-ova za izvlačenje bioloških uvida.