Metagenomika (NGS)

Shotgun metagenomics s Illuminom popularan je alat za proučavanje mikrobioma izravnim sekvenciranjem DNK iz složenih uzoraka, što omogućuje proučavanje i taksonomske i funkcionalne raznolikosti. BMKCloud metagenomski (NGS) cjevovod počinje kontrolom kvalitete i sastavljanjem metagenoma, iz kojeg se predviđaju geni i grupiraju u neredundantne skupove podataka koji su označeni za funkciju i taksonomiju korištenjem više baza podataka. Ove se informacije koriste za analizu taksonomske raznolikosti unutar uzorka (alfa raznolikost) i raznolikosti između uzoraka (beta raznolikost). Diferencijalna analiza između skupina pronalazi OTU-ove i biološke funkcije koje se razlikuju između dviju skupina pomoću parametarskih i neparametarskih testova, dok korelacijska analiza povezuje te razlike s čimbenicima okoliša.