● Dostupna su dva panela egzoma na temelju ciljanog obogaćivanja sondama: Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) i xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
● Sekvenciranje na Illumina NovaSeq.
● Bioinformatički cjevovod usmjeren prema analizi bolesti ili analizi tumora.
●Ciljano područje kodiranja proteina: Hvatanjem i sekvenciranjem regija kodiranja proteina, hWES se koristi za otkrivanje varijanti povezanih sa strukturom proteina.
●Isplativo:hWES daje približno 85% mutacija povezanih s ljudskim bolestima iz 1% ljudskog genoma.
●Visoka točnost: Uz veliku dubinu sekvenciranja, hWES olakšava detekciju uobičajenih varijanti i rijetkih varijanti s frekvencijama nižim od 1%.
●Rigorozna kontrola kvalitete: Implementiramo pet ključnih kontrolnih točaka u svim fazama, od pripreme uzorka i biblioteke do sekvenciranja i bioinformatike. Ovaj pedantan nadzor osigurava isporuku dosljedno visokokvalitetnih rezultata.
●Sveobuhvatna bioinformatička analiza: naš program ide dalje od identificiranja varijacija referentnog genoma, budući da uključuje naprednu analizu osmišljenu za specifično rješavanje istraživačkih pitanja koja se odnose na genetske aspekte bolesti ili analizu tumora.
●Podrška nakon prodaje:Naša predanost proteže se i nakon završetka projekta s 3-mjesečnim servisnim razdobljem nakon prodaje. Tijekom tog vremena nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i sesije s pitanjima i odgovorima kako bismo odgovorili na sva pitanja povezana s rezultatima.
Strategija hvatanja egzona | Strategija sekvenciranja | Preporučeni izlaz podataka |
Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) ili xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT)
| Illumina NovaSeq PE150 | 5 -10 Gb Za mendelske poremećaje/rijetke bolesti: > 50x Za uzorke tumora: ≥ 100x |
Vrsta uzorka
| Iznositi(Qubit®)
| Koncentracija | Volumen
| Čistoća (NanoDrop™) |
Genomska DNK
| ≥ 50 ng | ≥ 6 ng/μL | ≥ 15 μL | OD260/280=1,8-2,0 nema degradacije, nema kontaminacije
|
Bioinformatska analiza uzoraka hWES-bolesti uključuje:
● QC podataka sekvenciranja
● Usklađivanje referentnog genoma
● Identifikacija SNP-ova i InDela
● Funkcionalna anotacija SNP-ova i InDel-ova
Bioinformatska analiza uzoraka tumora uključuje:
● QC podataka sekvenciranja
● Usklađivanje referentnog genoma
● Identifikacija SNP-ova, InDela i somatskih varijacija
● Identifikacija varijanti zametne linije
● Analiza potpisa mutacije
● Identifikacija pogonskih gena na temelju mutacija za dobivanje funkcije
● Napomena o mutaciji na razini osjetljivosti na lijekove
● Analiza heterogenosti – izračun čistoće i ploidnosti
Data QC – Statistika snimanja Exomea
Identifikacija varijanti – InDels
Napredna analiza: identifikacija i distribucija štetnih SNP-ova/InDela – Circosov zaplet
Analiza tumora: identifikacija i distribucija somatskih mutacija – Circos dijagram
Analiza tumora: klonske loze