Skup genoma temeljen na hi-c
Hi-C je metoda dizajnirana za snimanje konfiguracije kromosoma kombiniranjem interakcija temeljenih na sondiranju i sekvenciranju visokih propusnosti. Vjeruje se da je intenzitet ovih interakcija negativno povezan s fizičkom udaljenošću na kromosomima. Stoga se HI-C podaci koriste za usmjeravanje grupiranja, naručivanja i orijentacije sastavljenih sekvenci u genomu nacrta i pričvršćivanja ih na određeni broj kromosoma. Ova tehnologija osnažuje skup genoma na razini kromosoma u nedostatku populacijske genetske karte. Svaki pojedini genom treba hi-c.
Service značajke
● Sekvenciranje na Illumina Novaseq s PE150.
● Usluga zahtijeva uzorke tkiva, umjesto ekstrahiranih nukleinskih kiselina, da bi se povezala s formaldehidom i sačuvala interakcije DNA-proteina.
● Hi-C eksperiment uključuje ograničenje i krajnji popravak ljepljivih krajeva biotinom, nakon čega slijedi cirkularizacija rezultirajućih tupih krajeva uz očuvanje interakcija. DNK se zatim spušta s streptavidinskim zrncama i pročišćen za naknadnu pripremu knjižnice.
Prednosti usluge
Pregled hi-c
(Lieberman-Aiden E et al.,Znanost, 2009)
●Uklanjanje potrebe za podacima genetske populacije:Hi-C zamjenjuje bitne informacije potrebne za sidrenje kontiga.
●Visoka gustoća markera:što dovodi do visokog omjera sidrenja kontiga iznad 90%.
●Opsežna zapisi o stručnosti i objavljivanju:BMKGENE ima veliko iskustvo s više od 2000 slučajeva sastavljanja genoma HI-C iz 1000 različitih vrsta i različitih patenata. Preko 200 objavljenih slučajeva ima faktor akumulacije od preko 2000.
●Visoko kvalificirani tim za bioinformatiku:S internim patentima i softverskim autorskim pravima za HI-C eksperimente i analizu podataka, softver za samorazvijeni vizualizacijski podaci omogućava ručno pomicanje, poništavanje, opoziv i preuređivanje.
●Podrška nakon prodaje:Naša predanost proteže se izvan završetka projekta s 3-mjesečnom razdoblju nakon prodaje. Za to vrijeme nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i Q&A sjednice za rješavanje bilo kakvih upita vezanih za rezultate.
●Sveobuhvatna napomena: Koristimo više baza podataka za funkcionalno bilježenje gena s identificiranim varijacijama i provodimo odgovarajuću analizu obogaćivanja, pružajući uvid u više istraživačkih projekata.
Specifikacije usluge
| Priprema knjižnice | Strategija sekvenciranja | Preporučeni izlaz podataka | Kontrola kvalitete |
| Hi-c knjižnica | Illumina Novaseq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Zahtjevi za uzorkovanje
| Tkivo | Potrebna količina |
| Životinjska viscera | ≥ 2 g |
| Životinjski mišić | |
| Krv sisavaca | ≥ 2 ml |
| Krv peradi/ribe | |
| Biljka- svježi list | ≥ 3 g |
| Kultivirane stanice | ≥ 1x107 |
| Insekt | ≥ 2 g |
Servisni rad protoka
Eksperiment dizajn
Dostava uzorka
Konstrukcija knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
1) Sirovi podaci QC
2) Hi-C knjižnica QC: Procjena valjanih Hi-C interakcija
3) Hi-C sklop: grupiranje kontiga u skupinama, nakon čega slijedi naručivanje u svakoj skupini i dodjeljivanje orijentacije za contig
4) HI-C evaluacija
Hi-C knjižnica QC-Procjena hi-C važećih parova interakcije
Skupština hi-c-statistika
Procjena nakon sastavljanja-toplotna mapa intenziteta signala između kanti
Istražite napredovanje koje je BMKGENE-ove usluge HI-C montaže putem kurirane zbirke publikacija.
Tian, T. i sur. (2023) 'Sastavljanje genoma i genetska disekcija istaknute germplazme kukuruza otpornog na sušu', Nature Genetics 2023 55: 3, 55 (3), str. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL i sur. (2020.) 'Skupština kromosoma azijskog genoma medonosne pčele Cerane', Frontiers in Genetics, 11, str. 524140. Doi: 10.3389/fgene.2020.00279/Bibtex.
Zhang, F. i sur. (2023.) 'Otkrivanje evolucije biosinteze tropana alkaloida analizirajući dva genoma u obitelji Solanaceae', Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), str. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. i sur. (2020) 'Genomi stabla Banyan i oprašivača daju uvid u koevoluciju fig-wasp', Cell, 183 (4), str. 875-889.E17. doi: 10.1016/j.cell.2020.09.043
