Interakcija kromatina na bazi hi-c
Service značajke
● Sekvenciranje na Illumina Novaseq s PE150.
● Usluga zahtijeva uzorke tkiva, umjesto ekstrahiranih nukleinskih kiselina, da bi se povezala s formaldehidom i sačuvala interakcije DNA-proteina.
● Hi-C eksperiment uključuje ograničenje i krajnji popravak ljepljivih krajeva biotinom, nakon čega slijedi cirkularizacija rezultirajućih tupih krajeva uz očuvanje interakcija. DNK se zatim spušta s streptavidinskim zrncama i pročišćen za naknadnu pripremu knjižnice.
Prednosti usluge
●Optimalni restrikcijski dizajn enzima: Da biste osigurali visoku hi-C učinkovitost na različitim vrstama s do 93% valjanih parova interakcije.
●Opsežna zapisi o stručnosti i objavljivanju:BMKGENE ima veliko iskustvo s> 2000 projekti hi-C sekvenciranja od 800 različitih vrsta i različitih patenata. Preko 100 objavljenih slučajeva s faktorom akumulacije od preko 900.
●Visoko kvalificirani tim za bioinformatiku:s unutarnjim patentima i softverskim autorskim pravima za Hi-C eksperimente i analizom podataka i softverom za samorazvijenu vizualizaciju podataka.
●Podrška nakon prodaje:Naša predanost proteže se izvan završetka projekta s 3-mjesečnom razdoblju nakon prodaje. Za to vrijeme nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i Q&A sjednice za rješavanje bilo kakvih upita vezanih za rezultate.
●Sveobuhvatna napomena: Koristimo više baza podataka za funkcionalno bilježenje gena s identificiranim varijacijama i provodimo odgovarajuću analizu obogaćivanja, pružajući uvid u više istraživačkih projekata.
Specifikacije usluge
| Knjižnica | Strategija sekvenciranja | Preporučeni izlaz podataka | Hi-C rezolucija signala |
| Hi-c knjižnica | Illumina PE150 | Kromatinska petlja: 150x Tad: 50x | Kromatinska petlja: 10kb Tad: 40kb |
Zahtjevi za usluge
| Vrsta uzorka | Potrebna količina |
| Životinjsko tkivo | ≥2g |
| Cijela krv | ≥2ml |
| Gljivice | ≥1g |
| Biljka- mlado tkivo | 1G/Aliquot, preporučeno 2-4 alikvota |
| Kultivirane stanice | ≥1x107 |
Uključuje sljedeću analizu:
● Sirovi podaci QC;
● Mapiranje i HI-C biblioteka QC: valjani parovi interakcije i eksponenti propadanja interakcije (IDE);
● Profiliranje interakcije u cijelom genomu: CIS/Trans Analysis i HI-C interakcija;
● Analiza raspodjele odjeljka A/B;
● Identifikacija TADS -a i kromatinskih petlji;
● Diferencijalna analiza elemenata strukture 3D kromatina među uzorcima i odgovarajuća funkcionalna napomena povezanih gena.
Distribucija cis i trans proporcija
Toplotna mapa kromosomskih interakcija između uzoraka
Distribucija A/B odjeljaka na cijelom genomu
Distribucija kromatinskih petlji na cijelom genomu
Vizualizacija TADS -a
Istražite napredak u istraživanju koje je BMKGENE-ove usluge HI-C sekvenciranja BMKGENE-a olakšala kroz kuriranu zbirku publikacija.
Meng, T. i sur. (2021.) 'Usporedna integrirana multi-Omics analiza identificira CA2 kao novi cilj za chordoma',Neuro-onkologija, 23 (10), str. 1709–1722. doi: 10.1093/neuonc/noab156.
Xu, L. i sur. (2021) '3D neorganizacija i preuređivanje genoma pružaju uvid u patogenezu NAFLD-a integriranim Hi-C, Nanopore i RNA sekvenciranjem',Acta Pharmaceutica sinica b, 11 (10), str. 3150–3164. doi: 10.1016/j.apsb.2021.03.022.
