Studija genomske povezanosti (GWAS) ima za cilj identificirati genetske varijante (genotip) koje su povezane sa specifičnim svojstvima (fenotip). GWA studije istražuju genetske markere koji prelaze cijeli genom velikog broja jedinki i predviđaju povezanost genotipa i fenotipa statističkom analizom na razini populacije. Resekvenciranje cijelog genoma može potencijalno otkriti sve genetske varijante. U kombinaciji s fenotipskim podacima, GWAS se može obraditi za identifikaciju SNP-ova povezanih s fenotipom, QTL-ova i gena kandidata, što snažno podupire moderni uzgoj životinja/biljki. SLAF je samorazvijena strategija pojednostavljenog sekvencioniranja genoma, koja otkriva markere distribuirane širom genoma, SNP. Ovi SNP-ovi, kao molekularni genetski markeri, mogu se obraditi za studije povezanosti s ciljanim svojstvima. To je isplativa strategija u identificiranju složenih osobina povezanih s genetskim varijacijama.
