Sekvenciranje mRNA pune duljine nanopore
Značajke
● Snimanje poli-a mRNA, nakon čega slijedi sinteza cDNA i priprema knjižnice
● Sekvenciranje transkripata pune dužine
● Bioinformatička analiza na temelju usklađivanja s referentnim genomom
● Bioinformatička analiza uključuje ne samo ekspresiju na razini gena i izoforme, već i analizu lncRNA, fuzija gena, poli-adenilacije i strukture gena
Prednosti usluge
●Kvantifikacija ekspresije na razini izoforme: Omogućavanje detaljne i točne analize ekspresije, otkrivanje promjene koja se može maskirati pri analiziranju cijele ekspresije gena
●Smanjeni zahtjevi podataka:U usporedbi s sekvenciranjem sljedeće generacije (NGS), sekvenciranje nanopora pokazuje niže zahtjeve podataka, što omogućava ekvivalentne razine zasićenja ekspresije gena s manjim podacima.
●Veća točnost kvantifikacije ekspresije: i na razini gena i izoforme
●Identifikacija dodatnih transkriptomskih informacija: Alternativna poliadenilacija, fuzijski geni i lcnRNA i njihovi ciljni geni
●Opsežna stručnost: Naš tim donosi mnoštvo iskustava svakom projektu, nakon što je završio preko 850 projekata transkripta nanopora i obradio preko 8000 uzoraka.
●Podrška nakon prodaje: Naša predanost proteže se izvan završetka projekta s 3-mjesečnom razdoblju nakon prodaje. Za to vrijeme nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i Q&A sjednice za rješavanje bilo kakvih upita vezanih za rezultate.
Uzorak zahtjeva i isporuka
| Knjižnica | Strategija sekvenciranja | Podaci preporučeni | Kontrola kvalitete |
| Poly A obogaćeno | Illumina PE150 | 6/12 GB | Prosječna ocjena kvalitete: Q10 |
Zahtjevi uzorka:
Nukleotidi:
| Conc. (Ng/μl) | Količina (μg) | Čistoća | Integritet |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Ograničena ili bez kontaminacije proteina ili DNA prikazana na gelu. | Za biljke: Rin≥7.0; Za životinje: Rin≥7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; Ograničeno ili nema osnovne visine |
● Biljke:
Korijen, stabljika ili latica: 450 mg
List ili sjeme: 300 mg
Voće: 1,2 g
● životinja:
Srce ili crijevo: 300 mg
Viscera ili mozak: 240 mg
Mišić: 450 mg
Kosti, kosa ili koža: 1g
● Arthropods:
Insekti: 6g
Crustacea: 300 mg
● Cijela krv: 1 cijev
● Stanice: 106 stanice
Preporučena isporuka uzorka
Kontejner: 2 ml cijev za centrifugu (limena folija se ne preporučuje)
Oznaka uzoraka: grupa+replicirati npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pošiljka:
1. Suhi led: Uzorci se moraju spakirati u vrećice i zakopani u suhi led.
2. RNASTable Epruvete: Uzorci RNA mogu se sušiti u cijevi za stabilizaciju RNA (npr. RNastable®) i isporučuju se na sobnoj temperaturi.
Servisni rad protoka
Nukleotidi:
Dostava uzorka
Konstrukcija knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Servisni rad protoka
Tkivo:
Eksperiment dizajn
Dostava uzorka
Vađenje RNA
Konstrukcija knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
● Obrada neobrađenih podataka
● Identifikacija transkripta
● Alternativno spajanje
● Kvantifikacija ekspresije na razini gena i razine izoforme
● Analiza diferencijalne ekspresije
● Napomena i obogaćivanje funkcije (DEGS i DETS)
Alternativna analiza spajanja
Alternativna analiza poliadenilacije (APA)
predviđanje lncRNA
Napomena novih gena
Grupiranje DET -a
Mreže protein-proteina u DEG-ovima
Istražite napredovanje koje je BMKGENE-ove nanoporske usluge sekvenciranja mRNA nanopora kroz kuriranu zbirku publikacija.
Gong, B. i sur. (2023) 'Epigenetska i transkripcijska aktivacija sekretorne kinaze FAM20C kao onkogen u glioma', Journal of Genetics and Genomics, 50 (6), str. 422–433. doi: 10.1016/j.jgg.2023.01.008.
On, Z. i sur. (2023) 'Transkriptomiranje limfocita u cijeloj dužini reagira na IFN-γ otkriva imunološki odgovor s Th1-skediranim u flounderu (Paralichthys Olivaceus)', Imunologija riba i školjki, 134, str. 108636. Doi: 10.1016/j.fsi.2023.108636.
Ma, Y. i sur. (2023) 'Usporedna analiza metoda sekvenciranja PACBIO i ONT RNA za identifikaciju Nemopilema nomurai otrova', Genomics, 115 (6), str. 110709. Doi: 10.1016/j.ygeno.2023.110709.
Yu, D. i sur. (2023) 'Nano-seq analiza otkriva različitu funkcionalnu tendenciju između egzosoma i mikrovezikula dobivenih iz HUMSC-a', istraživanja matičnih stanica i terapije, 14 (1), str. 1–13. doi: 10.1186/s13287-023-03491-5/tablice/6.
