Exclusive Agency for Korea

Bmkcloud prijaviti se

Proizvodi

Evolucijska genetika

Evolucijska genetika je sveobuhvatna usluga sekvenciranja namijenjena ponudi pronicljivog tumačenja evolucije unutar velike skupine pojedinaca, temeljenih na genetskim varijacijama, uključujući SNP, indeks, SVS i CNVS. Ova usluga obuhvaća sve bitne analize potrebne za rasvjetljavanje evolucijskih pomaka i genetskih karakteristika populacije, uključujući procjene strukture populacije, genetsku raznolikost i filogenetske odnose. Nadalje, prolazi u studije o protoku gena, omogućujući procjenu učinkovite veličine populacije i vremena divergencije. Evolucijske genetičke studije daju vrijedan uvid u podrijetlo i adaptacije vrsta.

U BMKGENE-u nudimo dvije avenije za provođenje evolucijske genetičke studije o velikim populacijama: upotreba sekvenciranja cijelog genoma (WGS) ili se odlučuje za smanjenu metodu sekvenciranja genoma genoma, intenzivno razvijeni fragment s specifičnim i lokusom (SLAF). Dok WGS odgovara manjim genomima, SLAF se pojavljuje kao isplativa alternativa za proučavanje veće populacije s dužim genomima, učinkovito minimizirajući troškove sekvenciranja.

Kontaktirajte nas

Pojedinosti o usluzi

Bioinformatika

Demo rezultati

Izdvojene publikacije

Prednosti usluge

Takagi i sur.,Biljni časopis, 2013

●Sveobuhvatna bioinformatička analiza:Omogućivanje procjene genetske raznolikosti, što odražava evolucijski potencijal vrsta i otkriva pouzdanu filogenetsku vezu između vrsta s minimaliziranim utjecajem konvergentne evolucije i paralelne evolucije

●Izborna prilagođena analiza: poput procjene vremena i brzine divergencije na temelju varijacija na razini nukleotida i aminokiselina.

●Opsežna zapisa o stručnosti i publikacijama: BMKGENE je više od 15 godina akumulirao ogromno iskustvo u populacijskim i evolucijskim genetičkim projektima, pokrivajući tisuće vrsta itd. I pridonio je preko 1000 projekata na visokoj razini objavljenim u komunikacijama prirode, molekularnim biljkama, časopisu biljke biotehnologije, itd.

● Visoko kvalificirani tim za bioinformatiku i kratki ciklus analize: S velikim iskustvom u naprednoj analizi genomike, BMKGENE -ov tim pruža sveobuhvatne analize s brzim vremenom preokreta.

● Podrška nakon prodaje:Naša predanost proteže se izvan završetka projekta s 3-mjesečnom razdoblju nakon prodaje. Za to vrijeme nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i Q&A sjednice za rješavanje bilo kakvih upita vezanih za rezultate.

Specifikacije i zahtjevi usluge

Vrsta sekvenciranja

Preporučena ljestvica stanovništva

Strategija sekvenciranja

Potrebe nukleotida

Sekvenciranje cijelog genoma

≥ 30 pojedinaca, s ≥ 10 pojedinaca iz svake podskupine

10x

Koncentracija: ≥ 1 ng/ µl

Ukupni iznos 4NG

Ograničena ili nikakva degradacija ili onečišćenje

Specifično-lokus pojačan fragment (SLAF)

Oznaka dubina:

10x

Broj oznaka:

<400 MB: preporučuje se WGS

<1GB: 100K oznake

1 GB

> 2GB: 300k oznake

Max 500k oznake

Koncentracija ≥ 5 ng/µl

Ukupni iznos ≥ 80 ng

Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5

Agarozni gel: Nema ili ograničene degradacije ili onečišćenja

Servisni rad protoka

Eksperiment dizajn

Dostava uzorka

Konstrukcija knjižnice

Sekvenciranje

Analiza podataka

Usluge nakon prodaje

Prethodno: Opterećena segregantna analiza

Sljedeći: Metabolomika

Usluga uključuje analizu populacijske strukture (filogenetsko stablo, PCA, tablica stratifikacije stanovništva), raznolikost stanovništva i odabir stanovništva (nejednakost veza, selektivni izbor povoljnih mjesta). Usluga također može uključivati prilagođenu analizu (npr. Vrijeme divergencije, protok gena).

*Demo rezultati prikazani ovdje su svi iz genoma objavljenih s BMKGENE

1. Analiza evolucije sadrži izgradnju filogenetskog stabla, populacijske strukture i PCA na temelju genetskih varijacija.

Filogenetsko stablo predstavlja taksonomske i evolucijske odnose među vrstama sa zajedničkim precima.
PCA ima za cilj vizualizirati bliskost između podpopulacija.
Struktura populacije pokazuje prisutnost genetski različite subpulacije u smislu frekvencija alela.

3-1phylogenetsko stablo 3-2pca 3-3Populacija-struktura

Chen, et. al.,PNA, 2020

2.Selektivni potez

Selektivno pomicanje odnosi se na postupak kojim se odabire povoljno mjesto i povećavaju se frekvencije povezanih neutralnih mjesta, a one na nevezanim mjestima se smanjuju, što rezultira smanjenjem regionalnih.

Detekcija na cijelom genomu na selektivnim regijama za pomicanje obrađuje se izračunavanjem populacijskog genetskog indeksa （π ， fst, Tajima's D) svih SNP-a unutar kliznog prozora (100 kb) u određenom koraku (10 kb).

Raznolikost nukleotida (π）
4nukleotidna raznolikost (π）

Tajima's D
5tajima's-D

Indeks fiksacije (FST)

6fiksacija-indeks (FST)

Wu, et. al.,Molekularna biljka, 2018

3.Potok

7-protok

Wu, et. al.,Molekularna biljka, 2018

4. Demografska povijest

8Demografska povijest

Zhang, et. al.,Ekologija i evolucija prirode, 2021

5. VRIJEME DIVERGENGE

9-divergencija vremena

Zhang, et. al.,Ekologija i evolucija prirode, 2021

Istražite napredak koji su olakšali BMKGENE -ove evolucijske genetičke usluge putem kurirane zbirke publikacija:

Hassanyar, AK i sur. (2023.) 'Otkrivanje SNP molekularnih markera i kandidatskih gena povezanih s otpornošću na virus Sacbrood u ličinkama Cerana Cerana Cerana od strane čitavog genoma',Međunarodni časopis za molekularne znanosti, 24 (7). doi: 10.3390/ijms24076238.

Chai, J. i sur. (2022.) 'Otkrivanje divljeg, genetski čistog kineskog divovskog salamandera stvara nove mogućnosti očuvanja',Zoološko istraživanje, 2022, god. 43, izdanje 3, stranice: 469-480, 43 (3), str. 469–480. doi: 10.24272/j.issn.2095-8137.2022.101.

Han, M. i sur. (2022) 'Filogeografski obrazac i povijest evolucije stanovništva autohtonog Elymus Sibiricus L. Na Qinghai-Tibetanskom visoravni',Frontiers u biljnoj znanosti, 13, str. 882601. Doi: 10.3389/fpls.2022.882601/Bibtex.

Wang, J. i sur. (2022) 'Genomski uvidi u evoluciju longana iz sastavljanja genoma na razini kromosoma i populacijske genomike longanskih pristupa',Istraživanje hortikulture, 9. Doi: 10.1093/hr/uHac021.