Sekvenciranje eukariotske mRNA-NGS
Značajke
● Hvatanje poli mRNA prije pripreme biblioteke
● Opcijska usmjerena priprema mRNA biblioteke za omogućavanje dobivanja podataka sekvenciranja specifičnih za lanac
● Bioinformatička analiza ekspresije gena i strukture transkripta
Prednosti
●Opsežna stručnost: Naš tim obradio je više od 600 000 uzoraka u BMKgeneu, uključujući različite vrste uzoraka kao što su stanične kulture, tkiva i tjelesne tekućine. Unosimo bogato iskustvo u svaki projekt i uspješno smo dovršili preko 100.000 mRNA-Seq projekata u različitim istraživačkim domenama.
●Rigorozna kontrola kvalitete: Implementiramo ključne kontrolne točke u svim fazama, od pripreme uzorka i biblioteke do sekvenciranja i bioinformatike. Ovaj pedantan nadzor osigurava isporuku dosljedno visokokvalitetnih rezultata, uvjeravajući vas da je vaš projekt u pouzdanim rukama.
●Sveobuhvatna napomena: Koristimo više baza podataka za funkcionalno označavanje diferencijalno izraženih gena (DEG) i izvođenje odgovarajućih analiza obogaćivanja. Ovaj sveobuhvatni pristup pruža uvid u stanične i molekularne procese koji leže u pozadini odgovora transkriptoma, osiguravajući da ste potpuno informirani o rezultatima vašeg projekta.
●Podrška nakon prodaje: Naša predanost proteže se i nakon završetka projekta s 3-mjesečnim servisnim razdobljem nakon prodaje. Tijekom tog vremena nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i sesije s pitanjima i odgovorima kako bismo odgovorili na sva pitanja povezana s rezultatima.
Zahtjevi za uzorke i isporuka
| Knjižnica | Strategija sekvenciranja | Preporučeni podaci | Kontrola kvalitete |
| Poli A obogaćen | Ilumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6 -10 Gb | Q30≥85% |
Zahtjevi za uzorke:
nukleotidi:
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistoća | Integritet | |
| Standardna knjižnica | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu se vidi ograničena ili nikakva kontaminacija proteinima ili DNK. | Za biljke: RIN≥4,0; Za životinje: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; ograničena ili nikakva osnovna elevacija |
| Usmjerena knjižnica | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu se vidi ograničena ili nikakva kontaminacija proteinima ili DNK. | Za biljke: RIN≥4,0; Za životinje: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; ograničena ili nikakva osnovna elevacija |
● Biljke:
Korijen, stabljika ili latica: 450 mg
List ili sjeme: 300 mg
Voće: 1,2 g
●Životinja:
SRCE ili crijeva: 300 mg
Utroba ili mozak: 240 mg
Mišić: 450 mg
Kosti, kosa ili koža: 1 g
● Člankonošci:
Insekti: 6g
Ljuskarice: 300 mg
● Puna krv: 1 cijev
● Stanice: 106 stanice
Preporučena dostava uzoraka
Spremnik: epruveta za centrifugu od 2 ml (ne preporučuje se limena folija)
Označavanje uzorka: Grupa + ponavljanje npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
Pošiljka:
1. Suhi led: Uzorke je potrebno zapakirati u vrećice i zakopati u suhi led.
2. Table epruvete RNA: uzorci RNA mogu se osušiti u epruveti za stabilizaciju RNA (npr. RNAstable®) i poslati na sobnoj temperaturi.
Tijek rada usluge
Dizajn eksperimenta
Dostava uzoraka
ekstrakcija RNA
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Bioinformatika
Eukariotski Tijek rada analize sekvenciranja mRNA
Bioinformatika
ØKontrola kvalitete sirovih podataka
ØUsklađivanje referentnog genoma
ØAnaliza strukture transkripta
ØKvantifikacija ekspresije
ØAnaliza diferencijalnog izraza
ØFunkcijska anotacija i obogaćivanje
Usklađivanje referentnog genoma
Zasićenost podacima
Korelacija uzoraka i procjena bioloških replika
Diferencijalno izraženi geni (DEG)
Funkcionalna anotacija DEG-ova
Funkcionalno obogaćivanje DEG-ova
Istražite napredak omogućen uslugama sekvenciranja eukariotske NGS mRNA BMKGene kroz odabranu zbirku publikacija.
Huang, L. i sur. (2023) 'Triklosan i triklokarban oslabljuju olfaktorni kapacitet zlatnih ribica ograničavajući prepoznavanje mirisa, ometajući transdukciju olfaktornog signala i ometajući obradu olfaktornih informacija', Water Research, 233, str. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ i sur. (2023) 'Aspergillus fumigatus otima ljudski p11 kako bi preusmjerio fagosome koji sadrže gljivice na nedegradativni put', Cell Host & Microbe, 31(3), str. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. i sur. (2022.) 'TCP transkripcijski faktori uključeni u razvoj izdanaka Ma bambusa (Dendrocalamus latiflorus Munro)', Frontiers in Plant Science, 13, str. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. i sur. (2022.) 'Genom Chrysanthemum lavandulifolium i molekularni mehanizam na kojem se temelje različiti tipovi kapitula', Hortikulturno istraživanje, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie et al. (2023.) 'Kaskadni nanoreaktor za poboljšanje sonodinamičke terapije raka debelog crijeva putem sinergističkog povećanja ROS-a i blokade autofagije', Nano Today, 49, str. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
