Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Prijavite se

Proizvodi

Sekvenciranje DNA/RNA -PacBio Sequencer

PacBio platforma za sekvenciranje dugo je čitana platforma za sekvenciranje, koja je također poznata kao jedna od tehnologija sekvenciranja treće generacije (TGS). Temeljna tehnologija, single-molecule real-time (SMRT), omogućuje generiranje čitanja s duljinom od desetak kilo-baza. Na temelju "sekvenciranja po sintezi", razlučivost jednog nukleotida postiže se nultim valovodom (ZMW), gdje je samo ograničeni volumen na dnu (mjesto sinteze molekule) osvijetljen. Osim toga, SMRT sekvenciranje uvelike izbjegava pristranost specifičnu za sekvencu u NGS sustavu, jer većina koraka PCR pojačanja nije potrebna u procesu izgradnje knjižnice.

Platforma: Nastavak II, Revio

Kontaktirajte nas

Pojedinosti usluge

Demo rezultati

Značajke

Dva načina sekvenciranja na PacBio sekvenceru: neprekidno dugo čitanje (CLR) i kružno konsenzusno čitanje (CCS)

Način sekvenciranja

Veličina knjižnice

Teorijski podaciPrinos (po ćeliji)

Jedna bazaTočnost

Prijave

CLR

20 Kb, 30 Kb itd.

80 Gb do 130 Gb

cca. 85%

De novo, SV pozivanje itd.

CCS

15-20 Kb

14 do 40 Gb/ćeliji (Nastavak II)

70 do 110 Gb/ćeliji (Revio)

Ovisi o uzorcima

cca. 99%

De novo, SNP/Indel/SV poziv, Iso-Seq,

Usporedba performansi i značajki Revio i Sequel II

Uvjeti	Sustav Sequel II	Revio sustav	Povećati
Veća gustoća	8 milijuna ZMW-a	25 milijuna ZMW-a	3x
Samostalni stupnjevi	1	4	4x
Kraće vrijeme rada	30 sati	24 sata	1,25x
30X HiFi ljudski genomi godišnje	88	1300	15x ukupno

Prednosti usluge

● Preko 8 godina iskustva na PacBio platformi za sekvenciranje s tisućama zatvorenih projekata s različitim vrstama.

● Potpuno opremljen najnovijim platformama PacBio Sequencing, Revio za jamstvo dovoljnog protoka sekvenciranja.

● Brže vrijeme obrade, veći prinos podataka i točniji podaci.

● Sudjelovao u stotinama publikacija temeljenih na PacBio-u visokog utjecaja.

Zahtjevi za uzorke

Vrsta uzorka

Iznositi

Koncentracija （Qubit®）

Volumen

Čistoća

Drugi

Genomska DNK

Ovisno o zahtjevima podataka

≥50 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1,7-2,2;
OD260/230=1,8-2,5；
Jasan vrh na 260 nm，nema kontaminacija

Koncentraciju je potrebno mjeriti Qubitom i Qubitom/Nanoporeom = 0,8-2,5

Ukupna RNK

≥1,2 μg

≥120 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1,7-2,5;
OD260/230=0,5-2,5；nema kontaminacija

RIN vrijednost ≥7,5

5≥28S/18S≥1

Tijek rada usluge

Priprema uzorka

Izgradnja knjižnice

Sekvenciranje

Analiza podataka

Isporuka projekta

Prethodna: OEM proizvođač Mrna Sekvencioniranje Service - Dugo nekodirajuće sekvenciranje-Illumina – Biomarker

Sljedeći: Illumina unaprijed izrađene biblioteke

1. Prinos internih podataka

Podaci generirani iz 63 CCS stanice (od 26 vrsta)

PODACI-PacBio-CCS-15 Kb	Prosjek	Maks	Min	Medijan
Prinos - podčitanja (Gb)	421.12	544.27	221.38	426.58
Yiled - CCS (Gb)	25.93	38.59	10.86	25.43
Polimeraza N50	145,651	175.430	118,118	144.689
Podčitava N50	17,509	23,924	12,485	17,584
CCS N50	14,490	19,034	9,876	14,747
Prosječna duljina-Polimeraza	67,995	89,379	49,664	66,433
Prosječna duljina-Podhljebovi	15,866	21,036	11,657	16,012
Prosječna duljina-CCS	14,489	19,074	8,575	14,655

Podaci generirani iz 16 CLR stanica (od 76 vrsta)

DATA-PacBio-CLR-30Kb	Prosjek	Maks	Min	Medijan
Prinos - podčitanja (Gb)	142.20	291.40	50.55	142.49
Polimeraza N50	39,456	121.191	15,389	35,231
Podčitava N50	28,490	41.012	14,430	29,063
Prosječna duljina-Polimeraza	22,063	48,886	8,747	21,555
Prosječna duljina-Podhljebovi	17.720	27,225	8,293	17,779

2.Data QC – DemoStatistika o prinosu podataka

Uzorak	ccs Čita br	Ukupno ccs baze (bp)	ccs Čita N50 (bp)	ccs srednja duljina (bp)	ccs Najdulje čitanje (bp)	podčitava baze (bp)	ccs stopa (%)
PB_BMKxxx	3,444,159	54,164,122,586	15,728	15,726	36,110	863,326,330,465	6.27