Sekvenciranje mRNA pune duljine -pacbio
Značajke
● Sinteza cDNA iz poli-a mRNA, nakon čega slijedi priprema knjižnice
● Sekvenciranje u CCS načinu, generirajući HIFi čitanja
● Sekvenciranje transkripata pune dužine
● Analiza ne zahtijeva referentni genom; Međutim, može se zaposliti
● Bioinformatička analiza omogućuje analizu transkripta izoform LncRNA, fuzije gena, poli-adenilacija i struktura gena
Prednosti usluge
●Visoka točnost: HiFi čita s točnošću> 99,9% (Q30), usporedivo s NGS -om
● Alternativna analiza spajanja: Sekvenciranje čitavih transkripata omogućuje identifikaciju i karakterizaciju izoforme
●Opsežna stručnost: S zapisom o završetku više od 1100 projekata transkripta PACBIO-a i obrade preko 2300 uzoraka, naš tim donosi mnoštvo iskustava svakom projektu.
●Podrška nakon prodaje: Naša predanost proteže se izvan završetka projekta s 3-mjesečnom razdoblju nakon prodaje. Za to vrijeme nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i Q&A sjednice za rješavanje bilo kakvih upita vezanih za rezultate.
Uzorak zahtjeva i isporuka
| Knjižnica | Strategija sekvenciranja | Podaci preporučeni | Kontrola kvalitete |
| PolyA obogaćena mRNA CCS knjižnica | PACBIO SEDJELEL II Pacbio Revio | 20/40 GB 5/10 m CCS | Q30≥85% |
Zahtjevi uzorka:
Nukleotidi:
● Biljke:
Korijen, stabljika ili latica: 450 mg
List ili sjeme: 300 mg
Voće: 1,2 g
● životinja:
Srce ili crijevo: 300 mg
Viscera ili mozak: 240 mg
Mišić: 450 mg
Kosti, kosa ili koža: 1g
● Arthropods:
Insekti: 6g
Crustacea: 300 mg
● Cijela krv: 1 cijev
● Stanice: 106 stanice
| Conc. (Ng/μl) | Količina (μg) | Čistoća | Integritet |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Ograničena ili bez kontaminacije proteina ili DNA prikazana na gelu. | Za biljke: Rin≥7,5; Za životinje: Rin≥8.0; 5,0≥ 28S/18S≥1,0; Ograničeno ili nema osnovne visine |
Preporučena isporuka uzorka
Spremnik: 2 ml cijev za centrifugu (limena folija se ne preporučuje)
Oznaka uzoraka: grupa+replicirati npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pošiljka:
1. Suhi led: Uzorci se moraju spakirati u vrećice i zakopani u suhi led.
2. RNASTable Epruvete: Uzorci RNA mogu se sušiti u cijevi za stabilizaciju RNA (npr. RNastable®) i isporučuju se na sobnoj temperaturi.
Servisni rad protoka
Eksperiment dizajn
Dostava uzorka
Vađenje RNA
Konstrukcija knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Uključuje sljedeću analizu:
● Sirova kontrola kvalitete podataka
● Alternativna analiza poliadenilacije (APA)
● Analiza transkripta fuzije
● Alternativna analiza spajanja
● Analiza Univerzalnih ortologa s jednom kopijom (BUSCO)
● Nova analiza transkripta: predviđanje kodiranja sekvenci (CDS) i funkcionalna napomena
● Analiza lncRNA: Predviđanje lncRNA i ciljeva
● Identifikacija mikrosatelita (SSR)
Busco analiza
Alternativna analiza spajanja
Alternativna analiza poliadenilacije (APA)
Funkcionalna napomena novih transkripata
Istražite napredovanje koje je u ovoj istaknutoj publikaciji olakšala BMKGENE nanopore u cjelini.
Ma, Y. i sur. (2023) 'Usporedna analiza metoda sekvenciranja PACBIO i ONT RNA za identifikaciju Nemopilema nomurai otrova', Genomics, 115 (6), str. 110709. Doi: 10.1016/j.ygeno.2023.110709.
Chao, Q. i sur. (2019) 'Razvojna dinamika transkripta Populus STEM', Plant Biotechnology Journal, 17 (1), str. 206–219. doi: 10.1111/pbi.12958.
Deng, H. i sur. (2022) 'Dinamičke promjene u sadržaju askorbinske kiseline tijekom razvoja voća i zrenja Actinidia latifolia (usjev voća bogatog askorbatom) i pridruženi molekularni mehanizmi', Međunarodni časopis za molekularne znanosti, 23 (10), str. 5808. Doi: 10.3390/ijms23105808/s1.
Hua, X. i sur. (2022) 'Učinkovito predviđanje biosintetskih gena koji sudjeluju u bioaktivnim polifilinima u Pariz Polyphylla', Komunikacijska biologija 2022 5: 1, 5 (1), str. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. i sur. (2023) 'Kombinirana Pacbio ISO-Seq i Illumina RNA-Seq analiza Transkripta Transkripta i Cyyrick (Meyrick) i citokroma P450 gena, insekti, 14 (4), str. 363. doi: 10.3390/insekti14040363/s1.
Wang, Lijun i sur. (2019) 'Istraživanje složenosti transkripta korištenjem Pacbio jednostrukih analiza u stvarnom vremenu u kombinaciji s sekvenciranjem Illumina RNA za bolje razumijevanje biosinteze ricinoleinske kiseline u Ricinus Communis', BMC Genomics, 20 (1), str. 1–17. doi: 10.1186/s12864-019-5832-9.
