Komparativna genomika
Prednosti usluge
●Opsežna zapisa o stručnosti i publikacijama: s akumuliranim, BMKGENE je završio preko 90 komparativnih genomičkih projekata, pri čemu je kumulativni faktor udara dostigao 900.
●Sveobuhvatna analiza bioinformatike: Paket analiza sadrži osam najčešće potrebnih analiza, pružajući dobro osmišljene figure gotovih za objavljivanje i omogućujući lako tumačenje rezultata
●Visoko kvalificirani tim bioinformatike i kratki ciklus analize: S velikim iskustvom u komparativnoj analizi genomike, BMKGENE-ov tim ispunjava različite personalizirane zahtjeve za analizom u kratkom vremenu zaokreta
●Podrška nakon prodaje:Naša predanost proteže se izvan završetka projekta s 3-mjesečnom razdoblju nakon prodaje. Za to vrijeme nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i Q&A sjednice za rješavanje bilo kakvih upita vezanih za rezultate.
Specifikacije usluge
| Procijenjeno vrijeme zaokreta | Broj vrsta | Analiza |
| 30 radnih dana | 6 - 12 | Grupiranje obitelji gena Širenje i kontrakcija obitelji Filogenetska konstrukcija stabala Procjena vremena divergencije (potrebna kalibracija fosila) LTR vrijeme umetanja (za biljke) Dupliciranje cijelog genoma (za biljke) Selektivni pritisak Sintentna analiza |
Bioinformatike analize
● Obitelj gena
● Filogenetika
● Vrijeme divergencije
● Selektivni tlak
● Analiza sinteze
Uzorak zahtjeva i isporuka
Zahtjevi uzorka:
Tkivo ili DNK za sekvenciranje i montažu genoma
Za tkivo
| Vrsta | Tkivo | Anketiranje | PACBIO CCS |
| Životinja | Visceralno tkivo | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Mišićno tkivo | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Krv sisavaca | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Krv peradi/ribe | |||
| Biljka | Svježi list | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
| Latica/stabljika | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
| Korijen/sjeme | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
| Stanice | Kultivirana ćelija | - | ≥ 1 x 108 |
Podaci
Datoteke sekvenci genoma (.fafata) i datoteke napomena (.gff3) usko povezanih vrsta
Servisni rad protoka
Eksperiment dizajn
Dostava uzorka
Konstrukcija knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
*Demo rezultati prikazani ovdje su svi iz genoma objavljenih s tehnologijama Biomarker
1.LTR Procjena vremena umetanja: Slika je pokazala jedinstvenu bimodalnu raspodjelu u vremenima umetanja LTR-RTS u genom Weining Rye, u usporedbi s drugim vrstama. Najnoviji vrh pojavio se prije otprilike 0,5 milijuna godina.
Li Guang i sur.,Genetika prirode, 2021
2. Phylogeny i genska analiza na Chayoteu (Sechium edule): Analizom Chayotea i ostalih 13 povezanih vrsta u obitelji gena, nađeno je da je chayote najuže povezan sa zmijskom gurdom (Trichosanthes anguina). Chayote izveden iz Snake Gourda u oko 27-45 MYA i dupliciranje cijelog genoma (WGD) primijećen je u Chayoteu u 25 ± 4 MYA, što je treći događaj WGD-a u Cucuibitaceae.
Fu a i sur.,Istraživanje hortikulture, 2021
3. Analiza sitnice: Neki geni koji se odnose na fitohormone u razvoju voća pronađeni su u chayoteu, zmiji i tikvicama. Povezanost između chayotea i tikvica nešto je veća od onog između chayotea i zmijske tikve.
Fu a i sur.,Istraživanje hortikulture, 2021
4. GENE ANALIZA OBITELJI: KEGG obogaćivanje širenja i kontrakcije genske obitelji u G.Thurberi i G.Davidsonii genomi su pokazali da su prošireni geni povezani s biosintezom steroida i biosinteza brassinosteroida.
Yang Z i sur.,BMC biologija, 2021
5. Analiza dupliciranja genoma WHOLE: 4DTV i KS Analiza distribucije pokazala je događaj dupliciranja čitavog genoma. Vrhovi intrapecija prikazani su duplicirajući događaji. Vrhovi međuprostora pokazali su događaje specifikacije. Analiza je pokazala da je u usporedbi s ostale tri usko povezane vrste O. Europaea u novije vrijeme prošla kroz dupliciranje gena velikih razmjera.
Rao G i sur.,Istraživanje hortikulture, 2021
BMK slučaj
Ruža bez bodljice: genomski uvidi povezani s adaptacijom vlage
Objavljeno: Nacionalni pregled znanosti, 2021
Strategija sekvenciranja:
'Basye'sBez trnja'(R.Wichurainan) genom:
Približno. 93 x pacbio + cca. 90 x Nanopore + 267 x Illumina
Ključni rezultati
1. Visoka kvaliteta R.wichuraiana genom konstruirana je korištenjem dugotrajnih tehnika sekvenciranja, koje daju sklop od 530,07 MB (procijenjena veličina genoma bila je približno 525,9 mb protočnom citometrijom i 525,5 anketiranjem genoma ； heterorozygoznost je bila oko 1,03%). Procijenjeni rezultat Busco bio je 93,9%. U usporedbi s "starim rumenilom" (haploob), kvaliteta i cjelovitost ovog genoma potvrđeni su osnovnom indeksom jednostruke baze i indeksom sastavljanja LTR-a (LAI = 20,03). R.wichuraiana genom sadrži 32.674 gena za kodiranje proteina.
2. Analiza zglobova-Omics, koja se sastoji od komparativne genomike, transkriptomije, QTL analize genetske populacije, otkrila je ključnu specifikaciju između R. wichuraiana i rosa chinensis. Također, varijacija ekspresije povezanih gena u QTL -u vjerojatno će biti povezana s uzorkom pribadača stabljike.
Usporedna genomika anaysis između basye; s thornless i rosa chinensis, uključujući sintentnu analizu, klaster genske obitelji, širenje i analizu kontrakcije, otkrila je veliki broj varijacija, koje su povezane s ključnim osobinama u ružama. Jedinstveno širenje u obitelji NAC i FAR1/FRS vrlo je vjerojatno da će biti povezano s otporom na crnu mrlju.
Usporedna analiza genomike između BT i haploob genoma.
Zhong, M. i sur. "Ruža bez bodljika: genomski uvidi povezani s adaptacijom vlage"Nacionalni pregled znanosti, 2021;, NWAB092.
