BMKMANU S3000_SPATIAL TRANSPRIPTOM
BMKMANU S3000 Prostorni transkript Tehnička shema
Značajke
- Rezolucija: 3,5 µm
- Promjer spota: 2,5 µm
- Broj mjesta: otprilike 4 milijuna
- 3 moguća formata područja hvatanja: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm ili 15 mm * 20 mm
- Svaka barkodirana zrnca napunjena je prajmerom sastavljenim od 4 odjeljka:
• Poly (DT) rep za mRNA pranje i sintezu cDNA,
• Jedinstveni molekularni identifikator (UMI) za ispravljanje pristranosti pojačanja
• Prostorni barkod
• Slijed vezanja djelomičnog čitanja 1 Primer sekvenciranja
- H&E i fluorescentno bojenje odjeljaka
- Mogućnost korištenja tehnologije segmentacije stanica: integracija bojenja H&E, fluorescentno bojenje i sekvenciranja RNA za određivanje granica svake stanice i ispravno dodijeliti ekspresiju gena svakoj ćeliji. Obrada nizvodne analize prostornog profiliranja na temelju stanične kante.
- Moguće je postići analizu višeslojne rezolucije: fleksibilna analiza na više razina u rasponu od 100UM do 3,5 UM za rješavanje različitih značajki tkiva u optimalnoj rezoluciji.
Prednosti BMKMANU S3000
-Udvostručenje mjesta za hvatanje na 4 milijuna: s poboljšanom razlučivošću od 3,5 um, što dovodi do otkrivanja višeg gena i UMI po stanici. To rezultira poboljšanim grupiranjem stanica na temelju transkripcijskih profila, s finim detaljima koji odgovaraju strukturi tkiva.
- Subcelilarna rezolucija:Svako područje hvatanja sadržavalo je> 2 milijuna prostorno barkodiranih mjesta promjera 2,5 µm i razmaka od 5 µm između Spot centra, što je omogućilo analizu prostornog transkripta s subcelijskom rezolucijom (5 um).
-Analiza rezolucije na više razina:Fleksibilna višeslojna analiza u rasponu od 100 µm do 5 µm kako bi se razriješila različitih značajki tkiva pri optimalnoj rezoluciji.
-Mogućnost korištenja tehnologije segmentacije ćelije "Tri u jednom dijapozitivu":Kombinirajući bojenje fluorescencije, obojenje H&E i sekvenciranje RNA na jednom dijapozitivu, naš algoritam analize "tri u jednom" osnažuje identifikaciju staničnih granica za naknadnu transkriptomiju utemeljenu na stanici.
-Kompatibilno s više platformi za sekvenciranje: I NGS i dugotrajno čitanje sekvenciranja.
-Fleksibilan dizajn 1-8 aktivnog područja zarobljavanja: Veličina područja hvatanja je fleksibilna, moguće je koristiti 3 formata (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm i 15 mm * 20 mm)
-Usluga na jednom mjestu: integrira sva iskustva i korake temeljene na vještinama, uključujući podjelu krioa, bojenje, optimizaciju tkiva, prostorno barkodiranje, pripremu knjižnice, sekvenciranje i bioinformatiku.
-Sveobuhvatna bioinformatika i korisnička vizualizacija rezultata:Paket uključuje 29 analiza i 100+ visokokvalitetnih figura, u kombinaciji s korištenjem Intehouseovog razvijenog softvera za vizualizaciju i prilagođavanje cijepanja stanica i grupiranja.
-Prilagođena analiza podataka i vizualizacija: Dostupno za različite zahtjeve za istraživanje
-Visoko kvalificirani tehnički tim: S iskustvom u preko 250 tipova tkiva i 100+ vrsta, uključujući čovjeka, miš, sisavce, ribu i biljke.
-Ažuriranja u stvarnom vremenu o cijelom projektu: s potpunom kontrolom eksperimentalnog napretka.
-Neobavezna analiza zajednice s jednoćelijskim sekvenciranjem mRNA
Specifikacije usluge
| Zahtjevi za uzorkovanje | Knjižnica | Strategija sekvenciranja | Podaci preporučeni | Kontrola kvalitete |
| Uzorci krio-a ugrađeni u OCT (Optimalni promjer: cca. 6 × 6 × 6 mm³) 2 bloka po uzorku 1 za eksperiment, 1 za sigurnosnu kopiju | Knjižnica s3000 cDNA | Illumina PE150 | 160K PE čita na 100M (250 GB) | Rin> 7 |
Za više detalja o smjernicama za pripremu uzoraka i tijeku rada, slobodno razgovarajte sBmkgene stručnjak
Servisni rad protoka
U fazi pripreme uzorka provodi se početno ispitivanje ekstrakcije RNA rasute kako bi se osiguralo da se može dobiti visokokvalitetna RNA. U fazi optimizacije tkiva presjeci su obojeni i vizualizirani, a uvjeti permeabilizacije za oslobađanje mRNA iz tkiva su optimizirani. Optimizirani protokol primjenjuje se tijekom izgradnje knjižnice, nakon čega slijedi sekvenciranje i analiza podataka.
Kompletan tijek rada uključuje ažuriranja u stvarnom vremenu i potvrde klijenata kako bi se održala responzivna petlja za povratne informacije, osiguravajući glatko izvršavanje projekata.
Podaci generirani od BMKMANU S3000 analiziraju se pomoću softvera "BSTMatrix", koji je neovisno dizajniran od strane BMKGENE, generirajući matricu ekspresije gena za višeslojnu rezoluciju. Odatle se generira standardno izvješće koje uključuje kontrolu kvalitete podataka, analizu unutarnjeg uzorka i međugrupnu analizu.
- Kontrola kvalitete podataka:
- Izlaz podataka i distribucija ocjene kvalitete
- Otkrivanje gena po mjestu
- Pokrivanje tkiva
- Analiza unutarnjeg uzorka:
- bogatstvo gena
- Spot grupiranje, uključujući analizu smanjene dimenzije
- Analiza diferencijalne ekspresije između klastera: Identifikacija markera gena
- Funkcionalna napomena i obogaćivanje markerskih gena
- Inter-grupna analiza
-Ponovna kombinacija mjesta iz oba uzoraka (npr. Bolesni i kontrola) i ponovno klaster
- Identifikacija markerskih gena za svaki klaster
- Funkcionalna napomena i obogaćivanje markerskih gena
- diferencijalni izraz istog klastera između skupina
Uz to, BMKGENE je razvio "BSTViewer" alat prilagođen korisnicima koji korisniku omogućuje vizualizaciju ekspresije gena i uočavanje grupiranja u različitim rezolucijama.
BMKGENE nudi usluge prostornog profiliranja u preciznoj jednoćelijskoj rezoluciji (na temelju stanične kante ili višeslojnog kvadratnog kante od 100UM do 3,5UM).
Podaci prostornog profiliranja iz odjeljaka tkiva na S3000 dijapozitivu dobro su se izveli i u nastavku.
Studija slučaja 1: Mozak miša
Analiza miša mozga sa S3000 rezultirala je identifikacijom ~ 94 000 stanica, sa srednjim sekvenciranjem ~ 2000 gena po stanici. Poboljšana razlučivost od 3,5 um rezultirala je vrlo detaljnim grupiranjem stanica na temelju transkripcijskih obrazaca, pri čemu su nakupine stanica oponašali strukture diferenciranih mozga. To se lako primjećuje vizualizacijom raspodjele stanica grupiranih kao oligodendrocita i mikroglijskih stanica, koje su gotovo isključivo smještene u sivoj i bijeloj tvari.
Studija slučaja 2: Embrij miša
Analiza odjeljka za embrio miša sa S3000 rezultirala je identifikacijom ~ 2200 000 stanica, sa srednjim sekvenciranjem ~ 1600 gena po stanici. Poboljšana razlučivost od 3,5 um rezultirala je vrlo detaljnim grupiranjem stanica na temelju transkripcijskih uzoraka, s 12 klastera u području oka i 28 klastera u području mozga.
Unutarnji uzorak analiza staničnog grupiranja:
Identifikacija markera gena i prostorna distribucija:
-Veća subcelijska razlučivost: U usporedbi s S1000 toboganom, svaka površina za hvatanje S3000 sadržavalo je> 4 milijuna prostorno barkodiranih mjesta promjera 2,5 µm i udaljenosti od 3,5 µm između Spot centra, što omogućava analizu prostornog transkripta s višom rezolucijom subcelijske rezolucije (kvadratni kanter: 3,5 µm).
- Veća učinkovitost hvatanja: U usporedbi s S1000 slajdom, Median_umi se povećava s 30% na 70%, srednji porast od 30% na 60%
Shema S1000 čip:
Shema S3000 čip:
