BMKMANU S1000 prostorni transkriptom
Tehnička shema prostornog transkriptoma BMKMANU S1000
Značajke
● Razlučivost: 5 µM
● Promjer točke: 2,5 µM
● Broj spotova: približno 2 milijuna
● 3 moguća formata područja snimanja: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm ili 15 mm * 20 mm
● Svaka kuglica s barkodom napunjena je temeljnim premazima koji se sastoje od 4 dijela:
poli(dT) rep za mRNA priming i cDNA sintezu
Jedinstveni molekularni identifikator (UMI) za ispravljanje pristranosti pojačanja
Prostorni crtični kod
Vezuća sekvenca parcijalnog čitanja 1 početnice za sekvenciranje
● H&E i fluorescentno bojenje rezova
● Mogućnost korištenjatehnologija segmentacije stanica: integracija H&E bojenja, fluorescentnog bojenja i sekvenciranja RNA kako bi se odredile granice svake stanice i ispravno dodijelila ekspresija gena svakoj stanici.
Prednosti BMKMANU S1000
●Substanična rezolucija: Svako područje snimanja sadržavalo je >2 milijuna prostornih točaka s crtičnim kodom promjera od 2,5 µm i razmakom od 5 µm između središta točaka, što je omogućilo prostornu analizu transkriptoma s substaničnom rezolucijom (5 µm).
●Analiza razlučivosti na više razina:Fleksibilna višerazinska analiza u rasponu od 100 μm do 5 μm za razlučivanje različitih značajki tkiva uz optimalnu rezoluciju.
●Mogućnost korištenja tehnologije segmentacije stanica "Tri u jednom slajdu":Kombinirajući fluorescentno bojenje, H&E bojenje i sekvenciranje RNA na jednom slajdu, naš algoritam za analizu "tri u jednom" omogućuje identifikaciju granica stanica za kasniju transkriptomiju temeljenu na stanicama.
●Kompatibilan s višestrukim platformama za sekvenciranje: Dostupni su i NGS i sekvenciranje dugog čitanja.
●Fleksibilan dizajn 1-8 područja aktivnog snimanja: Veličina područja snimanja je fleksibilna, moguće je koristiti 3 formata (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm i 15 mm * 20 mm)
●Usluga na jednom mjestu: Integrira sve korake temeljene na iskustvu i vještinama, uključujući krio-presjeke, bojenje, optimizaciju tkiva, prostorno barkodiranje, pripremu knjižnice, sekvencioniranje i bioinformatiku.
●Sveobuhvatna bioinformatika i korisniku prilagođena vizualizacija rezultata:paket uključuje 29 analiza i više od 100 visokokvalitetnih brojki, u kombinaciji s upotrebom softvera razvijenog u kući za vizualizaciju i prilagodbu dijeljenja stanica i grupiranja na mjestima.
●Prilagođena analiza podataka i vizualizacija: dostupno za različite istraživačke zahtjeve
●Visokostručan tehnički tim: s iskustvom u više od 250 vrsta tkiva i 100+ vrsta uključujući ljude, miševe, sisavce, ribe i biljke.
●Ažuriranja cijelog projekta u stvarnom vremenu: s potpunom kontrolom eksperimentalnog napretka.
●Izborna zajednička analiza s jednostaničnim sekvenciranjem mRNA
Specifikacije usluge
|
Uzorak Zahtjevi
| Knjižnica |
Strategija sekvenciranja
| Preporučeni podaci | Kontrola kvalitete |
| Krio uzorci ugrađeni u OCT, 3 bloka po uzorku | S1000 cDNA biblioteka | Ilumina PE150 (dostupne su i druge platforme) | 100K PE očitava na 100 uM (60-150 Gb) | RIN>7 |
Za više pojedinosti o smjernicama za pripremu uzoraka i tijeku rada usluge, slobodno razgovarajte s aBMKGENE stručnjak
Tijek rada usluge
U fazi pripreme uzorka izvodi se početno ispitivanje masovne ekstrakcije RNA kako bi se osiguralo da se može dobiti visokokvalitetna RNA. U fazi optimizacije tkiva rezovi se boje i vizualiziraju te se optimiziraju uvjeti permeabilizacije za oslobađanje mRNA iz tkiva. Optimizirani protokol se zatim primjenjuje tijekom izgradnje knjižnice, nakon čega slijedi sekvenciranje i analiza podataka.
Cjeloviti radni tijek usluge uključuje ažuriranja u stvarnom vremenu i potvrde klijenata kako bi se održala brza petlja povratnih informacija, čime se osigurava glatka izvedba projekta.
Podaci koje generira BMKMANU S1000 analiziraju se pomoću softvera "BSTMatrix", koji je neovisno dizajnirao BMKGENE, generirajući Gene Expression Matrix. Odatle se generira standardno izvješće koje uključuje kontrolu kvalitete podataka, analizu unutarnjeg uzorka i međugrupnu analizu.
● Kontrola kvalitete podataka:
Izlaz podataka i distribucija ocjene kvalitete
Detekcija gena po mjestu
Pokrivenost tkiva
● Analiza unutarnjeg uzorka:
Bogatstvo gena
Spot grupiranje, uključujući analizu smanjenih dimenzija
Diferencijalna analiza ekspresije između klastera: identifikacija marker gena
Funkcionalna anotacija i obogaćivanje marker gena
● Analiza među grupama:
Ponovna kombinacija točaka iz oba uzorka (npr. bolesnog i kontrolnog) i ponovno grupiranje
Identifikacija marker gena za svaki klaster
Funkcionalna anotacija i obogaćivanje marker gena
Diferencijalni izraz istog klastera između grupa
Dodatno, BMKGENE je razvio "BSTViewer" je alat jednostavan za korištenje koji korisniku omogućuje vizualizaciju ekspresije gena i uočavanje grupiranja u različitim rezolucijama.
BMKGene je razvio softver za korisničku vizualizaciju
BSTViewer spot klasteriranje u razlučivosti na više razina
BSTCellViewer: automatsko i ručno dijeljenje ćelija
Analiza unutarnjeg uzorka
Spot grupiranje:
Identifikacija marker gena i prostorna distribucija:
Inter-grupna analiza
Kombinacija podataka iz obje grupe i ponovnog grupiranja:
Markerski geni novih klastera:
Istražite napredak koji omogućuju BMKGene usluge prostorne transkriptomije s tehnologijom BMKManu S1000 u ovoj istaknutoj publikaciji:
Song, X. et al. (2023) 'Prostorna transkriptomika otkriva svjetlosno inducirane klorenhimske stanice uključene u promicanje regeneracije izdanaka u kalusu rajčice',Zbornik radova Nacionalne akademije znanosti Sjedinjenih Američkih Država, 120(38), str. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Vi, Y. et al. (2023) 'Sustavna usporedba prostornih transkriptomskih metoda temeljenih na sekvenciranju',bioRxiv, str. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
