De novo sklapanje bakterijskog genoma
Pružamo kompletnu uslugu sastavljanja bakterijskog genoma, jamčeći 0 praznina. To je moguće integracijom tehnologija sekvenciranja dugog čitanja, kao što su Nanopore i PacBio za sklapanje i sekvenciranje kratkog čitanja s Illuminom za provjeru valjanosti sklopa i ispravljanje pogrešaka očitavanja ONT-a. Naša usluga pruža potpuni tijek bioinformatičkog rada od sastavljanja, funkcionalne anotacije i napredne bioinformatičke analize, ispunjavajući specifične istraživačke ciljeve. Ova usluga omogućuje razvoj preciznih referentnih genoma za različite genetičke i genomske studije. Osim toga, čini osnovu za aplikacije kao što su optimizacija sojeva, genetski inženjering i razvoj mikrobne tehnologije, osiguravajući pouzdane genomske podatke bez praznina koji su ključni za unaprjeđenje znanstvenih uvida i biotehnoloških inovacija.
Značajke usluge
● S dvije moguće opcije za odabir ovisno o željenom stupnju potpunosti genoma.
● Opcija nacrta genoma: sekvenciranje kratkog čitanja s Illumina NovaSeq PE150.
● Kompletan genom 0 praznina.
● Sekvenciranje dugog očitavanja na Nanopore PromethION 48 ili PacBio Revio za sastavljanje genoma.
● Sekvenciranje kratkog čitanja na Illumina NovaSeq za provjeru valjanosti genoma i ispravljanje pogrešaka (Nanopore) ili za generiranje nacrta genoma.
Prednosti usluge
●Zajamčeno zero-gap genoma: To je zbog integracije Illumina sekvenciranja s dugim sekvenciranjem čitanja (Nanopore ili PacBio).
●Kompletan bioinformatički tijek rada:To uključuje sastavljanje genoma i predviđanje višestrukih genomskih elemenata, funkcionalnu oznaku gena i vizualizacije genoma kao što je Circosov dijagram.
●Opsežna stručnost: S preko 20.000 sastavljenih mikrobnih genoma, BMKGENE donosi više od desetljeća iskustva, visoko kvalificiran tim za analizu, sveobuhvatan sadržaj i izvrsnu podršku nakon prodaje.
●Podrška nakon prodaje:Naša predanost proteže se i nakon završetka projekta s 3-mjesečnim servisnim razdobljem nakon prodaje. Tijekom tog vremena nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i sesije s pitanjima i odgovorima kako bismo odgovorili na sva pitanja povezana s rezultatima.
●Dostupne su višestruke strategije sekvenciranja:Za različite istraživačke ciljeve i zahtjeve kompletnosti genoma.
Specifikacije usluge
| Servis | Strategija sekvenciranja |
| Nacrt genoma | Ilumina PE150 100x |
| 0 Gap Genom | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (opcionalno) |
Zahtjevi za uzorke:
| Koncentracija (ng/µL) | Ukupna količina (µg) | Volumen (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1,0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1,0-3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Bakterije: ≥3,5x1010 stanice
Tijek rada usluge
Dostava uzoraka
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Uključuje sljedeću analizu:
● Kontrola kvalitete podataka sekvenciranja
● Sklop genoma
● Analiza komponenata genoma: Predviđanje CDS-a i više genomskih elemenata
● Funkcionalna napomena s više općih baza podataka (GO, KEGG, itd.) i naprednih baza podataka (CARD, VFDB, itd.)
● Vizualizacija genoma
Pružamo genom u lako dostupnom formatu fasta i datoteku s komentarima genoma (gff).
Anotacija gena – KRENI
Napomena za gen – CAZY ugljikohidrati
Vizualizacija genoma – Circosov zaplet
Istražite napredak omogućen uslugama sastavljanja bakterijskog genoma BMKGene kroz odabranu zbirku publikacija.
Dai, W. i sur. (2023) 'Otkriće Bacteroides uniformis F18-22 kao sigurne i nove probiotičke bakterije za liječenje ulceroznog kolitisa iz zdravog ljudskog debelog crijeva',Međunarodni časopis za molekularne znanosti, 24(19), str. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. i sur. (2021) 'Izolate Proteusa mirabilisa otpornog na više lijekova koji nose blaOXA-1 i blaNDM-1 iz divljih životinja u Kini: povećanje rizika za javno zdravlje',Integrativna zoologija, 16(6), str. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT i sur. (2017) 'Kompletna sekvenca genoma endofita Bacillus flexus KLBMP 4941 otkriva njegov mehanizam za poticanje rasta biljaka i genetsku osnovu za toleranciju soli',Časopis za biotehnologiju, 260, str. 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. i sur. (2021) 'Plazmidi otpornosti na višestruke replikone Klebsielle posreduju u ekstenzivnom širenju antimikrobnih gena',Granice u mikrobiologiji, 12, str. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
