Sekvenciranje AMPLICON (16S/18S/ITS)

AMPLICON (16S/18S/ITS) sekvenciranje s Illumina metoda je analize mikrobne raznolikosti identificiranjem mikrobnih profila prema njihovim nizovima, a zatim pokušaja dešifriranja bogatstva i raznolikosti zajednice unutar svakog uzorka i između uzoraka. BMKCloud cjevovod (NGS) omogućuje analizu 16S, 18S, ITS i više funkcionalnih gena. Započinje s obrezivanjem čitanja, sklopom čitanja u uparenom kraju i procjenom kvalitete, nakon čega slijedi grupiranje sličnih čitanja za generiranje operativnih taksonomskih jedinica (OTU) koje se koriste u šest različitih odjeljaka za analizu. Taksonomska napomena pruža informacije o relativnom obilju i sastavu svakog uzorka, dok se analize alfa i beta raznolikosti usredotočuju na mikrobnu raznolikost unutar i između uzoraka. Diferencijalna analiza između skupina pronalazi OTU koji se razlikuju koristeći i parametrijske i neparametrijske testove, dok korelacijska analiza povezuje ove razlike na okolišne čimbenike. Konačno, predviđa se funkcionalno obilje gena na temelju obilja markera, pružajući uvid u funkciju i ekologiju u svakom uzorku.