16S/18S/njegov amplikon sekvenciranje-pacbio
Service značajke
● Platforma za sekvenciranje: Pacbio Revio
● Način sekvenciranja: CCS (HIFI čita)
● Pojačanje ciljne regije, nakon čega slijedi tandem povezivanje amplikona prije pripreme biblioteke HIFI SMRT Bell
Prednosti usluge
●Viša taksonomska razlučivost: tHan sekvenciranje kratkog Amplikona,omogućavajući veće stope klasifikacije OTU na razini vrsta.
●Visoko precizno pozivanje na osnovu: Pacbio CCS sekvenciranje načina rada (HIFI čita).
●Bez izolacije: Brza identifikacija mikrobnog sastava u uzorcima okoliša.
●Široko primjenjiv: Različite studije mikrobne zajednice.
●Sveobuhvatna bioinformatička analiza: Najnoviji Qiime2 paket (kvantitativni uvid u mikrobnu ekologiju) s različitim analizama u smislu baze podataka, napomena, OTU/ASV.
●Opsežna stručnost: S tisućama projekata sekvenciranja amplikona koji se provode godišnje, BMKGENE donosi više od desetljeća iskustva, visoko kvalificiranog analize, sveobuhvatni sadržaj i izvrsnu podršku nakon prodaje.
Specifikacije usluge
| Knjižnica | Strategija sekvenciranja | Podaci preporučeni |
| Amplikon | Pacbio Revio | 10/30/50 K Oznake (CCS) |
Zahtjevi za uzorkovanje
| Koncentracija (ng/µL) | Ukupna količina (µg) | Volumen (µl) |
| ≥5 | ≥0,3 | ≥20 |
Preporučena isporuka uzorka
Zamrznite uzorke u tekućem dušiku 3-4 sata i pohranite u tekućem dušiku ili -80 stupnjeva do dugotrajne rezervacije. Potrebna je uzorka otpreme sa suhim ledom.
Servisni rad protoka
Dostava uzorka
Konstrukcija knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Uključuje sljedeću analizu:
● Sirova kontrola kvalitete podataka
● OTU klasteriranje/de-noise (ASV)
● OTU napomena
● Analiza alfa raznolikosti: više indeksa, uključujući Shannon, Simpson i ACE.
● Analiza beta raznolikosti
● Inter-grupna analiza
● Analiza korelacije: između čimbenika okoliša i sastava i raznolikosti
● 16S funkcionalno predviđanje gena
Histogram taksonomske distribucije
Filogenetsko stablo distribucije zajednice
Analiza alfa raznolikosti: ACE
indeks
Analiza beta raznolikosti: PCOA
Međugrupna analiza: ANOVA
Istražite napredovanje koje je omogućilo BMKGENE -ove usluge sekvenciranja amplikona s PACBIO -om kroz kuriranu zbirku publikacija.
Gao, X. i Wang, H. (2023) 'Usporedna analiza bakterijskih profila i funkcija rumena tijekom prilagodbe različitim fenologiji (regreen vs. travnati) u alpskim merino ovcama s dvije rastuće faze na alpskoj livadi', fermentacija, 9 ( 1), str. 16. doi: 10.3390/fermentacija9010016/s1.
Li, S. i sur. (2023.) 'Uhvatiti mikrobnu tamnu tvar u pustinjskim tlima koristeći metagenomiku temeljenu na kulturomici i analizu visoke rezolucije', NPJ biofilmi i mikrobiomi 2023 9: 1, 9 (1), str. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
MU, L. i sur. (2022.) 'Učinci soli masnih kiselina na karakteristike fermentacije, bakterijsku raznolikost i aerobnu stabilnost miješane silaže pripremljene sa lucerkom, rižinom slamom i pšeničnim mekinjama', časopis o znanosti o hrani i poljoprivredi, 102 (4), str. 1475– 1487. doi: 10.1002/jsfa.11482.
Yang, J. i sur. (2023) 'Interakcija između biomarkera oksidativnog stresa i mikrobiote crijeva u antioksidacijskim učincima ekstrakata iz Sonchus Brachyotus DC. U crijevnom oksidativnom stresu izazvanom oksazolonom kod odraslih zebrafish ', antioksidanti 2023, vol. 12, stranica 192, 12 (1), str. 192. doi: 10.3390/Antiox12010192.
