16S/18S/ITS amplikonsko sekvenciranje-NGS
Značajke usluge
● Platforma za sekvenciranje: Illumina NovaSeq.
● Amplifikacija kratkih regija 16S, 18S i ITS, među ostalim ciljevima amplifikacije.
● Fleksibilan izbor amplikona.
● Prethodno projektno iskustvo s višestrukim ciljevima pojačanja.
Prednosti usluge
●Bez izolacije:Brza identifikacija mikrobnog sastava u uzorcima iz okoliša.
●Visoka rezolucija: U slabo zastupljenim komponentama u uzorcima okoliša.
●Široko primjenjiv: Studije različitih mikrobnih zajednica.
●Sveobuhvatna bioinformatska analiza: Najnoviji QIIME2 paket (kvantitativni uvid u mikrobnu ekologiju) s različitim analizama u smislu baze podataka, anotacija, OTU/ASV.
●Opsežna stručnost: Sa 150 tisuća projekata sekvenciranja amplikona koji se provode godišnje, BMKGENE donosi više od desetljeća iskustva, visoko kvalificiran tim za analizu, sveobuhvatan sadržaj i izvrsnu podršku nakon prodaje.
Specifikacije usluge
| Knjižnica | Strategija sekvenciranja | Preporučeni podaci |
| Amplicon | Ilumina PE250 | 50/100/300K oznaka (čitanje parova) |
Zahtjevi usluge
| Koncentracija (ng/µL) | Ukupni iznos (ng) | Volumen (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Zemlja/mulj: 1-2g
● Crijevni sadržaj-životinjski: 0,5-2g
● Crijevni sadržaj-insekt: 0,1-0,25g
● Površina biljke (obogaćeni sediment): 0,1-0,5g
● Fermentacijska juha obogaćena sedimentom): 0,1-0,5g
● Izmet (velike životinje): 0,5-2g
● Izmet (miš): 3-5 zrna
● Plućna alveolarna tekućina za ispiranje: filter papir
● Obrisak rodnice: 5-6 obrisaka
● Obrisak kože/genitalija/slina/meko tkivo usne šupljine/obrisak ždrijela/rektalni obrisak: 2-3 obriska
● Površinski mikroorganizmi: filter papir
● Vodeno tijelo/zrak/biofilm: filter papir
● Endofiti: 1-2g
● Zubni plak: 0,5-1g
Tijek rada usluge
Dostava uzoraka
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Uključuje sljedeću analizu:
- Kontrola kvalitete sirovih podataka
- OTU klasteriranje/Uklanjanje buke (ASV)
- OTU napomena
- Alfa analiza raznolikosti: više indeksa, uključujući Shannona, Simpsona i ACE.
- Beta analiza raznolikosti
- Međugrupna analiza
- Analiza korelacije: između čimbenika okoliša i sastava i raznolikosti OUT
- Predviđanje funkcionalnog gena 16S
Histogram taksonomske distribucije
taxonomic abundance clustering heat map
Analiza alfa raznolikosti: krivulja razrijeđenosti
analiza beta raznolikosti: NMDS
Međugrupna analiza: otkriće LEFSE biomarkera
Istražite napredak omogućen BMKGene uslugama sekvenciranja amplikona s Illuminom kroz odabranu zbirku publikacija.
Dong, C. i sur. (2022.) 'Sastavljanje, jezgra mikrobiote i funkcija mikrobiote rizosfere tla i kore u Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. i sur. (2023) 'Transplantacija sintetskih bakterijskih konzorcija za liječenje bakterijske vaginoze izazvane Gardnerella vaginalis u miševa', Microbiome, 11(1), str. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. i Liu, H. (2022.) 'Mikrobiomi zračne prašine prikupljeni tijekom zemaljskog zatvorenog bioregenerativnog eksperimenta održavanja života “Lunar Palace 365”', Environmental Microbiomes, 17(1), str. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/SLIKE/8.
Yin, S. i sur. (2022.) 'Obilnost funkcionalnih gena ovisno o sirovini koja se odnosi na transformaciju dušika kontrolirani gubitak dušika u kompostiranju', Bioresource Technology, 361, str. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
