हीटमैप दराज का उपयोग हीट मैप ड्राइंग के लिए किया जाता है, जो फ़िल्टर कर सकता है, सामान्य हो सकता है और क्लस्टर मैट्रिक्स डेटा को क्लस्टर कर सकता है। यह ज्यादातर विभिन्न नमूनों के बीच जीन अभिव्यक्ति स्तर के क्लस्टर विश्लेषण के लिए उपयोग किया जाता है।
NR, KEGG, COG, SWISSPROT, TREMBL, KOG, PFAM सहित डेटाबेस में अनुक्रमों को संरेखित करके FASTA फ़ाइल में अनुक्रमों के लिए जैविक कार्यों को संलग्न करना।
BLAST (बुनियादी स्थानीय संरेखण खोज उपकरण) समान जैविक अनुक्रमों वाले क्षेत्रों को खोजने के लिए एक एल्गोरिथ्म और कार्यक्रम है। यह इन अनुक्रमों की तुलना डेटा को अनुक्रम करने और सांख्यिकीय महत्व की गणना करने के लिए करता है। BLAST में अनुक्रम प्रकार के आधार पर चार प्रकार के उपकरण होते हैं: BLASTN, LASTP, BLASTX और TBLASTN।