विशिष्ट-स्थानीय प्रवर्धित टुकड़ा अनुक्रमण (SLAF-SEQ)
कार्यप्रवाह
तकनीकी योजना
सेवा सुविधाएँ
● PE150 के साथ Novaseq पर अनुक्रमण।
● डबल बारकोडिंग के साथ लाइब्रेरी की तैयारी, 1000 से अधिक नमूनों के पूलिंग को सक्षम करना।
● इस तकनीक का उपयोग संदर्भ जीनोम के साथ या उसके बिना किया जा सकता है, प्रत्येक मामले के लिए अलग -अलग जैव सूचनात्मक पाइपलाइनों के साथ:
संदर्भ जीनोम के साथ: एसएनपी और इंडेल डिस्कवरी
संदर्भ जीनोम के बिना: नमूना क्लस्टरिंग और एसएनपी खोज
● मेंसिलिको मेंपूर्व-डिज़ाइन चरण कई प्रतिबंध एंजाइम संयोजनों को उन लोगों को खोजने के लिए जांच की जाती है जो जीनोम के साथ SLAF टैग का एक समान वितरण उत्पन्न करते हैं।
● पूर्व-प्रयोग के दौरान, 9 स्लैफ लाइब्रेरी उत्पन्न करने के लिए 3 नमूनों में तीन एंजाइम संयोजनों का परीक्षण किया जाता है, और यह जानकारी परियोजना के लिए इष्टतम प्रतिबंध एंजाइम संयोजन चुनने के लिए उपयोग की जाती है।
सेवा लाभ
●उच्च आनुवंशिक मार्कर खोज: एक उच्च-थ्रूपुट डबल बारकोड सिस्टम को एकीकृत करना बड़ी आबादी के एक साथ अनुक्रमण के लिए अनुमति देता है, और लोकस-विशिष्ट प्रवर्धन दक्षता को बढ़ाता है, यह सुनिश्चित करता है कि टैग संख्या विभिन्न शोध प्रश्नों की विविध आवश्यकताओं को पूरा करती है।
● जीनोम पर कम निर्भरता: यह संदर्भ जीनोम के साथ या उसके बिना प्रजातियों पर लागू किया जा सकता है।
●लचीला योजना डिजाइन: सिंगल-एंजाइम, डुअल-एंजाइम, मल्टी-एंजाइम पाचन, और विभिन्न प्रकार के एंजाइम सभी को विभिन्न शोध लक्ष्यों या प्रजातियों को पूरा करने के लिए चुना जा सकता है।सिलिको मेंएक इष्टतम एंजाइम डिजाइन सुनिश्चित करने के लिए पूर्व-डिजाइन किया जाता है।
● एंजाइमेटिक पाचन में उच्च दक्षता: एक का चालनसिलिको मेंपूर्व-डिजाइन और एक पूर्व-प्रयोग ने गुणसूत्र (1 स्लैफ टैग/4KB) पर SLAF टैग के वितरण के साथ इष्टतम डिजाइन का आश्वासन दिया और दोहराए गए दोहराव अनुक्रम (<5%) को कम किया।
●व्यापक विशेषज्ञता: हमारी टीम हर परियोजना के लिए अनुभव का खजाना लाती है, जिसमें पौधों, स्तनधारियों, पक्षियों, कीड़े और जलीय जीवों सहित सैकड़ों प्रजातियों पर 5000 से अधिक SLAF-seq परियोजनाओं को बंद करने का एक ट्रैक रिकॉर्ड है।
● स्व-विकसित बायोइनफॉर्मेटिक वर्कफ़्लो: BMKGENE ने अंतिम आउटपुट की विश्वसनीयता और सटीकता सुनिश्चित करने के लिए SLAF-SEQ के लिए एक एकीकृत बायोइनफॉर्मेटिक वर्कफ़्लो विकसित किया।
सेवा विनिर्देश
| विश्लेषण का प्रकार | अनुशंसित जनसंख्या मान | अनुक्रमण रणनीति | |
| टैग अनुक्रमण की गहराई | टैग संख्या | ||
| आनुवंशिक मानचित्र | 2 माता -पिता और> 150 संतान | माता -पिता: 20x WGS ऑफसपिंग: 10x | जीनोम आकार: <400 एमबी: डब्ल्यूजीएस की सिफारिश की जाती है <1GB: 100k टैग 1-2GB :: 200k टैग > 2 जीबी: 300k टैग अधिकतम 500k टैग |
| जीनोम-वाइड एसोसिएशन स्टडीज (जीडब्ल्यूएएस) | ≥200 नमूने | 10x | |
| आनुवंशिक विकास | ≥30 नमूने, प्रत्येक उपसमूह से> 10 नमूने के साथ | 10x | |
सेवा आवश्यकताएँ
एकाग्रता/5 एनजी/μl
कुल राशि of 80 एनजी
नैनोड्रॉप OD260/280 = 1.6-2.5
Agarose gel: नहीं या सीमित गिरावट या संदूषण
अनुशंसित नमूना वितरण
कंटेनर: 2 एमएल सेंट्रीफ्यूज ट्यूब
(अधिकांश नमूनों के लिए, हम इथेनॉल में संरक्षित नहीं करने की सलाह देते हैं)
नमूना लेबलिंग: नमूनों को स्पष्ट रूप से लेबल करने और प्रस्तुत नमूना सूचना फॉर्म के समान होने की आवश्यकता है।
शिपमेंट: ड्राई-आइस: नमूनों को पहले बैगों में पैक करने की आवश्यकता है और ड्राई-आइस में दफन किया जाता है।
सेवा वर्कफ़्लो
नमूना QC
पायलट प्रयोग
स्लैफ-एक्सपेरिमेंट
पुस्तकालय तैयारी
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री के बाद सेवाएं
निम्नलिखित विश्लेषण शामिल है:
- अनुक्रमण आंकड़ा qc
- स्लैफ टैग विकास
संदर्भ जीनोम के लिए मानचित्रण
एक संदर्भ जीनोम के बिना: क्लस्टरिंग
- स्लैफ टैग का विश्लेषण: सांख्यिकी, जीनोम में वितरण
- मार्कर डिस्कवरी: एसएनपी, इंडेल, एसएनवी, सीवी कॉलिंग और एनोटेशन
गुणसूत्रों पर SLAF टैग का वितरण:
गुणसूत्रों पर एसएनपी का वितरण:
एसएनपी एनोटेशन
| वर्ष | पत्रिका | IF | शीर्षक | अनुप्रयोग |
| 2022 | प्रकृति संचार | 17.694 | गीगा-क्रोमोसोम का जीनोमिक आधार और पेड़ के पेनी के गीगा-जेनोम पीयोनिया ओस्टि | स्लाफ-ग्वास |
| 2015 | नया फाइटोलॉजिस्ट | 7.433 | डोमेस्टिकेशन पैरों के निशान एंगेरोनोमिक महत्व के लंगर जीनोमिक क्षेत्रों में सोयाबीन | स्लाफ-ग्वास |
| 2022 | उन्नत अनुसंधान जर्नल | 12.822 | जी। हिरसुतम में गॉसिपियम बारबेडेंस के जीनोम-वाइड आर्टिफिशियल इंट्रोग्लेंस कपास फाइबर गुणवत्ता और उपज के एक साथ सुधार के लिए बेहतर लोकी प्रकट करें लक्षण | स्लैफ-विकासवादी आनुवंशिकी |
| 2019 | आणविक संयंत्र | 10.81 | जनसंख्या जीनोमिक विश्लेषण और डे नोवो असेंबली ने वीडी की उत्पत्ति का खुलासा किया एक विकासवादी खेल के रूप में चावल | स्लैफ-विकासवादी आनुवंशिकी |
| 2019 | प्रकृति आनुवंशिकी | 31.616 | सामान्य कार्प, साइप्रिनस कार्पियो की जीनोम अनुक्रम और आनुवंशिक विविधता | स्लैफ-लिंकेज मैप |
| 2014 | प्रकृति आनुवंशिकी | 25.455 | खेती की गई मूंगफली का जीनोम लेग्यूम केरियोटाइप्स, पॉलीप्लॉइड में अंतर्दृष्टि प्रदान करता है विकास और फसल वर्चस्व। | स्लैफ-लिंकेज मैप |
| 2022 | संयंत्र जैव प्रौद्योगिकी पत्रिका | 9.803 | ST1 की पहचान से एक चयन का पता चलता है जिसमें बीज आकृति विज्ञान की हिचहाइकिंग शामिल है और सोयाबीन के वर्चस्व के दौरान तेल सामग्री | स्लैफ-मार्कर विकास |
| 2022 | इंटरनेशनल जर्नल ऑफ मॉलिक्यूलर साइंसेज | 6.208 | एक गेहूं-लीमस मोलिस 2 एनएस (2 डी) के लिए पहचान और डीएनए मार्कर विकास असंतुलित गुणसूत्र प्रतिस्थापन | स्लैफ-मार्कर विकास |
| वर्ष | पत्रिका | IF | शीर्षक | अनुप्रयोग |
| 2023 | संयंत्र विज्ञान में सीमाएँ | 6.735 | क्यूटीएल मैपिंग और पाइरस पाइरिफोलिया के फलों के पकने के दौरान चीनी सामग्री का ट्रांसक्रिपटोम विश्लेषण | आनुवंशिक मानचित्र |
| 2022 | संयंत्र जैव प्रौद्योगिकी पत्रिका | 8.154 | ST1 की पहचान से पता चलता है कि सोयाबीन डोमेस्टिकेशन के दौरान बीज आकृति विज्ञान और तेल सामग्री की हिचहाइकिंग शामिल है
| एसएनपी कॉलिंग |
| 2022 | संयंत्र विज्ञान में सीमाएँ | 6.623 | सूखे वातावरण में बमुश्किल फेनोटाइप्स की जीनोम-वाइड एसोसिएशन मैपिंग।
| ग्वास |
