छोटे आरएनए 18-30 एनटी की औसत लंबाई के साथ छोटे गैर-कोडिंग आरएनए के प्रकार होते हैं, जिनमें miRNA, siRNA और piRNA शामिल हैं। इन छोटे आरएनए को बड़े पैमाने पर विभिन्न जैविक प्रक्रियाओं जैसे कि mRNA गिरावट, अनुवाद निषेध, हेट्रोक्रोमैटिन गठन, आदि में शामिल होने की सूचना दी गई है अनुक्रमण विश्लेषण मंच में मानक विश्लेषण और उन्नत डेटा खनन शामिल हैं। आरएनए-सीक डेटा के आधार पर, मानक विश्लेषण miRNA पहचान और भविष्यवाणी, miRNA लक्ष्य जीन भविष्यवाणी, एनोटेशन और अभिव्यक्ति विश्लेषण प्राप्त कर सकता है। उन्नत विश्लेषण अनुकूलित miRNA खोज और निष्कर्षण, वेन आरेख पीढ़ी, miRNA और लक्ष्य जीन नेटवर्क बिल्डिंग को सक्षम करता है।
