एकल-नाभिक आरएनए अनुक्रमण
तकनीकी योजना
नाभिक का पृथक्करण 10× जीनोमिक्स क्रोमियम™ द्वारा प्राप्त किया जाता है, जिसमें डबल क्रॉसिंग के साथ आठ-चैनल माइक्रोफ्लुइडिक्स प्रणाली शामिल है। इस प्रणाली में, बारकोड और प्राइमर, एंजाइम और एक नाभिक के साथ एक जेल मोतियों को नैनोलीटर आकार की तेल की बूंद में समाहित किया जाता है, जिससे जेल बीड-इन-इमल्शन (जीईएम) उत्पन्न होता है। एक बार GEM बनने के बाद, प्रत्येक GEM में सेल विश्लेषण और बारकोड जारी किया जाता है। एमआरएनए को 10× बारकोड और यूएमआई के साथ सीडीएनए अणुओं में रिवर्स ट्रांसक्राइब किया जाता है, जो आगे मानक अनुक्रमण पुस्तकालय निर्माण के अधीन हैं।
विशेषताएँ
● जमे हुए ऊतकों से एकल-नाभिक निलंबन की तैयारी
● सीडीएनए संश्लेषण के बाद जेल बीड-इन-इमल्शन (जीईएम) का निर्माण
● GEM में प्रत्येक मनका 4 खंडों से बने प्राइमरों से भरा होता है:
एमआरएनए प्राइमिंग और सीडीएनए संश्लेषण के लिए पॉली (डीटी) टेल,
प्रवर्धन पूर्वाग्रह को ठीक करने के लिए अद्वितीय आणविक पहचानकर्ता (यूएमआई)।
10x बारकोड
आंशिक रूप से पढ़े गए 1 अनुक्रमण प्राइमर का बाइंडिंग अनुक्रम
लाभ
एकल-नाभिक आरएनए अनुक्रमण एकल-कोशिका आरएनए अनुक्रमण की सीमाओं को दरकिनार करता है, जिससे यह सक्षम होता है:
● जमे हुए नमूनों का उपयोग केवल ताजा नमूनों तक ही सीमित नहीं है
● ताजी कोशिकाओं के एंजाइमेटिक उपचार की तुलना में जमी हुई कोशिकाओं का कम तनाव, कम तनाव-प्रेरित जीन के रूप में ट्रांसक्रिपटोम डेटा में परिलक्षित होता है
● लाल रक्त कोशिकाओं को पहले हटाने की कोई आवश्यकता नहीं है
● असीमित सेल व्यास
● नमूनों की बड़ी श्रृंखला जो विश्लेषण के लिए योग्य हैं, जिनमें जटिल और नाजुक ऊतक प्रकार शामिल हैं जो ऊतक पृथक्करण के दौरान कोशिका के जमने या नष्ट होने की संभावना रखते हैं।
ऐसे नमूने जिनका विश्लेषण एकल-कोशिका आरएनए अनुक्रमण द्वारा नहीं किया जा सकता है और वे एकल नाभिक आरएनए अनुक्रमण के लिए पात्र हैं:
| कोशिका/ऊतक | कारण |
| जमे हुए ऊतक को ताजा करें | ताज़ा या लंबे समय से सहेजे गए संगठन प्राप्त करने में असमर्थ |
| मांसपेशी कोशिका, मेगाकार्योसाइट, वसा... | उपकरण में प्रवेश करने के लिए सेल का व्यास बहुत बड़ा है |
| जिगर… | तोड़ने के लिए बहुत नाजुक, एकल कोशिकाओं में अंतर करने में असमर्थ |
| न्यूरॉन कोशिका, मस्तिष्क… | अधिक संवेदनशील, तनाव के प्रति आसान, अनुक्रमण परिणामों को बदल देगा |
| अग्न्याशय, थायराइड… | अंतर्जात एंजाइमों से भरपूर, एकल कोशिका निलंबन के उत्पादन को प्रभावित करता है |
एकल-नाभिक बनाम एकल-कोशिका
| एकल-नाभिक | एकल-कोशिका |
| असीमित सेल व्यास | सेल व्यास: 10-40 μm |
| सामग्री जमे हुए ऊतक हो सकती है | सामग्री ताजा ऊतक होनी चाहिए |
| जमी हुई कोशिकाओं का कम तनाव | एंजाइम उपचार से कोशिका तनाव प्रतिक्रिया हो सकती है |
| लाल रक्त कोशिकाओं को हटाने की आवश्यकता नहीं है | लाल रक्त कोशिकाओं को हटाने की जरूरत है |
| परमाणु जैव सूचना को व्यक्त करता है | संपूर्ण कोशिका जैव सूचना व्यक्त करती है |
विशेष विवरण
| नमूना आवश्यकताएँ | पुस्तकालय | अनुक्रमण रणनीति | डेटा अनुशंसित | गुणवत्ता नियंत्रण |
| पशु ऊतक ≥ 200 मिलीग्राम पौधे का ऊतक ≥ 400 मिलीग्राम | 10x जीनोमिक्स एसएन सीडीएनए लाइब्रेरी | इलुमिना PE150 | प्रति सेल 100K PE रीड (100-200 जीबी) | माइक्रोस्कोप के तहत 700-1200 नाभिक/μl और नाभिक अखंडता देखी गई |
नमूना तैयार करने के मार्गदर्शन और सेवा कार्यप्रवाह के बारे में अधिक जानकारी के लिए, कृपया बेझिझक किसी से बात करेंबीएमकेजीन विशेषज्ञ
सेवा कार्य प्रवाह
निम्नलिखित विश्लेषण शामिल है:
● गुणवत्ता नियंत्रण: कोशिकाओं की संख्या, जीन का पता लगाना, कोशिकाओं की सटीक पहचान, आरएनए अणु और अभिव्यक्ति मात्रा का ठहराव
● आंतरिक नमूना विश्लेषण:
सेल क्लस्टरिंग और क्लस्टर एनोटेशन
विभेदक अभिव्यक्ति विश्लेषण: समूहों में डीईजी की पहचान
क्लस्टर डीईजी का कार्यात्मक एनोटेशन और संवर्धन
● अंतर-समूह विश्लेषण:
डेटा का संयोजन
विभेदक अभिव्यक्ति विश्लेषण: समूहों में डीईजी की पहचान
समूह डीईजी का कार्यात्मक एनोटेशन और संवर्धन
● उन्नत विश्लेषण:
कोशिका चक्र विश्लेषण
छद्मकाल विश्लेषण
सेल संचार विश्लेषण (सेलफोनडीबी)
जीन सेट संवर्धन विश्लेषण (जीएसईए)
आंतरिक नमूना विश्लेषण
सेल क्लस्टरिंग:
विभेदक अभिव्यक्ति विश्लेषण: क्लस्टर डीईजी
अंतर-समूह विश्लेषण
विभेदक अभिव्यक्ति विश्लेषण: समूह डीईजी
उन्नत विश्लेषण:
छद्मकाल विश्लेषण:
कोशिका चक्र विश्लेषण:
इन विशेष प्रकाशनों में 10X क्रोमियम द्वारा BMKGene की एकल-नाभिक आरएनए अनुक्रमण सेवाओं द्वारा सुगम की गई प्रगति का अन्वेषण करें:
वांग, एल. एट अल. (2021) 'एकल-कोशिका ट्रांसक्रिप्टोमिक विश्लेषण से स्टेरॉयड-प्रतिरोधी अस्थमा तीव्रता में फेफड़े के प्रतिरक्षा परिदृश्य का पता चलता है',संयुक्त राज्य अमेरिका की राष्ट्रीय विज्ञान अकादमी की कार्यवाही, 118(2), पृ. e2005590118. डीओआई: 10.1073/पीएनएएस.2005590118
झेंग, एच. एट अल. (2022) 'ग्रेव्स रोग और हाशिमोटो के थायरॉयडिटिस के सूक्ष्म वातावरण में प्रतिरक्षा कोशिकाओं में विकृत जीन अभिव्यक्ति और असामान्य मेटाबोलिक सिग्नलिंग के लिए एक वैश्विक नियामक नेटवर्क',इम्यूनोलॉजी में फ्रंटियर्स, 13, पृ. 879824. डीओआई: 10.3389/फिम्मू.2022.879824/बीआईबीटीएक्स।
तियान, एच. एट अल. (2023) 'एकल-कोशिका प्रतिलेख फ्लाउंडर (पैरालिचथिस ओलिवेसस) में निष्क्रिय एडवर्डसिएला टार्डा के साथ टीकाकरण के बाद ल्यूकोसाइट्स की विविधता और प्रतिरक्षा प्रतिक्रियाओं को उजागर करता है',एक्वाकल्चर, 566, पृ. 739238. डीओआई: 10.1016/जे.एक्वाकल्चर.2023.739238।
यू, वाई एट अल. (2023) 'फोटोडायनामिक थेरेपी गैस्ट्रिक कैंसर के रोगियों में एंटी-ट्यूमर प्रतिरक्षा को फिर से तैयार करके प्रतिरक्षा चेकपॉइंट अवरोधकों के परिणाम में सुधार करती है',गैस्ट्रिक कैंसर, 26(5), पृ. 798-813। डीओआई: 10.1007/एस10120-023-01409-एक्स/मेट्रिक्स।
