प्रोकैरियोटिक आरएनए अनुक्रमण
विशेषताएँ
● आरएनए नमूना प्रसंस्करण में दिशात्मक आरएनए लाइब्रेरी तैयारी के बाद आरआरएनए कमी शामिल है।
● संदर्भ जीनोम के संरेखण पर आधारित जैव सूचनात्मक विश्लेषण
● विश्लेषण में जीन अभिव्यक्ति और डीईजी के अलावा ट्रांसक्रिप्ट संरचना और एसआरएनए विश्लेषण भी शामिल है
सेवा लाभ
●कठोर गुणवत्ता नियंत्रण: हम नमूना और पुस्तकालय तैयारी से लेकर अनुक्रमण और जैव सूचना विज्ञान तक सभी चरणों में मुख्य नियंत्रण बिंदुओं को लागू करते हैं। यह सावधानीपूर्वक निगरानी लगातार उच्च-गुणवत्ता वाले परिणामों की डिलीवरी सुनिश्चित करती है।
●स्ट्रैंड-विशिष्ट अनुक्रमण डेटा: आरएनए लाइब्रेरी की तैयारी दिशात्मक होने के कारण, एंटी-सेंस ट्रांस्क्रिप्ट की पहचान को सक्षम बनाती है।
●प्रोकैरियोटिक ट्रांस्क्रिप्टोम्स के अनुरूप संपूर्ण विश्लेषण: जैव सूचनात्मक पाइपलाइन में न केवल जीन अभिव्यक्ति का विश्लेषण शामिल है, बल्कि ट्रांसक्रिप्ट संरचना का विश्लेषण भी शामिल है, जिसमें ऑपेरॉन, यूटीआर और प्रमोटरों की पहचान भी शामिल है। इसमें एसआरएनए का विश्लेषण भी शामिल है, अर्थात् द्वितीयक संरचना और लक्ष्यों की एनोटेशन और भविष्यवाणी।
●बिक्री के बाद का समर्थन: हमारी प्रतिबद्धता 3 महीने की बिक्री-पश्चात सेवा अवधि के साथ परियोजना को पूरा करने से आगे तक फैली हुई है। इस समय के दौरान, हम परिणामों से संबंधित किसी भी प्रश्न के समाधान के लिए प्रोजेक्ट फॉलो-अप, समस्या निवारण सहायता और प्रश्नोत्तर सत्र की पेशकश करते हैं।
नमूना आवश्यकताएँ और वितरण
| पुस्तकालय | अनुक्रमण रणनीति | डेटा अनुशंसित | गुणवत्ता नियंत्रण |
| आरआरएनए ने दिशात्मक पुस्तकालय को समाप्त कर दिया | इलुमिना PE150 | 1-2 जीबी | Q30≥85% |
नमूना आवश्यकताएँ:
| सांद्र(एनजी/μl) | मात्रा (μg) | पवित्रता | अखंडता |
| ≥ 50 | ≥ 1 | ओडी260/280=1.8-2.0 ओडी260/230=1.0-2.5 जेल पर सीमित या कोई प्रोटीन या डीएनए संदूषण नहीं दिखाया गया है। | RIN≥6.5 |
अनुशंसित नमूना वितरण
कंटेनर: 2 मिली सेंट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन फ़ॉइल अनुशंसित नहीं है)
नमूना लेबलिंग: समूह+प्रतिकृति जैसे A1, A2, A3; बी1, बी2, बी3.
शिपमेंट:
1. सूखी बर्फ: नमूनों को बैग में पैक करके सूखी बर्फ में दबा देना चाहिए।
2. आरएनएस्टेबल ट्यूब: आरएनए नमूनों को आरएनए स्थिरीकरण ट्यूब (जैसे आरएनएस्टेबल®) में सुखाया जा सकता है और कमरे के तापमान में भेजा जा सकता है।
सेवा कार्य प्रवाह
नमूना वितरण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री के बाद की सेवाएँ
जैव सूचनात्मक विश्लेषण वर्कफ़्लो
निम्नलिखित विश्लेषण शामिल है:
● कच्चा डेटा गुणवत्ता नियंत्रण
● संदर्भ जीनोम के साथ संरेखण
● लाइब्रेरी गुणवत्ता मूल्यांकन: आरएनए विखंडन यादृच्छिकता, सम्मिलित आकार और अनुक्रमण संतृप्ति
● पूर्वानुमानित कोडिंग जीन का कार्यात्मक एनोटेशन
● अभिव्यक्ति विश्लेषण: सहसंबंध और प्रमुख घटक विश्लेषण (पीसीए)
● विभेदक जीन अभिव्यक्ति (डीईजी)
● डीईजी का कार्यात्मक एनोटेशन और संवर्धन
● एसआरएनए विश्लेषण: भविष्यवाणी, एनोटेशन, लक्ष्य और माध्यमिक संरचना भविष्यवाणी
● ट्रांस्क्रिप्ट संरचना विश्लेषण: ऑपेरॉन, प्रारंभिक और समाप्ति स्थिति, अनट्रांसलेटेड क्षेत्र (यूटीएस), प्रमोटर, और एसएनपी/इनडेल विश्लेषण
अनुक्रमण संतृप्ति
कोडिंग जीन का कार्यात्मक एनोटेशन
नमूनों के बीच सहसंबंध
विभेदक व्यक्त जीन (डीईजी) विश्लेषण
कार्यात्मक संवर्धन विश्लेषण
एसआरएनए एनोटेशन
इस विशेष प्रकाशन में BMKGene की नैनोपोर फुल-लेंथ mRNA अनुक्रमण सेवाओं द्वारा की गई प्रगति का पता लगाएं।
गुआन, सीपी एट अल. (2018) 'बायोफिल्म बनाने वाले स्टैफिलोकोकस एपिडर्मिडिस के वैश्विक ट्रांस्क्रिप्टोम परिवर्तन, जो सोफोरिया एलोपेकुरोइड्स के कुल अल्कलॉइड्स पर प्रतिक्रिया करते हैं',माइक्रोबायोलॉजी के पोलिश जर्नल, 67(2), पृ. 223. डीओआई: 10.21307/पीजेएम-2018-024।
