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मेटागेनोमिक सीक्वेंसिंग -एनजीएस
एक मेटाजेनोम जीवों के मिश्रित समुदाय की कुल आनुवंशिक सामग्री का एक संग्रह है, जैसे कि पर्यावरण और मानव मेटागेनोम। इसमें खेती योग्य और गैर खेती योग्य दोनों प्रकार के सूक्ष्मजीवों के जीनोम शामिल हैं। एनजीएस के साथ शॉटगन मेटागेनोमिक अनुक्रमण, टैक्सोनोमिक प्रोफाइलिंग से अधिक प्रदान करके पर्यावरणीय नमूनों में एम्बेडेड इन जटिल जीनोमिक परिदृश्यों के अध्ययन को सक्षम बनाता है, जिससे प्रजातियों की विविधता, बहुतायत गतिशीलता और जटिल जनसंख्या संरचनाओं में भी बारीक अंतर्दृष्टि मिलती है। टैक्सोनोमिक अध्ययनों से परे, शॉटगन मेटागेनोमिक्स एक कार्यात्मक जीनोमिक्स परिप्रेक्ष्य भी प्रदान करता है, जो एन्कोडेड जीन की खोज और पारिस्थितिक प्रक्रियाओं में उनकी अनुमानित भूमिकाओं को सक्षम बनाता है। अंत में, आनुवंशिक तत्वों और पर्यावरणीय कारकों के बीच सहसंबंध नेटवर्क की स्थापना माइक्रोबियल समुदायों और उनकी पारिस्थितिक पृष्ठभूमि के बीच जटिल परस्पर क्रिया की समग्र समझ में योगदान करती है। निष्कर्ष में, मेटागेनोमिक अनुक्रमण विविध माइक्रोबियल समुदायों की जीनोमिक पेचीदगियों को उजागर करने, इन जटिल पारिस्थितिक तंत्रों के भीतर आनुवंशिकी और पारिस्थितिकी के बीच बहुमुखी संबंधों को उजागर करने के लिए एक महत्वपूर्ण उपकरण के रूप में खड़ा है।
प्लेटफार्म: इलुमिना नोवासेक और डीएनबीएसईक्यू-टी7
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मेटागेनोमिक सीक्वेंसिंग-टीजीएस
मेटाजेनोम जीवों के मिश्रित समुदाय की आनुवंशिक सामग्री का एक संग्रह है, जैसे कि पर्यावरण और मानव मेटागेनोम। इसमें खेती योग्य और गैर खेती योग्य दोनों प्रकार के सूक्ष्मजीवों के जीनोम शामिल हैं। मेटागेनोमिक अनुक्रमण टैक्सोनोमिक प्रोफाइलिंग से अधिक प्रदान करके पारिस्थितिक नमूनों में एम्बेडेड इन जटिल जीनोमिक परिदृश्यों के अध्ययन को सक्षम बनाता है। यह एन्कोडेड जीन और पर्यावरणीय प्रक्रियाओं में उनकी अनुमानित भूमिकाओं की खोज करके एक कार्यात्मक जीनोमिक्स परिप्रेक्ष्य भी प्रदान करता है। जबकि इल्लुमिना अनुक्रमण के साथ पारंपरिक शॉटगन दृष्टिकोण का व्यापक रूप से मेटागेनोमिक अध्ययन में उपयोग किया गया है, नैनोपोर और पैकबियो के लंबे समय से पढ़े जाने वाले अनुक्रमण के आगमन ने क्षेत्र को बदल दिया है। नैनोपोर और पैकबायो तकनीक डाउनस्ट्रीम जैव सूचनात्मक विश्लेषण को बढ़ाती है, विशेष रूप से मेटागेनोम असेंबली, और अधिक निरंतर असेंबली सुनिश्चित करती है। रिपोर्टों से संकेत मिलता है कि नैनोपोर-आधारित और पैकबायो-आधारित मेटागेनोमिक्स ने जटिल माइक्रोबायोम (मॉस, ईएल, एट अल।, नेचर बायोटेक, 2020) से सफलतापूर्वक पूर्ण और बंद बैक्टीरिया जीनोम उत्पन्न किया है। नैनोपोर रीड्स को इलुमिना रीड्स के साथ एकीकृत करना त्रुटि सुधार के लिए एक रणनीतिक दृष्टिकोण प्रदान करता है, जो नैनोपोर की अंतर्निहित कम सटीकता को कम करता है। यह सहक्रियात्मक संयोजन प्रत्येक अनुक्रमण प्लेटफ़ॉर्म की ताकत का लाभ उठाता है, संभावित सीमाओं को दूर करने के लिए एक मजबूत समाधान प्रदान करता है और मेटागेनोमिक विश्लेषण की सटीकता और विश्वसनीयता को आगे बढ़ाता है।
प्लेटफ़ॉर्म: नैनोपोर प्रोमेथियन 48, इलुमिया और पैकबियो रेवियो
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संपूर्ण जीनोम बिसल्फेट अनुक्रमण (WGBS)
संपूर्ण जीनोम बिसल्फाइट सीक्वेंसिंग (डब्ल्यूजीबीएस) डीएनए मिथाइलेशन की गहन खोज के लिए स्वर्ण-मानक पद्धति के रूप में खड़ा है, विशेष रूप से साइटोसिन (5-एमसी) में पांचवां स्थान, जो जीन अभिव्यक्ति और सेलुलर गतिविधि का एक महत्वपूर्ण नियामक है। डब्लूजीबीएस में अंतर्निहित सिद्धांत में बाइसल्फाइट उपचार शामिल है, जो अनमेथिलेटेड साइटोसिन को यूरैसिल (सी से यू) में परिवर्तित करता है, जबकि मिथाइलेटेड साइटोसिन को अपरिवर्तित छोड़ देता है। यह तकनीक एकल-आधार रिज़ॉल्यूशन प्रदान करती है, जिससे शोधकर्ताओं को मिथाइलोम की व्यापक जांच करने और विभिन्न स्थितियों, विशेष रूप से कैंसर से जुड़े असामान्य मिथाइलेशन पैटर्न को उजागर करने की अनुमति मिलती है। डब्लूजीबीएस को नियोजित करके, वैज्ञानिक जीनोम-व्यापी मिथाइलेशन परिदृश्यों में अद्वितीय अंतर्दृष्टि प्राप्त कर सकते हैं, जो विविध जैविक प्रक्रियाओं और बीमारियों को रेखांकित करने वाले एपिजेनेटिक तंत्र की सूक्ष्म समझ प्रदान करते हैं।
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उच्च थ्रूपुट अनुक्रमण (एटीएसी-सीक्यू) के साथ ट्रांसपोज़ेज़-सुलभ क्रोमैटिन के लिए परख
ATAC-seq एक उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण तकनीक है जिसका उपयोग जीनोम-वाइड क्रोमैटिन पहुंच विश्लेषण के लिए किया जाता है। इसका उपयोग जीन अभिव्यक्ति पर वैश्विक एपिजेनेटिक नियंत्रण के जटिल तंत्र की गहरी समझ प्रदान करता है। विधि अनुक्रमण एडेप्टर डालकर खुले क्रोमैटिन क्षेत्रों को एक साथ खंडित और टैग करने के लिए एक हाइपरएक्टिव टीएन5 ट्रांसपोज़ेज़ का उपयोग करती है। बाद में पीसीआर प्रवर्धन के परिणामस्वरूप एक अनुक्रमण पुस्तकालय का निर्माण होता है, जो विशिष्ट स्थान-समय स्थितियों के तहत खुले क्रोमैटिन क्षेत्रों की व्यापक पहचान की अनुमति देता है। ATAC-seq उन तरीकों के विपरीत, सुलभ क्रोमैटिन परिदृश्यों का एक समग्र दृश्य प्रदान करता है जो केवल प्रतिलेखन कारक बाइंडिंग साइटों या विशिष्ट हिस्टोन-संशोधित क्षेत्रों पर ध्यान केंद्रित करते हैं। इन खुले क्रोमैटिन क्षेत्रों को अनुक्रमित करके, ATAC-seq सक्रिय नियामक अनुक्रमों और संभावित प्रतिलेखन कारक बाइंडिंग साइटों की अधिक संभावना वाले क्षेत्रों को प्रकट करता है, जो जीनोम में जीन अभिव्यक्ति के गतिशील मॉड्यूलेशन में मूल्यवान अंतर्दृष्टि प्रदान करता है।
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16एस/18एस/आईटीएस एम्प्लिकॉन सीक्वेंसिंग-पैकबायो
16एस और 18एस आरआरएनए जीन, इंटरनल ट्रांसक्राइब्ड स्पेसर (आईटीएस) क्षेत्र के साथ, अत्यधिक संरक्षित और हाइपर-वेरिएबल क्षेत्रों के संयोजन के कारण निर्णायक आणविक फिंगरप्रिंटिंग मार्कर के रूप में काम करते हैं, जो उन्हें प्रोकैरियोटिक और यूकेरियोटिक जीवों को चिह्नित करने के लिए अमूल्य उपकरण बनाते हैं। इन क्षेत्रों का प्रवर्धन और अनुक्रमण विभिन्न पारिस्थितिक तंत्रों में माइक्रोबियल संरचना और विविधता की जांच के लिए एक अलगाव-मुक्त दृष्टिकोण प्रदान करता है। जबकि इलुमिना अनुक्रमण आमतौर पर 16S और ITS1 के V3-V4 जैसे छोटे हाइपरवेरिएबल क्षेत्रों को लक्षित करता है, यह प्रदर्शित किया गया है कि 16S, 18S और ITS की पूरी लंबाई को अनुक्रमित करके बेहतर टैक्सोनोमिक एनोटेशन प्राप्त किया जा सकता है। इस व्यापक दृष्टिकोण के परिणामस्वरूप सटीक रूप से वर्गीकृत अनुक्रमों का उच्च प्रतिशत प्राप्त होता है, जिससे प्रजातियों की पहचान तक विस्तारित संकल्प का स्तर प्राप्त होता है। PacBio का सिंगल-मोलेक्यूल रियल-टाइम (SMRT) सीक्वेंसिंग प्लेटफॉर्म अत्यधिक सटीक लॉन्ग रीड्स (HiFi) प्रदान करके अलग दिखता है, जो फुल-लेंथ एम्पलीकॉन्स को कवर करता है, जो इलुमिना सीक्वेंसिंग की सटीकता को टक्कर देता है। यह क्षमता शोधकर्ताओं को एक बेजोड़ लाभ प्राप्त करने की अनुमति देती है - आनुवंशिक परिदृश्य का एक मनोरम दृश्य। विस्तारित कवरेज प्रजातियों के एनोटेशन में रिज़ॉल्यूशन को महत्वपूर्ण रूप से बढ़ाता है, विशेष रूप से बैक्टीरिया या कवक समुदायों के भीतर, जिससे माइक्रोबियल आबादी की जटिलताओं की गहरी समझ संभव हो पाती है।
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16एस/18एस/आईटीएस एम्प्लिकॉन सीक्वेंसिंग-एनजीएस
इलुमिना तकनीक के साथ एम्प्लिकॉन अनुक्रमण, विशेष रूप से 16एस, 18एस और आईटीएस आनुवंशिक मार्करों को लक्षित करना, माइक्रोबियल समुदायों के भीतर फ़ाइलोजेनी, वर्गीकरण और प्रजातियों की बहुतायत को जानने के लिए एक शक्तिशाली तरीका है। इस दृष्टिकोण में हाउसकीपिंग आनुवंशिक मार्करों के हाइपरवेरिएबल क्षेत्रों को अनुक्रमित करना शामिल है। मूल रूप से आणविक फ़िंगरप्रिंट के रूप में पेश किया गयावोएसेस एट अल1977 में, इस तकनीक ने अलगाव-मुक्त विश्लेषण को सक्षम करके माइक्रोबायोम प्रोफाइलिंग में क्रांति ला दी है। 16S (बैक्टीरिया), 18S (कवक), और इंटरनल ट्रांसक्राइब्ड स्पेसर (ITS, कवक) की अनुक्रमण के माध्यम से, शोधकर्ता न केवल प्रचुर प्रजातियों बल्कि दुर्लभ और अज्ञात प्रजातियों की भी पहचान कर सकते हैं। व्यापक रूप से एक महत्वपूर्ण उपकरण के रूप में अपनाया गया, एम्प्लिकॉन अनुक्रमण मानव मुंह, आंतों, मल और उससे परे सहित विभिन्न वातावरणों में समझदार विभेदक माइक्रोबियल रचनाओं में सहायक बन गया है।
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बैक्टीरियल और फंगल संपूर्ण जीनोम पुनः अनुक्रमण
बैक्टीरियल और फंगल पूरे-जीनोम पुन: अनुक्रमण परियोजनाएं माइक्रोबियल जीनोम की पूर्णता और तुलना को सक्षम करके माइक्रोबियल जीनोमिक्स को आगे बढ़ाने के लिए महत्वपूर्ण हैं। यह किण्वन इंजीनियरिंग, औद्योगिक प्रक्रियाओं के अनुकूलन और माध्यमिक चयापचय मार्गों की खोज की सुविधा प्रदान करता है। इसके अलावा, चिकित्सा, कृषि और पर्यावरण विज्ञान में व्यापक निहितार्थ के साथ पर्यावरणीय अनुकूलन को समझने, उपभेदों को अनुकूलित करने और आनुवंशिक विकास की गतिशीलता को प्रकट करने के लिए फंगल और बैक्टीरियल पुन: अनुक्रमण महत्वपूर्ण है।
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PacBio-पूर्ण लंबाई 16S/18S/ITS एम्प्लिकॉन सीक्वेंसिंग
एम्प्लिकॉन (16एस/18एस/आईटीएस) प्लेटफॉर्म माइक्रोबियल विविधता परियोजना विश्लेषण में वर्षों के अनुभव के साथ विकसित किया गया है, जिसमें मानकीकृत बुनियादी विश्लेषण और वैयक्तिकृत विश्लेषण शामिल है: बुनियादी विश्लेषण वर्तमान माइक्रोबियल अनुसंधान की मुख्यधारा विश्लेषण सामग्री को कवर करता है, विश्लेषण सामग्री समृद्ध और व्यापक है, और विश्लेषण परिणाम परियोजना रिपोर्ट के रूप में प्रस्तुत किए जाते हैं; वैयक्तिकृत विश्लेषण की सामग्री विविध है। व्यक्तिगत आवश्यकताओं को साकार करने के लिए नमूनों का चयन किया जा सकता है और बुनियादी विश्लेषण रिपोर्ट और अनुसंधान उद्देश्य के अनुसार मापदंडों को लचीले ढंग से सेट किया जा सकता है। विंडोज़ ऑपरेटिंग सिस्टम, सरल और तेज़।
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PacBio-पूर्ण लंबाई प्रतिलेख (गैर-संदर्भ)
पैसिफिक बायोसाइंसेज (पैकबियो) आइसोफॉर्म अनुक्रमण डेटा को इनपुट के रूप में लेते हुए, यह ऐप पूर्ण-लंबाई ट्रांसक्रिप्ट अनुक्रम (असेंबली के बिना) की पहचान करने में सक्षम है। संदर्भ जीनोम के विरुद्ध पूर्ण-लंबाई अनुक्रमों को मैप करके, प्रतिलेखों को ज्ञात जीन, प्रतिलेख, कोडिंग क्षेत्रों आदि द्वारा अनुकूलित किया जा सकता है। इस मामले में, एमआरएनए संरचनाओं की अधिक सटीक पहचान, जैसे वैकल्पिक स्प्लिसिंग, आदि प्राप्त की जा सकती है। एनजीएस ट्रांसक्रिप्टोम अनुक्रमण डेटा के साथ संयुक्त विश्लेषण ट्रांसक्रिप्ट स्तर पर अभिव्यक्ति में अधिक व्यापक एनोटेशन और अधिक सटीक मात्रा का ठहराव सक्षम बनाता है, जो बड़े पैमाने पर डाउनस्ट्रीम अंतर अभिव्यक्ति और कार्यात्मक विश्लेषण को लाभ देता है।
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कम प्रतिनिधित्व बिसल्फाइट अनुक्रमण (आरआरबीएस)
डीएनए मिथाइलेशन अनुसंधान में रिड्यूस्ड रिप्रेजेंटेशन बिसल्फाइट सीक्वेंसिंग (आरआरबीएस) संपूर्ण जीनोम बिसल्फाइट सीक्वेंसिंग (डब्ल्यूजीबीएस) के लिए एक लागत प्रभावी और कुशल विकल्प के रूप में उभरा है। जबकि WGBS एकल आधार रिज़ॉल्यूशन पर संपूर्ण जीनोम की जांच करके व्यापक अंतर्दृष्टि प्रदान करता है, इसकी उच्च लागत एक सीमित कारक हो सकती है। आरआरबीएस जीनोम के प्रतिनिधि हिस्से का चयनात्मक विश्लेषण करके रणनीतिक रूप से इस चुनौती को कम करता है। यह पद्धति एमएसपीआई क्लीवेज द्वारा सीपीजी द्वीप-समृद्ध क्षेत्रों के संवर्धन पर निर्भर करती है, जिसके बाद 200-500/600 बीपीएस टुकड़ों का आकार चयन होता है। नतीजतन, केवल सीपीजी द्वीपों के समीपस्थ क्षेत्रों को अनुक्रमित किया जाता है, जबकि दूर स्थित सीपीजी द्वीपों वाले क्षेत्रों को विश्लेषण से बाहर रखा जाता है। यह प्रक्रिया, बाइसल्फाइट अनुक्रमण के साथ मिलकर, डीएनए मिथाइलेशन के उच्च-रिज़ॉल्यूशन का पता लगाने की अनुमति देती है, और अनुक्रमण दृष्टिकोण, PE150, विशेष रूप से मध्य के बजाय आवेषण के सिरों पर ध्यान केंद्रित करता है, जिससे मिथाइलेशन प्रोफाइलिंग की दक्षता बढ़ जाती है। आरआरबीएस एक अमूल्य उपकरण है जो लागत प्रभावी डीएनए मिथाइलेशन अनुसंधान को सक्षम बनाता है और एपिजेनेटिक तंत्र के ज्ञान को उन्नत करता है।
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प्रोकैरियोटिक आरएनए अनुक्रमण
आरएनए अनुक्रमण विशिष्ट परिस्थितियों में कोशिकाओं के भीतर सभी आरएनए प्रतिलेखों की व्यापक प्रोफाइलिंग को सशक्त बनाता है। यह अत्याधुनिक तकनीक एक शक्तिशाली उपकरण के रूप में कार्य करती है, जो जटिल जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइल, जीन संरचनाओं और विविध जैविक प्रक्रियाओं से जुड़े आणविक तंत्र का अनावरण करती है। मौलिक अनुसंधान, नैदानिक निदान और दवा विकास में व्यापक रूप से अपनाया गया, आरएनए अनुक्रमण सेलुलर गतिशीलता और आनुवंशिक विनियमन की जटिलताओं में अंतर्दृष्टि प्रदान करता है। हमारा प्रोकैरियोटिक आरएनए नमूना प्रसंस्करण प्रोकैरियोटिक ट्रांसक्रिप्टोम के लिए तैयार किया गया है, जिसमें आरआरएनए कमी और दिशात्मक पुस्तकालय तैयारी शामिल है।
प्लेटफ़ॉर्म: इलुमिना नोवासेक
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मेटाट्रांसक्रिपटोम अनुक्रमण
इलुमिना अनुक्रमण तकनीक का लाभ उठाते हुए, बीएमकेजीईएन की मेटाट्रांसक्रिपटोम अनुक्रमण सेवा मिट्टी, पानी, समुद्र, मल और आंत जैसे प्राकृतिक वातावरण के भीतर, यूकेरियोट्स से प्रोकैरियोट्स और वायरस तक फैले सूक्ष्म जीवों की एक विविध श्रृंखला की गतिशील जीन अभिव्यक्ति का खुलासा करती है। हमारी व्यापक सेवा शोधकर्ताओं को जटिल माइक्रोबियल समुदायों की संपूर्ण जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइल में गहराई से जाने का अधिकार देती है। टैक्सोनोमिक विश्लेषण से परे, हमारी मेटाट्रांसक्रिप्टोम अनुक्रमण सेवा कार्यात्मक संवर्धन में अन्वेषण की सुविधा प्रदान करती है, जो विभेदित रूप से व्यक्त जीन और उनकी भूमिकाओं पर प्रकाश डालती है। जब आप इन विविध पर्यावरणीय क्षेत्रों के भीतर जीन अभिव्यक्ति, टैक्सोनोमिक विविधता और कार्यात्मक गतिशीलता के जटिल परिदृश्यों को नेविगेट करते हैं तो ढेर सारी जैविक अंतर्दृष्टि को उजागर करें।
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डे नोवो फंगल जीनोम असेंबली
BMKGENE फंगल जीनोम के लिए बहुमुखी समाधान प्रदान करता है, जो विविध अनुसंधान आवश्यकताओं और वांछित जीनोम पूर्णता को पूरा करता है। केवल लघु-पठित इलुमिना अनुक्रमण का उपयोग एक ड्राफ्ट जीनोम की पीढ़ी की अनुमति देता है। नैनोपोर या पैकबियो का उपयोग करके लघु-पठन और लंबे-पठन अनुक्रमण को लंबे समय तक रहने वाले अधिक परिष्कृत फंगल जीनोम के लिए संयोजित किया जाता है। इसके अलावा, हाई-सी अनुक्रमण को एकीकृत करने से क्षमताओं में और वृद्धि होती है, जिससे पूर्ण गुणसूत्र-स्तर जीनोम की प्राप्ति संभव हो जाती है।
