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मेटागेनोमिक सीक्वेंसिंग -एनजीएस
एक मेटाजेनोम जीवों के मिश्रित समुदाय की कुल आनुवंशिक सामग्री का एक संग्रह है, जैसे कि पर्यावरण और मानव मेटागेनोम। इसमें खेती योग्य और गैर खेती योग्य दोनों प्रकार के सूक्ष्मजीवों के जीनोम शामिल हैं। एनजीएस के साथ शॉटगन मेटागेनोमिक अनुक्रमण, टैक्सोनोमिक प्रोफाइलिंग से अधिक प्रदान करके पर्यावरणीय नमूनों में एम्बेडेड इन जटिल जीनोमिक परिदृश्यों के अध्ययन को सक्षम बनाता है, जिससे प्रजातियों की विविधता, बहुतायत गतिशीलता और जटिल जनसंख्या संरचनाओं में भी बारीक अंतर्दृष्टि मिलती है। टैक्सोनोमिक अध्ययनों से परे, शॉटगन मेटागेनोमिक्स एक कार्यात्मक जीनोमिक्स परिप्रेक्ष्य भी प्रदान करता है, जो एन्कोडेड जीन की खोज और पारिस्थितिक प्रक्रियाओं में उनकी अनुमानित भूमिकाओं को सक्षम बनाता है। अंत में, आनुवंशिक तत्वों और पर्यावरणीय कारकों के बीच सहसंबंध नेटवर्क की स्थापना माइक्रोबियल समुदायों और उनकी पारिस्थितिक पृष्ठभूमि के बीच जटिल परस्पर क्रिया की समग्र समझ में योगदान करती है। निष्कर्ष में, मेटागेनोमिक अनुक्रमण विविध माइक्रोबियल समुदायों की जीनोमिक पेचीदगियों को उजागर करने, इन जटिल पारिस्थितिक तंत्रों के भीतर आनुवंशिकी और पारिस्थितिकी के बीच बहुमुखी संबंधों को उजागर करने के लिए एक महत्वपूर्ण उपकरण के रूप में खड़ा है।
प्लेटफार्म: इलुमिना नोवासेक और डीएनबीएसईक्यू-टी7
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मेटागेनोमिक सीक्वेंसिंग-टीजीएस
मेटाजेनोम जीवों के मिश्रित समुदाय की आनुवंशिक सामग्री का एक संग्रह है, जैसे कि पर्यावरण और मानव मेटागेनोम। इसमें खेती योग्य और गैर खेती योग्य दोनों प्रकार के सूक्ष्मजीवों के जीनोम शामिल हैं। मेटागेनोमिक अनुक्रमण टैक्सोनोमिक प्रोफाइलिंग से अधिक प्रदान करके पारिस्थितिक नमूनों में एम्बेडेड इन जटिल जीनोमिक परिदृश्यों के अध्ययन को सक्षम बनाता है। यह एन्कोडेड जीन और पर्यावरणीय प्रक्रियाओं में उनकी अनुमानित भूमिकाओं की खोज करके एक कार्यात्मक जीनोमिक्स परिप्रेक्ष्य भी प्रदान करता है। जबकि इल्लुमिना अनुक्रमण के साथ पारंपरिक शॉटगन दृष्टिकोण का व्यापक रूप से मेटागेनोमिक अध्ययन में उपयोग किया गया है, नैनोपोर और पैकबियो के लंबे समय से पढ़े जाने वाले अनुक्रमण के आगमन ने क्षेत्र को बदल दिया है। नैनोपोर और पैकबायो तकनीक डाउनस्ट्रीम जैव सूचनात्मक विश्लेषण को बढ़ाती है, विशेष रूप से मेटागेनोम असेंबली, और अधिक निरंतर असेंबली सुनिश्चित करती है। रिपोर्टों से संकेत मिलता है कि नैनोपोर-आधारित और पैकबायो-आधारित मेटागेनोमिक्स ने जटिल माइक्रोबायोम (मॉस, ईएल, एट अल।, नेचर बायोटेक, 2020) से सफलतापूर्वक पूर्ण और बंद बैक्टीरिया जीनोम उत्पन्न किया है। नैनोपोर रीड्स को इलुमिना रीड्स के साथ एकीकृत करना त्रुटि सुधार के लिए एक रणनीतिक दृष्टिकोण प्रदान करता है, जो नैनोपोर की अंतर्निहित कम सटीकता को कम करता है। यह सहक्रियात्मक संयोजन प्रत्येक अनुक्रमण प्लेटफ़ॉर्म की ताकत का लाभ उठाता है, संभावित सीमाओं को दूर करने के लिए एक मजबूत समाधान प्रदान करता है और मेटागेनोमिक विश्लेषण की सटीकता और विश्वसनीयता को आगे बढ़ाता है।
प्लेटफ़ॉर्म: नैनोपोर प्रोमेथियन 48, इलुमिया और पैकबियो रेवियो
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16एस/18एस/आईटीएस एम्प्लिकॉन सीक्वेंसिंग-पैकबायो
16एस और 18एस आरआरएनए जीन, इंटरनल ट्रांसक्राइब्ड स्पेसर (आईटीएस) क्षेत्र के साथ, अत्यधिक संरक्षित और हाइपर-वेरिएबल क्षेत्रों के संयोजन के कारण निर्णायक आणविक फिंगरप्रिंटिंग मार्कर के रूप में काम करते हैं, जो उन्हें प्रोकैरियोटिक और यूकेरियोटिक जीवों को चिह्नित करने के लिए अमूल्य उपकरण बनाते हैं। इन क्षेत्रों का प्रवर्धन और अनुक्रमण विभिन्न पारिस्थितिक तंत्रों में माइक्रोबियल संरचना और विविधता की जांच के लिए एक अलगाव-मुक्त दृष्टिकोण प्रदान करता है। जबकि इलुमिना अनुक्रमण आमतौर पर 16S और ITS1 के V3-V4 जैसे छोटे हाइपरवेरिएबल क्षेत्रों को लक्षित करता है, यह प्रदर्शित किया गया है कि 16S, 18S और ITS की पूरी लंबाई को अनुक्रमित करके बेहतर टैक्सोनोमिक एनोटेशन प्राप्त किया जा सकता है। इस व्यापक दृष्टिकोण के परिणामस्वरूप सटीक रूप से वर्गीकृत अनुक्रमों का उच्च प्रतिशत प्राप्त होता है, जिससे प्रजातियों की पहचान तक विस्तारित संकल्प का स्तर प्राप्त होता है। PacBio का सिंगल-मोलेक्यूल रियल-टाइम (SMRT) सीक्वेंसिंग प्लेटफॉर्म अत्यधिक सटीक लॉन्ग रीड्स (HiFi) प्रदान करके अलग दिखता है, जो फुल-लेंथ एम्पलीकॉन्स को कवर करता है, जो इलुमिना सीक्वेंसिंग की सटीकता को टक्कर देता है। यह क्षमता शोधकर्ताओं को एक बेजोड़ लाभ प्राप्त करने की अनुमति देती है - आनुवंशिक परिदृश्य का एक मनोरम दृश्य। विस्तारित कवरेज प्रजातियों के एनोटेशन में रिज़ॉल्यूशन को महत्वपूर्ण रूप से बढ़ाता है, विशेष रूप से बैक्टीरिया या कवक समुदायों के भीतर, जिससे माइक्रोबियल आबादी की जटिलताओं की गहरी समझ संभव हो पाती है।
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16एस/18एस/आईटीएस एम्प्लिकॉन सीक्वेंसिंग-एनजीएस
इलुमिना तकनीक के साथ एम्प्लिकॉन अनुक्रमण, विशेष रूप से 16एस, 18एस और आईटीएस आनुवंशिक मार्करों को लक्षित करना, माइक्रोबियल समुदायों के भीतर फ़ाइलोजेनी, वर्गीकरण और प्रजातियों की बहुतायत को जानने के लिए एक शक्तिशाली तरीका है। इस दृष्टिकोण में हाउसकीपिंग आनुवंशिक मार्करों के हाइपरवेरिएबल क्षेत्रों को अनुक्रमित करना शामिल है। मूल रूप से आणविक फ़िंगरप्रिंट के रूप में पेश किया गयावोएसेस एट अल1977 में, इस तकनीक ने अलगाव-मुक्त विश्लेषण को सक्षम करके माइक्रोबायोम प्रोफाइलिंग में क्रांति ला दी है। 16S (बैक्टीरिया), 18S (कवक), और इंटरनल ट्रांसक्राइब्ड स्पेसर (ITS, कवक) की अनुक्रमण के माध्यम से, शोधकर्ता न केवल प्रचुर प्रजातियों बल्कि दुर्लभ और अज्ञात प्रजातियों की भी पहचान कर सकते हैं। व्यापक रूप से एक महत्वपूर्ण उपकरण के रूप में अपनाया गया, एम्प्लिकॉन अनुक्रमण मानव मुंह, आंतों, मल और उससे परे सहित विभिन्न वातावरणों में समझदार विभेदक माइक्रोबियल रचनाओं में सहायक बन गया है।
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बैक्टीरियल और फंगल संपूर्ण जीनोम पुनः अनुक्रमण
बैक्टीरियल और फंगल पूरे-जीनोम पुन: अनुक्रमण परियोजनाएं माइक्रोबियल जीनोम की पूर्णता और तुलना को सक्षम करके माइक्रोबियल जीनोमिक्स को आगे बढ़ाने के लिए महत्वपूर्ण हैं। यह किण्वन इंजीनियरिंग, औद्योगिक प्रक्रियाओं के अनुकूलन और माध्यमिक चयापचय मार्गों की खोज की सुविधा प्रदान करता है। इसके अलावा, चिकित्सा, कृषि और पर्यावरण विज्ञान में व्यापक निहितार्थ के साथ पर्यावरणीय अनुकूलन को समझने, उपभेदों को अनुकूलित करने और आनुवंशिक विकास की गतिशीलता को प्रकट करने के लिए फंगल और बैक्टीरियल पुन: अनुक्रमण महत्वपूर्ण है।
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प्रोकैरियोटिक आरएनए अनुक्रमण
आरएनए अनुक्रमण विशिष्ट परिस्थितियों में कोशिकाओं के भीतर सभी आरएनए प्रतिलेखों की व्यापक प्रोफाइलिंग को सशक्त बनाता है। यह अत्याधुनिक तकनीक एक शक्तिशाली उपकरण के रूप में कार्य करती है, जो जटिल जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइल, जीन संरचनाओं और विविध जैविक प्रक्रियाओं से जुड़े आणविक तंत्र का अनावरण करती है। मौलिक अनुसंधान, नैदानिक निदान और दवा विकास में व्यापक रूप से अपनाया गया, आरएनए अनुक्रमण सेलुलर गतिशीलता और आनुवंशिक विनियमन की जटिलताओं में अंतर्दृष्टि प्रदान करता है। हमारा प्रोकैरियोटिक आरएनए नमूना प्रसंस्करण प्रोकैरियोटिक ट्रांसक्रिप्टोम के लिए तैयार किया गया है, जिसमें आरआरएनए कमी और दिशात्मक पुस्तकालय तैयारी शामिल है।
प्लेटफ़ॉर्म: इलुमिना नोवासेक
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मेटाट्रांसक्रिपटोम अनुक्रमण
इलुमिना अनुक्रमण तकनीक का लाभ उठाते हुए, बीएमकेजीईएन की मेटाट्रांसक्रिपटोम अनुक्रमण सेवा मिट्टी, पानी, समुद्र, मल और आंत जैसे प्राकृतिक वातावरण के भीतर, यूकेरियोट्स से प्रोकैरियोट्स और वायरस तक फैले सूक्ष्म जीवों की एक विविध श्रृंखला की गतिशील जीन अभिव्यक्ति का खुलासा करती है। हमारी व्यापक सेवा शोधकर्ताओं को जटिल माइक्रोबियल समुदायों की संपूर्ण जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइल में गहराई से जाने का अधिकार देती है। टैक्सोनोमिक विश्लेषण से परे, हमारी मेटाट्रांसक्रिप्टोम अनुक्रमण सेवा कार्यात्मक संवर्धन में अन्वेषण की सुविधा प्रदान करती है, जो विभेदित रूप से व्यक्त जीन और उनकी भूमिकाओं पर प्रकाश डालती है। जब आप इन विविध पर्यावरणीय क्षेत्रों के भीतर जीन अभिव्यक्ति, टैक्सोनोमिक विविधता और कार्यात्मक गतिशीलता के जटिल परिदृश्यों को नेविगेट करते हैं तो ढेर सारी जैविक अंतर्दृष्टि को उजागर करें।
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डे नोवो फंगल जीनोम असेंबली
BMKGENE फंगल जीनोम के लिए बहुमुखी समाधान प्रदान करता है, जो विविध अनुसंधान आवश्यकताओं और वांछित जीनोम पूर्णता को पूरा करता है। केवल लघु-पठित इलुमिना अनुक्रमण का उपयोग एक ड्राफ्ट जीनोम की पीढ़ी की अनुमति देता है। नैनोपोर या पैकबियो का उपयोग करके लघु-पठन और लंबे-पठन अनुक्रमण को लंबे समय तक रहने वाले अधिक परिष्कृत फंगल जीनोम के लिए संयोजित किया जाता है। इसके अलावा, हाई-सी अनुक्रमण को एकीकृत करने से क्षमताओं में और वृद्धि होती है, जिससे पूर्ण गुणसूत्र-स्तर जीनोम की प्राप्ति संभव हो जाती है।
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डे नोवो बैक्टीरियल जीनोम असेंबली
हम 0 अंतराल की गारंटी देते हुए संपूर्ण बैक्टीरियल जीनोम असेंबली सेवा प्रदान करते हैं। यह लंबे समय से पढ़ी जाने वाली अनुक्रमण तकनीकों को एकीकृत करके संभव है, जैसे कि असेंबली के लिए नैनोपोर और पैकबायो और असेंबली सत्यापन और ओएनटी रीड्स की त्रुटि सुधार के लिए इलुमिना के साथ शॉर्ट-रीड अनुक्रमण। हमारी सेवा विशिष्ट अनुसंधान लक्ष्यों को पूरा करते हुए असेंबली, कार्यात्मक एनोटेशन और उन्नत जैव सूचनात्मक विश्लेषण से संपूर्ण जैव सूचनात्मक वर्कफ़्लो प्रदान करती है। यह सेवा विभिन्न आनुवंशिक और जीनोमिक अध्ययनों के लिए सटीक संदर्भ जीनोम के विकास को सक्षम बनाती है। इसके अतिरिक्त, यह तनाव अनुकूलन, आनुवंशिक इंजीनियरिंग और माइक्रोबियल प्रौद्योगिकी विकास जैसे अनुप्रयोगों के लिए आधार बनाता है, जो वैज्ञानिक अंतर्दृष्टि और जैव प्रौद्योगिकी नवाचार को आगे बढ़ाने के लिए महत्वपूर्ण विश्वसनीय और अंतर-मुक्त जीनोमिक डेटा सुनिश्चित करता है।
