संयंत्र/पशु संपूर्ण जीनोम अनुक्रमण
सेवा सुविधाएँ
● पुस्तकालय की तैयारी मानक या पीसीआर-मुक्त हो सकती है
● 4 सीक्वेंसिंग प्लेटफार्मों में उपलब्ध: इलुमिना नोवसेक, एमजीआई टी 7, नैनोपोर प्रोमेथियन पी 48, या पैकबियो रेवियो।
● बायोइनफॉर्मेटिक विश्लेषण वेरिएंट्स का पता लगाने पर केंद्रित है: एसएनपी, इंडेल, एसवी और सीएनवी
सेवा लाभ
●व्यापक विशेषज्ञता और प्रकाशन अभिलेख: 1000 से अधिक प्रजातियों के लिए जीनोम अनुक्रमण में संचित अनुभव ने 5000 से अधिक के संचयी प्रभाव कारक के साथ 1000 से अधिक प्रकाशित मामलों के परिणामस्वरूप किया है।
●व्यापक जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण: विविधता कॉलिंग और फ़ंक्शन एनोटेशन सहित।
● बिक्री के बाद का समर्थन:हमारी प्रतिबद्धता 3 महीने की बिक्री के बाद सेवा अवधि के साथ परियोजना के पूरा होने से परे है। इस समय के दौरान, हम परिणामों से संबंधित किसी भी प्रश्न को संबोधित करने के लिए प्रोजेक्ट फॉलो-अप, समस्या निवारण सहायता और प्रश्नोत्तर सत्र प्रदान करते हैं।
●व्यापक एनोटेशन: हम कई डेटाबेस का उपयोग कार्यात्मक रूप से पहचाने गए विविधताओं के साथ जीन को एनोटेट करने के लिए करते हैं और कई शोध परियोजनाओं पर अंतर्दृष्टि प्रदान करते हुए, इसी संवर्धन विश्लेषण को करते हैं।
सेवा विनिर्देश
| वेरिएंट की पहचान की जानी | अनुक्रमण रणनीति | अनुशंसित गहराई |
| एसएनपी और इंडेल | इलुमिना नोवसेक PE150 या एमजीआई टी 7 | 10x |
| एसवी और सीएनवी (कम सटीक) | 30x | |
| एसवी और सीएनवी (अधिक सटीक) | नैनोपोर प्रोम P48 | 20x |
| एसएनपी, इंडेल्स, एसवी और सीएनवी | पचियो रेवियो | 10x |
नमूना आवश्यकताएँ
| ऊतक या निकाला गया न्यूक्लिक एसिड | इलुमिना/एमजीआई | नैनोपोर | पैकबियो
| ||
| पशु आज़ाद | 0.5-1 ग्राम | ≥ 3.5 ग्राम
| ≥ 3.5 ग्राम
| ||
| जानवरों की मांसपेशी | ≥ 5 ग्राम
| ≥ 5 ग्राम
| |||
| स्तनधारी रक्त | 1.5 एमएल | ≥ 0.5 एमएल
| ≥ 5 एमएल
| ||
| मुर्गी/मछली का रक्त | ≥ 0.1 एमएल
| ≥ 0.5 एमएल
| |||
| संयंत्र- ताजा पत्ती | 1-2 ग्राम | ≥ 2 ग्राम
| ≥ 5 ग्राम
| ||
| सुसंस्कृत कोशिकाएं |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| कीट नरम ऊतक/व्यक्ति | 0.5-1 ग्राम | ≥ 1 ग्राम
| ≥ 3 ग्राम
| ||
| निकाला हुआ डीएनए
| एकाग्रता:/ 1 एनजी/ μl राशि: of 30 एनजी सीमित या कोई गिरावट या संदूषण नहीं
| एकाग्रता मात्रा
OD260/280
OD260/230
सीमित या कोई गिरावट या संदूषण नहीं
| ≥ 40 एनजी/ μl 4 µg/प्रवाह सेल/नमूना
1.7-2.2
≥1.5 | एकाग्रता मात्रा
OD260/280
OD260/230
सीमित या कोई गिरावट या संदूषण नहीं | ≥ 50 एनजी/ μl 10 µg/प्रवाह सेल/नमूना
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| पीसीआर-मुक्त पुस्तकालय की तैयारी: एकाग्रता 40 एनजी/ μl राशि 500 एनजी | |||||
सेवा कार्य प्रवाह
नमूना वितरण
डीएनए निष्कर्षण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
आंकड़ा वितरण
निम्नलिखित विश्लेषण शामिल है:
- कच्चा आंकड़ा गुणवत्ता नियंत्रण
- संदर्भ जीनोम के लिए संरेखण के आंकड़े
- वैरिएंट पहचान: एसएनपी, इंडेल, एसवी और सीएनवी
- वेरिएंट का कार्यात्मक एनोटेशन
संदर्भ जीनोम के लिए संरेखण के सांख्यिकी - अनुक्रमण गहराई वितरण
कई नमूनों के बीच एसएनपी कॉलिंग
इंडेल पहचान-सीडीएस क्षेत्र और जीनोम-वाइड क्षेत्र में इंडेल लंबाई के आंकड़े
जीनोम में वैरिएंट डिस्ट्रीब्यूशन - सर्कोस प्लॉट
पहचाने गए वेरिएंट के साथ जीन का कार्यात्मक एनोटेशन - जीन ऑन्कोलॉजी
चाय, क्यू। एट अल। । 433। DOI: 10.1111/PBI.13965।
चेंग, एच। एट अल। । doi: 10.1111/pbi.14018।
ली, ए। एट अल। । doi: 10.1038/S42003-021-02823-6।
ज़ेंग, टी। एट अल। (2022) समय के साथ चीनी स्वदेशी मुर्गियों में जीनोम और मिथाइलेशन परिवर्तन का विश्लेषण प्रजाति संरक्षण में अंतर्दृष्टि प्रदान करता है ', संचार जीव विज्ञान, 5 (1), पीपी। 1-12। doi: 10.1038/S42003-022-03907-7।
