संयंत्र/पशु डे नोवो जीनोम अनुक्रमण
डे नोवोअनुक्रमण एक संदर्भ जीनोम की अनुपस्थिति में अनुक्रमण प्रौद्योगिकियों का उपयोग करके एक प्रजाति के पूरे जीनोम के निर्माण को संदर्भित करता है। तीसरी पीढ़ी के अनुक्रमण की परिचय और व्यापक रूप से अपनाने, लंबे समय तक पढ़ने की विशेषता, रीड्स के बीच ओवरलैप को बढ़ाकर जीनोम असेंबली को काफी बढ़ाया है। चुनौतीपूर्ण जीनोम के साथ काम करते समय यह वृद्धि विशेष रूप से प्रासंगिक है, जैसे कि उच्च विषमलैंगिकता, दोहराए जाने वाले क्षेत्रों का एक उच्च अनुपात, पॉलीप्लॉइड्स, और दोहरावदार तत्वों के साथ क्षेत्रों, असामान्य जीसी सामग्री, या उच्च जटिलता जो आमतौर पर खराब रूप से पढ़ने वाले अनुक्रमों का उपयोग करके इकट्ठे होते हैं। अकेला।
हमारा वन-स्टॉप समाधान एकीकृत अनुक्रमण सेवाएं और जैव सूचनात्मक विश्लेषण प्रदान करता है जो एक उच्च गुणवत्ता वाले डे नोवो इकट्ठे जीनोम प्रदान करता है। Illumina के साथ एक प्रारंभिक जीनोम सर्वेक्षण जीनोम आकार और जटिलता का अनुमान प्रदान करता है, और इस जानकारी का उपयोग Pacbio Hifi के साथ लंबे समय से पढ़े जाने वाले अनुक्रमण के अगले चरण को निर्देशित करने के लिए किया जाता है, इसके बादडे नोवोकॉन्टिग्स की विधानसभा। एचआईसी असेंबली का बाद का उपयोग एक गुणसूत्र-स्तरीय विधानसभा प्राप्त करते हुए, जीनोम के लिए कॉन्टिग्स के एंकरिंग को सक्षम बनाता है। अंत में, जीनोम को जीन भविष्यवाणी द्वारा एनोटेट किया जाता है और अनुक्रमण व्यक्त जीनों को अनुक्रमण द्वारा, छोटे और लंबे रीड के साथ ट्रांसक्रिपटोम का सहारा लिया जाता है।
सेवा सुविधाएँ
● एक-स्टॉप समाधान में कई अनुक्रमण और जैव सूचनात्मक सेवाओं का एकीकरण:
जीनोम आकार और गाइड बाद के चरणों का अनुमान लगाने के लिए इलुमिना के साथ जीनोम सर्वेक्षण;
के लिए लंबे समय तक पढ़ेंडे नोवोकॉन्टिग्स की विधानसभा;
गुणसूत्र एंकरिंग के लिए हाय-सी अनुक्रमण;
जीन के एनोटेशन के लिए mRNA अनुक्रमण;
विधानसभा का सत्यापन।
● निर्माण उपन्यास जीनोम के लिए उपयुक्त सेवा या ब्याज की प्रजातियों के लिए मौजूदा संदर्भ जीनोम में सुधार।
सेवा लाभ
अनुक्रमण प्लेटफार्मों और जैव सूचना विज्ञान का विकासडे नोवोजीनोम असेंबली
(Amarasinghe Sl et al।,जीनोम जीव विज्ञान, 2020)
●व्यापक विशेषज्ञता और प्रकाशन अभिलेख: BMKGene ने विविध प्रजातियों के उच्च गुणवत्ता वाले जीनोम असेंबली में बड़े पैमाने पर अनुभव संचित किया है, जिसमें द्विगुणित जीनोम और पॉलीप्लॉइड और एलोपोलॉइड प्रजातियों के अत्यधिक जटिल जीनोम शामिल हैं। 2018 के बाद से, हमने ओवर में योगदान दिया है300 उच्च-प्रभाव वाले प्रकाशन, और उनमें से 20+ नेचर जेनेटिक्स में प्रकाशित होते हैं।
● एक-स्टॉप समाधान: हमारा एकीकृत दृष्टिकोण कई अनुक्रमण प्रौद्योगिकियों और जैव सूचनात्मक विश्लेषण को एक सामंजस्यपूर्ण वर्कफ़्लो में जोड़ता है, एक उच्च गुणवत्ता वाले इकट्ठे जीनोम को वितरित करता है।
●अपनी जरूरतों के अनुरूप: हमारी सेवा वर्कफ़्लो अनुकूलन योग्य है, जिससे विविध सुविधाओं और विशिष्ट अनुसंधान आवश्यकताओं के साथ जीनोम के लिए अनुकूलन की अनुमति मिलती है। इसमें विशाल जीनोम, पॉलीप्लॉइड जीनोम, अत्यधिक विषम जीनोम, और बहुत कुछ शामिल हैं।
●अत्यधिक कुशल जैव सूचना विज्ञान और प्रयोगशाला टीम: जटिल जीनोम असेंबलियों के प्रयोगात्मक और जैव सूचना विज्ञान दोनों में शानदार अनुभव और पेटेंट और सॉफ्टवेयर कॉपीराइट की एक श्रृंखला।
●बिक्री के बाद का समर्थन:हमारी प्रतिबद्धता 3 महीने की बिक्री के बाद सेवा अवधि के साथ परियोजना के पूरा होने से परे है। इस समय के दौरान, हम परिणामों से संबंधित किसी भी प्रश्न को संबोधित करने के लिए प्रोजेक्ट फॉलो-अप, समस्या निवारण सहायता और प्रश्नोत्तर सत्र प्रदान करते हैं।
सेवा विनिर्देश
| जीनोम सर्वेक्षण | जीनोम असेंबली | गुणसूत्र-स्तरीय | जीनोम एनोटेशन |
| 50x इलुमिना नोवसेक PE150
| 30x Pacbio CCS HIFI पढ़ता है | 100x हाय-सी | आरएनए-सीक इलुमिना PE150 10 जीबी + (वैकल्पिक) पूर्ण लंबाई RNA-seq pacbio 40 gb या नैनोपोर 12 जीबी |
सेवा आवश्यकताएँ
जीनोम सर्वेक्षण के लिए, जीनोम असेंबली और हाय-सी असेंबली:
| ऊतक या निकाला गया न्यूक्लिक एसिड | जीनोम सर्वेक्षण | जीनोम विधानसभा पैकियो के साथ | हाय-सी असेंबली |
| पशु आज़ाद | 0.5-1 ग्राम
| ≥ 3.5 ग्राम | ≥2 ग्राम |
| जानवरों की मांसपेशी | ≥ 5 ग्राम | ||
| स्तनधारी रक्त | 1.5 एमएल
| ≥ 5 एमएल | ≥2 एमएल |
| मुर्गी/मछली का रक्त | ≥ 0.5 एमएल | ||
| संयंत्र- ताजा पत्ती | 1-2 ग्राम | ≥ 5 ग्राम | ≥ 4 ग्राम |
| सुसंस्कृत कोशिकाएं |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| कीड़ा | 0.5-1 ग्राम | ≥ 3 ग्राम | ≥ 2 ग्राम |
| निकाला हुआ डीएनए | एकाग्रता:/ 1 एनजी/ μl राशि। 30 एनजी सीमित या कोई गिरावट या संदूषण नहीं | एकाग्रता:/ 50 एनजी/ µL राशि: 10 माइक्रोग्राम/प्रवाह सेल/नमूना OD260/280 = 1.7-2.2 OD260/230 = 1.8-2.5 सीमित या कोई गिरावट या संदूषण नहीं |
-
|
ट्रांसक्रिपटोमिक्स के साथ जीनोम एनोटेशन के लिए:
| ऊतक या निकाला गया न्यूक्लिक एसिड | इलुमिना प्रतिलिपि | पैकियो ट्रांसक्रिपटोम | नैनोपोर ट्रांसक्रिपटोम |
| प्लांट- रूट/स्टेम/पंखुड़ी | 450 मिलीग्राम | 600 मिलीग्राम | |
| संयंत्र - पत्ती/बीज | 300 मिलीग्राम | 300 मिलीग्राम | |
| संयंत्र - फल | 1.2 ग्राम | 1.2 ग्राम | |
| पशु दिल/आंत | 300 मिलीग्राम | 300 मिलीग्राम | |
| पशु आंत/मस्तिष्क | 240 मिलीग्राम | 240 मिलीग्राम | |
| जानवरों की मांसपेशी | 450 मिलीग्राम | 450 मिलीग्राम | |
| जानवरों की हड्डियां/बाल/त्वचा | 1 ग्राम | 1 ग्राम | |
| आर्थ्रोपॉड - कीट | 6 | 6 | |
| नर -क्रोध | 300 मिलीग्राम | 300 मिलीग्राम | |
| संपूर्ण रक्त | 1 ट्यूब | 1 ट्यूब | |
| आरएनए निकाला गया | एकाग्रता:/ 20 एनजी/ μl राशि। 0.3 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 रिन≥ 6 528S/18S11 | एकाग्रता:/ 100 एनजी/ μl राशि। 0.75 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 रिन≥ 8 528S/18S11 | एकाग्रता:/ 100 एनजी/ μl राशि। 0.75 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 रिन≥ 7.5 528S/18S11 |
अनुशंसित नमूना वितरण
कंटेनर: 2 एमएल सेंट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन पन्नी की सिफारिश नहीं की जाती है)
(अधिकांश नमूनों के लिए, हम इथेनॉल में संरक्षित नहीं करने की सलाह देते हैं।)
नमूना लेबलिंग: नमूनों को स्पष्ट रूप से लेबल किया जाना चाहिए और प्रस्तुत नमूना सूचना फॉर्म के समान होना चाहिए।
शिपमेंट: ड्राई-आइस: नमूनों को पहले बैगों में पैक करने की आवश्यकता है और ड्राई-आइस में दफन किया जाता है।
कार्यप्रवाह
सेवा कार्य प्रवाह
प्रयोग अभिप्राय
नमूना वितरण
डीएनए निष्कर्षण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री के बाद सेवाएं
पूर्ण जैव सूचनात्मक विश्लेषण, 4 चरणों में अलग:
1) एनजीएस के साथ के-एमईआर विश्लेषण पर आधारित जीनोम सर्वेक्षण, पढ़ता है:
जीनोम आकार का अनुमान
हेटेरोज़ायगोसिटी का अनुमान
दोहराव वाले क्षेत्रों का अनुमान
2) पैकियो Hifi के साथ जीनोम असेंबली:
डे नोवोविधानसभा
असेंबली असेसमेंट: एनजीएस और पैकबियो HIFI के जीनोम पूर्णता और मैपिंग बैक के लिए Busco विश्लेषण सहित
3) हाय-सी असेंबली:
हाय-सी लाइब्रेरी क्यूसी: वैध हाय-सी इंटरैक्शन का अनुमान
HI-C असेंबली: समूहों में contigs की क्लस्टरिंग, इसके बाद प्रत्येक समूह के भीतर ऑर्डर करने और कॉन्टिजी ओरिएंटेशन असाइन करना
हाय-सी मूल्यांकन
4) जीनोम एनोटेशन:
गैर-कोडिंग आरएनए भविष्यवाणी
दोहराव अनुक्रम पहचान (ट्रांसपोज़न और अग्रानुक्रम दोहराता है)
जीन भविष्यवाणी
§डे नोवो: ab initio एल्गोरिदम
§ होमोलॉजी पर आधारित
§ ट्रांसक्रिपटोम पर आधारित, लंबे और छोटे रीड्स के साथ: रीड्स हैंडे नोवोड्राफ्ट जीनोम के लिए इकट्ठा या मैप किया गया
§ कई डेटाबेस के साथ अनुमानित जीनों का एनोटेशन
1) जीनोम सर्वे- के-मेर विश्लेषण
2) जीनोम असेंबली
2) जीनोम असेंबली - पैचबियो HIFI ने ड्राफ्ट असेंबली के लिए मैपिंग पढ़ी
2) हाय-सी असेंबली-हाय-सी वैध इंटरैक्शन जोड़े का अनुमान
3) हाय-सी पोस्ट-असेंबली मूल्यांकन
4) जीनोम एनोटेशन - अनुमानित जीनों का एकीकरण
4) जीनोम एनोटेशन - भविष्यवाणी जीन एनोटेशन
प्रकाशनों के एक क्यूरेटेड संग्रह के माध्यम से BMKGENE की डे नोवो जीनोम असेंबली सेवाओं द्वारा सुविधा प्रदान की गई प्रगति का अन्वेषण करें:
ली, सी। एट अल। (2021) 'जीनोम अनुक्रम वैश्विक फैलाव मार्गों को प्रकट करते हैं और सीहोरस इवोल्यूशन में अभिसरण आनुवंशिक अनुकूलन का सुझाव देते हैं', प्रकृति संचार, 12 (1)। doi: 10.1038/s41467-021-21379-x।
ली, वाई। एट अल। । doi: 10.1093/molbev/msad006।
तियान, टी। एट अल। । doi: 10.1038/s41588-023-01297-y।
झांग, एफ। एट अल। । doi: 10.1038/S41467-023-37133-4।
चुनौतीपूर्ण केस-स्टडीज़:
टेलोमेरे-टू-टेलोमेयर असेंबली:फू, ए। एट अल। । doi: 10.1093/hr/uhac228।
हैप्लोटाइप असेंबली:हू, डब्ल्यू। एट अल। । doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009।
विशाल जीनोम विधानसभा:युआन, जे। एट अल। । doi: 10.1038/S41467-022-35063-1।
पॉलीप्लॉइड जीनोम असेंबली:झांग, क्यू। एट अल। । doi: 10.1038/S41588-022-01084-1।
