PacBio 2+3 पूर्ण-लंबाई mRNA समाधान
विशेषताएँ
● अध्ययन डिज़ाइन:
प्रतिलेख आइसोफॉर्म की पहचान करने के लिए PacBio के साथ पूल किए गए नमूने को अनुक्रमित किया गया
अलग-अलग नमूनों (प्रतिकृतियों और परीक्षण की जाने वाली स्थितियों) को अनुक्रमित किया गयाएनजीएस प्रतिलेख अभिव्यक्ति की मात्रा निर्धारित करने के लिए
● CCS मोड में PacBio अनुक्रमण, HiFi रीड उत्पन्न करना
● पूर्ण-लंबाई प्रतिलेखों का अनुक्रमण
● विश्लेषण के लिए संदर्भ जीनोम की आवश्यकता नहीं है; हालाँकि, इसे नियोजित किया जा सकता है
● जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण में न केवल जीन और आइसोफॉर्म-स्तर पर अभिव्यक्ति शामिल है, बल्कि एलएनसीआरएनए, जीन फ्यूजन, पॉली-एडिनाइलेशन और जीन संरचना का विश्लेषण भी शामिल है।
लाभ
● उच्च सटीकता: HiFi सटीकता के साथ पढ़ता है >99.9% (Q30), जो NGS के बराबर है
● वैकल्पिक स्प्लिसिंग विश्लेषण: सभी प्रतिलेखों को अनुक्रमित करने से आइसोफ़ॉर्म पहचान और लक्षण वर्णन सक्षम हो जाता है।
● PacBio और NGS शक्तियों का संयोजन: आइसोफॉर्म स्तर पर अभिव्यक्ति की मात्रा का ठहराव सक्षम करना, संपूर्ण जीन अभिव्यक्ति का विश्लेषण करते समय छिपे हुए परिवर्तन का अनावरण करना
● व्यापक विशेषज्ञता: 1100 से अधिक PacBio पूर्ण-लंबाई ट्रांसक्रिप्टोम परियोजनाओं को पूरा करने और 2300 से अधिक नमूनों को संसाधित करने के ट्रैक रिकॉर्ड के साथ, हमारी टीम हर परियोजना के लिए समृद्ध अनुभव लेकर आती है।
● बिक्री उपरांत सहायता: हमारी प्रतिबद्धता 3 महीने की बिक्री-पश्चात सेवा अवधि के साथ परियोजना को पूरा करने से आगे तक फैली हुई है। इस समय के दौरान, हम परिणामों से संबंधित किसी भी प्रश्न के समाधान के लिए प्रोजेक्ट फॉलो-अप, समस्या निवारण सहायता और प्रश्नोत्तर सत्र की पेशकश करते हैं।
नमूना आवश्यकताएँ और वितरण
| पुस्तकालय | अनुक्रमण रणनीति | डेटा अनुशंसित | गुणवत्ता नियंत्रण |
| पॉलीए समृद्ध एमआरएनए सीसीएस लाइब्रेरी | पैकबियो सीक्वल II पैकबियो रिवियो | 20/40 जीबी 5/10 एम सीसीएस | Q30≥85% |
| पॉली ए समृद्ध | इलुमिना PE150 | 6-10 जीबी | Q30≥85% |
न्यूक्लियोटाइड
|
| सांद्र(एनजी/μl) | मात्रा (μg) | पवित्रता | अखंडता |
| इलुमिना लाइब्रेरी | ≥ 10 | ≥ 0.2 | ओडी260/280=1.7-2.5 ओडी260/230=0.5-2.5 जेल पर सीमित या कोई प्रोटीन या डीएनए संदूषण नहीं दिखाया गया है। | पौधों के लिए: RIN≥4.0; जानवरों के लिए: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; सीमित या कोई आधारभूत उन्नयन नहीं |
| पैकबियो लाइब्रेरी | ≥ 100 | ≥ 1.0 | ओडी260/280=1.7-2.5 ओडी260/230=0.5-2.5 जेल पर सीमित या कोई प्रोटीन या डीएनए संदूषण नहीं दिखाया गया है। | पौधे: RIN≥7.5 पशु: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; सीमित या कोई आधारभूत उन्नयन नहीं |
अनुशंसित नमूना वितरण
कंटेनर: 2 मिली सेंट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन फ़ॉइल अनुशंसित नहीं है)
नमूना लेबलिंग: समूह+प्रतिकृति जैसे A1, A2, A3; बी1, बी2, बी3.
शिपमेंट:
1. सूखी बर्फ:नमूनों को बैगों में पैक करके सूखी बर्फ में दबा देना चाहिए।
2. आरएनएस्टेबल ट्यूब: आरएनए नमूनों को आरएनए स्थिरीकरण ट्यूब (जैसे आरएनएस्टेबल®) में सुखाया जा सकता है और कमरे के तापमान में भेजा जा सकता है।
निम्नलिखित विश्लेषण शामिल है:
कच्चा डेटा गुणवत्ता नियंत्रण
वैकल्पिक पॉलीएडेनाइलेशन विश्लेषण (एपीए)
संलयन प्रतिलेख विश्लेषण
वैकल्पिक स्प्लिसिंग विश्लेषण
बेंचमार्किंग यूनिवर्सल सिंगल-कॉपी ऑर्थोलॉग्स (बुस्को) विश्लेषण
उपन्यास प्रतिलेख विश्लेषण: कोडिंग अनुक्रम (सीडीएस) और कार्यात्मक एनोटेशन की भविष्यवाणी
एलएनसीआरएनए विश्लेषण: एलएनसीआरएनए और लक्ष्यों की भविष्यवाणी
माइक्रोसैटेलाइट पहचान (एसएसआर)
विभेदित रूप से व्यक्त प्रतिलेख (डीईटी) विश्लेषण
विभेदित रूप से व्यक्त जीन (डीईजी) विश्लेषण
डीईजी और डीईटी का कार्यात्मक एनोटेशन
बुस्को विश्लेषण
वैकल्पिक स्प्लिसिंग विश्लेषण
वैकल्पिक पॉलीएडेनाइलेशन विश्लेषण (एपीए)
विभेदित रूप से व्यक्त जीन (डीईजी) और प्रतिलेख (डीईटी9 विश्लेषण)।
डीईटी और डीईजी के प्रोटीन-प्रोटीन इंटरेक्शन नेटवर्क
प्रकाशनों के क्यूरेटेड संग्रह के माध्यम से BMKGene के PacBio 2+3 पूर्ण-लंबाई mRNA अनुक्रमण द्वारा सुगम की गई प्रगति का अन्वेषण करें।
चाओ, क्यू. एट अल. (2019) 'पॉपुलस स्टेम ट्रांस्क्रिप्टोम की विकासात्मक गतिशीलता', प्लांट बायोटेक्नोलॉजी जर्नल, 17(1), पीपी. 206-219। डीओआई: 10.1111/पीबीआई.12958।
डेंग, एच. एट अल. (2022) 'एक्टिनिडिया लैटिफोलिया (एक एस्कॉर्बेट-समृद्ध फल फसल) और एसोसिएटेड आणविक तंत्र के फलों के विकास और पकने के दौरान एस्कॉर्बिक एसिड सामग्री में गतिशील परिवर्तन', आणविक विज्ञान के अंतर्राष्ट्रीय जर्नल, 23(10), पी। 5808. डीओआई: 10.3390/आईजेएमएस23105808/एस1।
हुआ, एक्स. एट अल. (2022) 'पेरिस पॉलीफिला में बायोएक्टिव पॉलीफिलिन में शामिल बायोसिंथेटिक पाथवे जीन की प्रभावी भविष्यवाणी', संचार जीवविज्ञान 2022 5:1, 5(1), पीपी 1-10। doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
लियू, एम. एट अल. (2023) 'टुटा एब्सोल्यूटा (मेरिक) ट्रांसक्रिप्टोम और साइटोक्रोम पी450 जीन का संयुक्त पैकबियो आइसो-सेक और इलुमिना आरएनए-सेक विश्लेषण', कीड़े, 14(4), पी। 363. डीओआई: 10.3390/इंसेक्ट्स14040363/एस1।
वांग, लिजुन एट अल। (2019) 'रिकिनस कम्युनिस में रिसिनोलेइक एसिड बायोसिंथेसिस की बेहतर समझ के लिए इलुमिना आरएनए अनुक्रमण के साथ संयुक्त पैकबायो एकल-अणु वास्तविक समय विश्लेषण का उपयोग करके ट्रांसक्रिप्टोम जटिलता का एक सर्वेक्षण', बीएमसी जीनोमिक्स, 20(1), पीपी 1-17। डीओआई: 10.1186/एस12864-019-5832-9/आंकड़े/7।
