जीनोम इवोल्यूशन, पैंजेनोम
पैन-जीनोम क्या है?
संचित सबूत बताते हैं कि एक प्रजाति के विभिन्न उपभेदों के बीच भिन्नता विशाल हो सकती है। एक एकल जीनोम एक ही प्रजाति की आनुवंशिक जानकारी की पूरी तस्वीर हासिल करने के लिए पर्याप्त है। पैन-जेनोम अध्ययन का उद्देश्य एक प्रजाति का अधिक व्यापक जीनोमिक ग्राफ प्राप्त करना है और कई उपभेदों के जीनोम डे नोवो असेंबली का संचालन करके लक्षणों और आनुवंशिक कोड के बीच संबंधों को डिकोड करना है, जो विविधताओं के गहरे और व्यापक खनन की अनुमति देता है।
पैन-जीनोम अध्ययन के रुझान

चित्र 1 पैन-जीनोम के प्रकाशित शोध पत्रों के रुझान।
नोट: यह आंकड़ा प्रकृति, सेल और विज्ञान श्रृंखला पत्रिकाओं में प्रकाशित लेखों के शीर्षक को खोजने के लिए "पैन-जेनोम" लेने का परिणाम दिखाता है।
एक। कई नमूनों से रीड को एक संदर्भ से गठबंधन किया जाता है और अनलिग्न्ड वाले को उपन्यास contigs में इकट्ठा किया जाता है। मूल संदर्भ अनुक्रम में इन उपन्यासों को जोड़कर, एक पैंजेनोम संदर्भ का निर्माण किया जा सकता है। डिस्पेंसेबल क्षेत्रों को मैपिंग के आधार पर निर्धारित किया जाता है सभी रीड्स वापस पेंगेनोम पर।
बी। कई एक्सेस के जीनोम की डे नोवो असेंबली पूरे जीनोम संरेखण दृष्टिकोण को डिस्पेंसेबल जीनोमिक क्षेत्रों की पहचान करने की अनुमति देती है।
सी। एक पैन-जेनोम ग्राफ का निर्माण पूरे जीनोम संरेखण से या डे नोवो ग्राफ असेंबली द्वारा किया जा सकता है, जो कुशलता से ग्राफ के माध्यम से अद्वितीय पथ के रूप में डिस्पेंसेबल क्षेत्रों की भिन्न जानकारी को संग्रहीत करता है।
पैन-जीनोम का निर्माण कैसे करें?

चित्रा 2 पैन-जीनोम दृष्टिकोण की तुलना1
एक। कई नमूनों से रीड को एक संदर्भ से गठबंधन किया जाता है और अनलिग्न्ड वाले को उपन्यास contigs में इकट्ठा किया जाता है। मूल संदर्भ अनुक्रम में इन उपन्यासों को जोड़कर, एक पैंजेनोम संदर्भ का निर्माण किया जा सकता है। डिस्पेंसेबल क्षेत्रों को मैपिंग के आधार पर निर्धारित किया जाता है सभी रीड्स वापस पेंगेनोम पर।
बी। कई एक्सेस के जीनोम की डे नोवो असेंबली पूरे जीनोम संरेखण दृष्टिकोण को डिस्पेंसेबल जीनोमिक क्षेत्रों की पहचान करने की अनुमति देती है।
सी। एक पैन-जेनोम ग्राफ का निर्माण पूरे जीनोम संरेखण से या डे नोवो ग्राफ असेंबली द्वारा किया जा सकता है, जो कुशलता से ग्राफ के माध्यम से अद्वितीय पथ के रूप में डिस्पेंसेबल क्षेत्रों की भिन्न जानकारी को संग्रहीत करता है।
हाल ही में प्रकाशित पैन-जेनोम
● बलात्कार पैन-जीनोम2

● टमाटर पैन-जीनोम 3

● चावल पैन -जेनोम4

● सूरजमुखी पैन-जीनोम5

● सोयाबीन पैन-जीनोम 6

● चावल पैन-जीनोम7

● जौ पैन-जीनोम8

● गेहूं पैन-जीनोम9

● सोरघम पैन-जीनोम10

● फाइटोप्लांकटन पैन-जीनोम11

संदर्भ
1। बायर पे, गॉलिक एए, शेबेन ए, बैटले जे, एडवर्ड्स डी। प्लांट पैन-जेनोम्स नए संदर्भ हैं। नट पौधे। 2020; 6 (8): 914-920। doi: 10.1038/S41477-020-0733-0
2। गीत जेएम, गुआन जेड, हू जे, एट अल। आठ उच्च गुणवत्ता वाले जीनोम पैन-जेनोम आर्किटेक्चर और ब्रैसिका नेपस के पारिस्थितिक भेदभाव को प्रकट करते हैं। नट पौधे। 2020; 6 (1): 34-45। doi: 10.1038/S41477-019-0577-7
3। गाओ एल, गोंडा I, सन एच, एट अल। टमाटर पैन-जीनोम नए जीन और एक दुर्लभ एलील को उजागर करता है जो फलों के स्वाद को विनियमित करता है। नट जेनेट। 2019; 51 (6): 1044-1051। doi: 10.1038/S41588-019-0410-2
4। झाओ क्यू, फेंग क्यू, लू एच, एट अल। पैन-जीनोम विश्लेषण खेती और जंगली चावल में जीनोमिक भिन्नता की सीमा को उजागर करता है [प्रकाशित सुधार नट जेनेट में दिखाई देता है। 2018 अगस्त; 50 (8): 1196]। नट जेनेट। 2018; 50 (2): 278-284। doi: 10.1038/S41588-018-0041-Z
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11। फैन एक्स, किउ एच, हान डब्ल्यू, एट अल। Phytoplankton Pangenome विविध कार्यों के व्यापक प्रोकैरियोटिक क्षैतिज जीन हस्तांतरण का खुलासा करता है। विज्ञान सलाह। 2020; 6 (18): EABA0111। प्रकाशित 2020 अप्रैल 29। DOI: 10.1126/sciadv.aba0111
पोस्ट टाइम: JAN-04-2022