T2T जीनोम असेंबली, गैप फ्री जीनोम
1stदो चावल जीनोम1
शीर्षक: जियान/इंडिका राइस के लिए दो गैप-फ्री संदर्भ जीनोम की विधानसभा और सत्यापन प्लांट सेंट्रोमियर आर्किटेक्चर में अंतर्दृष्टि का खुलासा करता है
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
पोस्ट किया गया समय: 01 जनवरी, 2021।
संस्थान: हुआजोंग कृषि विश्वविद्यालय, चीन
सामग्री
ओ। सैटिवा जियान/इंडिकाचावल की किस्में 'Zhenshan 97 (ZS97)' और 'मिंगुई 63 (MH63)
अनुक्रमण रणनीति
NGS READS + HIFI READS + CLR READS + BIONANO + HI-C
डेटा:
ZS97: 8.34 GB （~ 23x） Hifi Reads + 48.39 GB (~ 131x) CLR पढ़ता है
MH63: 37.88 GB (~ 103x) Hifi पढ़ता है + 48.97 GB (~ 132x) CLR पढ़ता है
चित्रा 1 चावल के दो अंतराल-मुक्त जीनोम (MH63 और ZS97)
2ndकेले का जीनोम2
शीर्षक: नैनोपोर अनुक्रमण का उपयोग करके केले के टेलोमेरे-टू-टेलोमेरे गैपलेस गुणसूत्र
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
पोस्ट किया गया समय: 17 अप्रैल, 2021।
संस्थान: यूनिवर्सिट पेरिस-सैकले, फ्रांस
सामग्री
डबल हाप्लोइडमूसल एक्युमिनताएसपीपीघातक(डीएच-पांग)
अनुक्रमण रणनीति और डेटा:
HISEQ2500 PE250 मोड+ मिनियन/ प्रोमेथियन (93GB, ~ 200x)+ ऑप्टिकल मैप (DLE-1+ BSPQ1)
तालिका 1 मूसा एक्यूमिनाटा (डीएच-पाहंग) जीनोम असेंबली की तुलना
चित्रा 2 मूसा जीनोम आर्किटेक्चर तुलना
3rdफियोडैक्टाइलम ट्राइकोर्नुटम जीनोम3
शीर्षक: टेलोमेयर-टू-टेलोमेरे जीनोम असेंबलीP
हूडैक्टाइलम ट्राइकोर्नुटम
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
पोस्ट किया गया समय: 04 मई, 2021
संस्थान: पश्चिमी विश्वविद्यालय, कनाडा
सामग्री
फेरोर्न्यूटम(शैवाल और प्रोटोजोआ CCAP 1055/1 का संस्कृति संग्रह)
अनुक्रमण रणनीति और डेटा:
1 ऑक्सफोर्ड नैनोपोर मिनियन फ्लो सेल + ए 2 × 75 युग्मित-एंड मिड-आउटपुट नेक्स्टसेक 550 रन
Telomere-telomere जीनोम असेंबली के लिए चित्र 3 वर्कफ़्लो
4thमानव CHM13 जीनोम4
शीर्षक: एक मानव जीनोम का पूरा अनुक्रम
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
पोस्ट किया गया समय: 27 मई, 2021
संस्थान: नेशनल इंस्टीट्यूट ऑफ हेल्थ (NIH), यूएसए
सामग्री: सेल लाइन CHM13
अनुक्रमण रणनीति और डेटा:
30 × PACBIO सर्कुलर सर्वसम्मति अनुक्रमण (HIFI), 120 × ऑक्सफोर्ड नैनोपोर अल्ट्रा-लॉन्ग रीड सीक्वेंसिंग, 100 × इलुमिना पीसीआर-फ्री सीक्वेंसिंग (ILMN), 70 × इलुमिना / अरीमा जीनोमिक्स HI-C (HI-C), Bionano ऑप्टिकल मैप्स, और स्ट्रैंड-सीक
तालिका 2 GRCH38 और T2T-CHM13 मानव जीनोम असेंबली की तुलना
संदर्भ
1. सेर्जी नूरक एट अल। एक मानव जीनोम का पूरा अनुक्रम। Biorxiv 2021.05.26.445798; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. कारोलिन बेलसर एट अल। नैनोपोर अनुक्रमण का उपयोग करके केले के टेलोमेरे-टू-टेलोमेरे गैपलेस गुणसूत्र। Biorxiv 2021.04.16.440017; doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3. डैनियल जे। गिगुरे एट अल। टेलोमेरे-टू-टेलोमेरे जीनोम असेंबली ऑफ फियोडैक्टाइलम ट्राइकोर्नुटम। Biorxiv 2021.05.04.442596; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. जिया-मिंग गीत एट अल। जियान/इंडिका राइस के लिए दो गैप-फ्री संदर्भ जीनोम के विधानसभा और सत्यापन से प्लांट सेंट्रोमियर आर्किटेक्चर में अंतर्दृष्टि का पता चलता है। Biorxiv 2020.12.24.424073; doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
पोस्ट टाइम: JAN-06-2022