संपूर्ण जीनोम पुनर्जन्म
SARS-COV-2 की जीनोमिक्स निगरानी एक NSP1 विलोपन संस्करण को उजागर करती है जो टाइप I इंटरफेरॉन प्रतिक्रिया को नियंत्रित करती है
नैनोपोर | इलुमिना | पूरे जीनोम resequencing | मेटागेनोमिक्स | आरएनए-सेक | सेंगर
बायोमार्कर टेक्नोलॉजीज ने इस अध्ययन में नमूना अनुक्रमण पर तकनीकी सहायता प्रदान की।
हाइलाइट
1.SARS-COV-2 जीनोम अनुक्रमण और phylognetic विश्लेषण 31 SNPs और 4 Indels सहित 35 आवर्तक उत्परिवर्तन की पहचान करते हैं।
2. 117 नैदानिक फेनोटाइप्स के साथ असमानता संभावित रूप से प्रकट करता है
महत्वपूर्ण उत्परिवर्तन।
NSP1 कोडिंग क्षेत्र में J500-532 कम वायरल के साथ सहसंबंधित है
3. लोड और सीरम IFN-β।
4. Viral ± 500-532 उत्परिवर्तन के साथ आइसोलेट्स कम IFN-I को प्रेरित करता है
संक्रमित कोशिकाओं में प्रतिक्रिया।
प्रयोगात्मक परिरूप
उपलब्धियों
1। कोविड -19 महामारी विज्ञान और जीनोमिक निगरानी
सिचुआन प्रांत, चीन में क्लिनिकल डेटा एकत्र किया गया था। 22 जनवरी, 2020 से 20 फरवरी, 2020 से प्रकोप की अवधि में। सिचुआन में QPCR परीक्षणों द्वारा कुल 538 COVID-19 मामलों की पुष्टि की गई थी, जिनमें से 28.8% प्रांत से थे। पूंजी। सिचुआन में पुष्टि किए गए मामलों में तेजी से वृद्धि हुई, 30 जनवरी को चरम पर। इसके अलावा, डेटा ने समर्थन किया कि वायरस के प्रसार को रोकने के लिए सामाजिक डिस्टेंसिंग एक महत्वपूर्ण कारक हो सकता है।
चित्रा 1। सिचुआन प्रांत, चीन में कोविड -19 का महामारी विज्ञान अध्ययन
2। SARS-COV-2 जीनोम निर्माण और वेरिएंट पहचान
मल्टीप्लेक्स पीसीआर प्रवर्धन के बाद नैनोपोर सीक्वेंसिंग के बाद, 248 रोगियों से कुल 310 या आंशिक-पूर्ण जीनोम लगभग लगभग उत्पन्न हुए थे। 80% जीनोम 10 रीड्स द्वारा कवर किए गए (मतलब गहराई: 0.39 मीटर प्रति नमूना पढ़ता है)।
चित्रा 2। सिचुआन कोहोर्ट में प्रत्येक वेरिएंट की आवृत्ति
SARS-COV-2 जीनोम से कुल 104 SNPs और 18 Indels की पहचान की गई, जिसमें 31 SNP और 4 Indels को आवर्तक आनुवंशिक वेरिएंट के रूप में पहचाना गया। वुहान से 169 नमूनों के साथ उनकी तुलना करके और GISAID में 81,391 उच्च गुणवत्ता वाले पब्लिक जीनोम अनुक्रमों के साथ, अन्य महाद्वीपों में प्रस्तुत 35 वेरिएंट में से 29। विशेष रूप से, .500-532, ACC18108AT, ± 729-737 और T13243C सहित चार वेरिएंट, केवल सिचुआन और वुहान में मौजूद पाए गए और गिसैड डेटा में अनुपस्थित, यह दर्शाता है कि इन वेरिएंट को वुहान से संकुचित होने की संभावना थी, जो मिलते हैं, जो मिलते हैं, जो मिलते हैं, जो मिलते हैं, जो मिलते हैं रोगियों के यात्रा रिकॉर्ड।
अधिकतम संभावना (एमएल) विधि और बायेसियन आणविक घड़ी दृष्टिकोण के साथ विकासवादी विश्लेषण को 88 नए वायरस SFROM सिचुआन और अन्य क्षेत्रों से 250 क्यूरेट जीनोम पर संसाधित किया गया था। .500-532 (NSP1 कोडिंग क्षेत्र में विलोपन) के साथ जीनोम को Phylogenetic पेड़ में बहुत अधिक वितरित किया गया था। NSP1 वेरिएंट पर हैप्लोटाइप विश्लेषण ने उनमें से 5 को कई शहरों से पहचाना। इन परिणामों ने सुझाव दिया कि .500-532 कई शहरों में हुआ और वुहान से कई बार आयात किया जा सकता है।
चित्रा 2। SARS-COV-2 जीनोम में आवर्तक आनुवंशिक वेरिएंट और phylogenetic विश्लेषण
3। नैदानिक निहितार्थ के साथ आवर्तक आनुवंशिक वेरिएंट का जुड़ाव
117 नैदानिक फेनोटाइप्स कोविड -19 गंभीरता से जुड़े थे, जहां 19 गंभीरता से संबंधित फेनोटाइप को गंभीर और गैर-गंभीर लक्षणों में वर्गीकृत किया गया था। इन लक्षणों और 35 आवर्तक आनुवंशिक वेरिएंट के बीच संबंध द्वि-क्लस्टर हीटमैप में viualized थे। एक GSEA की तरह रैंक किए गए संवर्धन विश्लेषण से पता चला है कि 300-532 नकारात्मक रूप से ESR, सीरम IFN-β और CD3+ CD8+ T सेल के साथ रक्त में सहसंबद्ध है। इसके अलावा, QPCR परीक्षणों से पता चला है कि वायरस से संक्रमित रोगियों ने value500-532 को उच्चतम सीटी मूल्य, यानी सबसे कम वायरल लोड किया था।
चित्रा 3। नैदानिक फेनोटाइप्स के साथ 35 आवर्तक आनुवंशिक वेरिएंट के संघ
4। वायरल म्यूटेशन से जुड़े नैदानिक फेनोटाइप पर सत्यापन
NSP1 कार्यों पर -500-532 के प्रभावों को समझने के लिए, HEK239T कोशिकाओं को पूर्ण-लंबाई, WT NSP1 और उत्परिवर्ती रूपों को विलोपन के साथ व्यक्त करने वाले प्लास्मिड के साथ ट्रांसफ़ेक्ट किया गया था। प्रत्येक उपचारित HEK239T कोशिकाओं के ट्रांसक्रिपटोम प्रोफाइल को पीसीए विश्लेषण के लिए संसाधित किया गया था, जिसमें दिखाया गया था कि विलोपन म्यूटेंट अपेक्षाकृत करीब से गुजरते थे और डब्ल्यूटी एनएसपी 1 से काफी अलग थे। म्यूटेंट में महत्वपूर्ण रूप से अपग्रेड किए गए जीनों को मुख्य रूप से "पेप्टाइड बायोसिंथेटिक/मेटाबोलिक प्रक्रिया", "राइबोन्यूक्लियोप्रोटीन कॉम्प्लेक्स बायोजेनेसिस", "झिल्ली/ईआर के लिए प्रोटीन लक्ष्यीकरण", आदि में समृद्ध किया गया था, इसके अलावा, दो विलोपन ने डब्ल्यूटी से एक अलग विस्तार पैटर्न दिखाया।
चित्रा 4। HEK239T कोशिकाओं पर ट्रांसक्रिपटोम विश्लेषण WT NSP1 द्वारा ट्रांसफ़ेक्ट किया गया और विलोपन के साथ
IFN-1 प्रतिक्रिया पर विलोपन के प्रभावों को ओवरएक्सप्रेस्ड अध्ययन में भी परीक्षण किया गया था। सभी परीक्षण किए गए विलोपन को ट्रांसफ़ेक्ट HEK239T और A549 कोशिकाओं में ट्रांसक्रिपटोम स्तर और प्रोटीन स्तर पर ट्रांसफ़ेक्ट HEK239T और A549 कोशिकाओं को कम करने के लिए दिखाया गया था। दिलचस्प बात यह है कि विलोपन में महत्वपूर्ण रूप से डाउन-विनियमित जीन को "वायरस के लिए रक्षा प्रतिक्रिया", "वायरल जीनोम प्रतिकृति", "आरएनए पोलीमरेज़ II द्वारा प्रतिलेखन का विनियमन" और "टाइप I इंटरफेरॉन के लिए प्रतिक्रिया" में समृद्ध किया गया था।
चित्रा 5। .500-532 उत्परिवर्ती में इंटरफेरॉन सिग्नलिंग मार्गों का नीचे विनियमन
इस अध्ययन में, वायरल संक्रमण अध्ययन द्वारा वायरस पर इन विलोपन के प्रभाव की पुष्टि की गई। कुछ म्यूटेंट वाले वायरस को नैदानिक नमूनों से अलग किया गया और कैलु -3 कोशिकाओं से संक्रमित किया गया। वायरल संक्रमण अध्ययन पर विस्तृत परिणाम कागज में पढ़े जा सकते हैं।
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
संदर्भ
लिन जे, तांग सी, वी एच, एट अल। SARS-COV-2 की जीनोमिक निगरानी एक NSP1 विलोपन संस्करण को उजागर करती है जो टाइप I इंटरफेरॉन प्रतिक्रिया [J] को नियंत्रित करती है। सेल होस्ट और माइक्रोब, 2021।
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पोस्ट टाइम: JAN-06-2022