हाई-सी आधारित जीनोम असेंबली
हाई-सी एक ऐसी विधि है जिसे जांच निकटता-आधारित इंटरैक्शन और उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण के संयोजन से गुणसूत्र विन्यास को पकड़ने के लिए डिज़ाइन किया गया है। ऐसा माना जाता है कि इन अंतःक्रियाओं की तीव्रता का गुणसूत्रों पर भौतिक दूरी के साथ नकारात्मक संबंध होता है। इसलिए, हाई-सी डेटा का उपयोग ड्राफ्ट जीनोम में इकट्ठे अनुक्रमों के क्लस्टरिंग, ऑर्डरिंग और ओरिएंटेशन को निर्देशित करने और उन्हें एक निश्चित संख्या में क्रोमोसोम पर एंकरिंग करने के लिए किया जाता है। यह तकनीक जनसंख्या-आधारित आनुवंशिक मानचित्र के अभाव में गुणसूत्र-स्तरीय जीनोम असेंबली को सशक्त बनाती है। प्रत्येक जीनोम को हाई-सी की आवश्यकता होती है।
सेवा सुविधाएँ
● PE150 के साथ इलुमिना नोवासेक पर अनुक्रमण।
● सेवा के लिए फॉर्मेल्डिहाइड के साथ क्रॉस-लिंक करने और डीएनए-प्रोटीन इंटरैक्शन को संरक्षित करने के लिए निकाले गए न्यूक्लिक एसिड के बजाय ऊतक के नमूनों की आवश्यकता होती है।
● हाई-सी प्रयोग में बायोटिन के साथ चिपचिपे सिरों पर प्रतिबंध और अंतिम मरम्मत शामिल है, इसके बाद अंतःक्रियाओं को संरक्षित करते हुए परिणामी कुंद सिरों को गोलाकार किया जाता है। फिर डीएनए को स्ट्रेप्टाविडिन मोतियों के साथ खींचा जाता है और बाद की लाइब्रेरी तैयारी के लिए शुद्ध किया जाता है।
सेवा लाभ
हाई-सी का अवलोकन
(लिबरमैन-एडेन ई एट अल.,विज्ञान, 2009)
●आनुवंशिक जनसंख्या डेटा की आवश्यकता को समाप्त करना:हाई-सी कॉन्टिग एंकरिंग के लिए आवश्यक आवश्यक जानकारी को प्रतिस्थापित करता है।
●उच्च मार्कर घनत्व:जिससे उच्च कॉन्टिग एंकरिंग अनुपात 90% से ऊपर हो गया।
●व्यापक विशेषज्ञता और प्रकाशन रिकॉर्ड:BMKGene के पास 1000 विभिन्न प्रजातियों और विभिन्न पेटेंटों से हाई-सी जीनोम असेंबली के 2000 से अधिक मामलों का व्यापक अनुभव है। 200 से अधिक प्रकाशित मामलों का संचयी प्रभाव कारक 2000 से अधिक है।
●अत्यधिक कुशल जैव सूचना विज्ञान टीम:हाई-सी प्रयोगों और डेटा विश्लेषण के लिए इन-हाउस पेटेंट और सॉफ़्टवेयर कॉपीराइट के साथ, स्व-विकसित विज़ुअलाइज़ेशन डेटा सॉफ़्टवेयर मैन्युअल ब्लॉक को स्थानांतरित करने, उलटने, रद्द करने और फिर से करने में सक्षम बनाता है।
●बिक्री के बाद का समर्थन:हमारी प्रतिबद्धता 3 महीने की बिक्री-पश्चात सेवा अवधि के साथ परियोजना को पूरा करने से आगे तक फैली हुई है। इस समय के दौरान, हम परिणामों से संबंधित किसी भी प्रश्न के समाधान के लिए प्रोजेक्ट फॉलो-अप, समस्या निवारण सहायता और प्रश्नोत्तर सत्र की पेशकश करते हैं।
●व्यापक व्याख्या: हम पहचानी गई विविधताओं के साथ जीन को कार्यात्मक रूप से एनोटेट करने और संबंधित संवर्धन विश्लेषण करने के लिए कई डेटाबेस का उपयोग करते हैं, जिससे कई शोध परियोजनाओं पर अंतर्दृष्टि मिलती है।
सेवा विशिष्टताएँ
| पुस्तकालय की तैयारी | अनुक्रमण रणनीति | अनुशंसित डेटा आउटपुट | गुणवत्ता नियंत्रण |
| हाई-सी लाइब्रेरी | इलुमिना नोवासेक PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
नमूना आवश्यकताएँ
| ऊतक | आवश्यक राशि |
| पशु आंत | ≥ 2 ग्राम |
| पशु की मांसपेशी | |
| स्तनधारी रक्त | ≥ 2 एमएल |
| मुर्गी/मछली का खून | |
| पौधा- ताजी पत्ती | ≥ 3 ग्राम |
| संवर्धित कोशिकाएँ | ≥ 1x107 |
| कीड़ा | ≥ 2 ग्राम |
सेवा कार्य प्रवाह
प्रयोग डिज़ाइन
नमूना वितरण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री के बाद की सेवाएँ
1) कच्चा डेटा क्यूसी
2) हाई-सी लाइब्रेरी क्यूसी: वैध हाई-सी इंटरैक्शन का अनुमान
3) हाई-सी असेंबली: समूहों में कॉन्टिग्स का क्लस्टरिंग, इसके बाद प्रत्येक समूह के भीतर कॉन्टिग्स को ऑर्डर करना और कॉन्टिग्स ओरिएंटेशन निर्दिष्ट करना
4) हाई-सी मूल्यांकन
हाई-सी लाइब्रेरी क्यूसी - हाई-सी वैध इंटरैक्शन जोड़े का अनुमान
हाई-सी असेंबली - आँकड़े
असेंबली के बाद का मूल्यांकन - डिब्बे के बीच सिग्नल की तीव्रता का हीटमैप
प्रकाशनों के क्यूरेटेड संग्रह के माध्यम से BMKGene की हाई-सी असेंबली सेवाओं द्वारा प्रदान की गई प्रगति का अन्वेषण करें।
तियान, टी. एट अल. (2023) 'जीनोम असेंबली और एक प्रमुख सूखा प्रतिरोधी मक्का जर्मप्लाज्म का आनुवंशिक विच्छेदन', नेचर जेनेटिक्स 2023 55:3, 55(3), पीपी 496-506। डीओआई: 10.1038/एस41588-023-01297-वाई।
वांग, जेडएल एट अल। (2020) 'ए क्रोमोसोम-स्केल असेंबली ऑफ़ द एशियन हनीबी एपिस सेराना जीनोम', फ्रंटियर्स इन जेनेटिक्स, 11, पी। 524140. डीओआई: 10.3389/एफजीईएनई.2020.00279/बीआईबीटीएक्स।
झांग, एफ. एट अल. (2023) 'सोलानेसी परिवार में दो जीनोम का विश्लेषण करके ट्रोपेन अल्कलॉइड जैवसंश्लेषण के विकास का खुलासा', नेचर कम्युनिकेशंस 2023 14:1, 14(1), पीपी 1-18। डीओआई: 10.1038/एस41467-023-37133-4।
झांग, एक्स. एट अल. (2020) 'बरगद के पेड़ और परागणक ततैया के जीनोम अंजीर-ततैया सह-विकास में अंतर्दृष्टि प्रदान करते हैं', सेल, 183(4), पीपी. 875-889.ई17। doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
