डे नोवो फंगल जीनोम असेंबली
BMKGene फंगल जीनोम के लिए बहुमुखी समाधान प्रदान करता है, विविध अनुसंधान आवश्यकताओं और वांछित जीनोम पूर्णता के लिए खानपान करता है। अकेले शॉर्ट-रीड इलुमिना अनुक्रमण का उपयोग करके एक ड्राफ्ट जीनोम की पीढ़ी की अनुमति मिलती है। नैनोपोर या पैकबियो का उपयोग करके शॉर्ट-रीड और लंबे समय से पढ़ने वाले अनुक्रमण को अधिक परिष्कृत कवक जीनोम के लिए लंबे समय से कॉन्टिजीज के साथ जोड़ा जाता है। इसके अलावा, HI-C अनुक्रमण को एकीकृत करना क्षमताओं को और बढ़ाता है, जिससे एक पूर्ण गुणसूत्र-स्तरीय जीनोम की प्राप्ति को सक्षम किया जाता है।
सेवा सुविधाएँ
जीनोम पूर्णता की वांछित डिग्री के आधार पर चुनने के लिए तीन संभावित विकल्पों के साथ:
● ड्राफ्ट जीनोम विकल्प: Illumina Novaseq PE150 के साथ शॉर्ट-रीड अनुक्रमण।
● फंगल फाइन जीनोम विकल्प:
जीनोम सर्वेक्षण: इलुमिना नोवसेक PE150।
जीनोम असेंबली: पैकियो रेवियो (HIFI रीड्स) या नैनोपोर प्रोमेथियन 48।
● गुणसूत्र-स्तरीय कवक जीनोम:
जीनोम सर्वेक्षण: इलुमिना नोवसेक PE150।
जीनोम असेंबली: पैकियो रेवियो (HIFI रीड्स) या नैनोपोर प्रोमेथियन 48।
HI-C असेंबली के साथ एंकरिंग।
सेवा लाभ
●कई अनुक्रमण रणनीतियाँ उपलब्ध हैं: विभिन्न शोध लक्ष्यों और जीनोम पूर्णता की आवश्यकताओं के लिए
●पूरा बायोइनफॉरमैटिक्स वर्कफ़्लो:इसमें जीनोम असेंबली और कई जीनोमिक तत्वों की भविष्यवाणी, कार्यात्मक जीन एनोटेशन और कॉन्टिग एंकरिंग शामिल हैं।
●व्यापक विशेषज्ञता: 12,000 से अधिक माइक्रोबियल जीनोम के साथ, हम एक दशक से अधिक अनुभव, एक उच्च कुशल विश्लेषण टीम, व्यापक सामग्री और उत्कृष्ट पोस्ट-बिक्री समर्थन लाते हैं।
●बिक्री के बाद का समर्थन:हमारी प्रतिबद्धता 3 महीने की बिक्री के बाद सेवा अवधि के साथ परियोजना के पूरा होने से परे है। इस समय के दौरान, हम परिणामों से संबंधित किसी भी प्रश्न को संबोधित करने के लिए प्रोजेक्ट फॉलो-अप, समस्या निवारण सहायता और प्रश्नोत्तर सत्र प्रदान करते हैं।
सेवा विनिर्देश
| सेवा | अनुक्रमण रणनीति | गुणवत्ता नियंत्रण |
| मसौदा जीनोम | इलुमिना PE150 100x | Q30 .85% |
| ठीक जीनोम | जीनोम सर्वेक्षण: इलुमिना PE150 50 x विधानसभा: पैकियो HIFI 30x या नैनोपोर 100x | Contig N50 A1MB （PACBIO UNOCELLULAR） Contig N50 A2MB （ONT UNCOLLULAR） Contig N50 ≥500kB） अन्य） |
| गुणसूत्र-स्तरीय जीनोम | जीनोम सर्वेक्षण: इलुमिना PE150 50 x विधानसभा: पैकियो HIFI 30x या नैनोपोर 100x हाय-सी असेंबली 100x | कंटिग एंकरिंग अनुपात> 90%
|
सेवा आवश्यकताएँ
| एकाग्रता (एनजी/) एल) | कुल राशि () g) | वॉल्यूम ()L) | OD260/280 | OD260/230 | |
| पैकबियो | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| नैनोपोर | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
एककोशिकीय कवक: ≥3.5x1010 कोशिकाओं
मैक्रो फंगस: g10 ग्राम
सेवा कार्य प्रवाह
नमूना वितरण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री के बाद सेवाएं
निम्नलिखित विश्लेषण शामिल है:
जीनोम सर्वेक्षण:
- अनुक्रमण डेटा गुणवत्ता नियंत्रण
- जीनोम अनुमान: आकार, हेटेरोज़ायोसिटी, दोहरावदार तत्व
फाइन जीनोम असेंबली:
- अनुक्रमण डेटा गुणवत्ता नियंत्रण
- डे नोवोविधानसभा
- जीनोम घटक विश्लेषण: सीडी और कई जीनोमिक तत्वों की भविष्यवाणी
- कई सामान्य डेटाबेस (GO, KEGG, आदि) और उन्नत डेटाबेस (कार्ड, VFDB, आदि) के साथ कार्यात्मक एनोटेशन
हाय-सी असेंबली:
- हाय-सी लाइब्रेरी आकलन।
- Contigs एंकरिंग क्लस्टरिंग, ऑर्डर और ओरिएंटिंग
- HI-C असेंबली का मूल्यांकन: संदर्भ जीनोम और हीट मैप पर आधारित
जीनोम सर्वेक्षण: के-मेर वितरण
जीनोम असेंबली: जीन होमोलॉगस एनोटेशन (एनआर डेटाबेस)
जीनोम असेंबली: फंक्शनल जीन एनोटेशन (GO)
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झांग, एसएस एट अल। (2023) 'खाद्य मशरूम ग्रिफोला फ्रोंडोसा में एक टेट्रापोलर संभोग प्रणाली के आनुवंशिक और आणविक साक्ष्य',कवक जर्नल, 9 (10), पी। 959। DOI: 10.3390/JOF9100959/S1।
