डीएनए/आरएनए अनुक्रमण -पैबियो सीक्वेंसर
विशेषताएँ
PACBIO सीक्वेंसर पर दो सीक्वेंसिंग मोड: कंटीन्यूअस लॉन्ग रीड (CLR) और सर्कुलर सर्वसम्मति पढ़ें (CCS)
| अनुक्रमण विधा | पुस्तकालय आकार | सैद्धांतिक आंकड़ाउपज (प्रति कोशिका) | एकल आधारशुद्धता | अनुप्रयोग |
| आक्षेप | 20kb, 30kb, आदि। | 80 जीबी से 130 जीबी | लगभग। 85% | डे नोवो, एसवी कॉलिंग, आदि। |
| सीसीएस | 15-20 केबी | 14 से 40 जीबी/सेल (सीक्वल II) 70 से 110 जीबी/सेल (रेवियो) नमूनों पर निर्भर करता है | लगभग। 99% | डे नोवो, एसएनपी/इंडेल/एसवी कॉलिंग, आईएसओ-सीक, |
रेवियो और सीक्वल II के प्रदर्शन और विशेषताओं की तुलना
| शर्तें | सीक्वल II प्रणाली | रेवियो सिस्टम | बढ़ोतरी |
| उच्च घनत्व | 8 मिलियन ZMWS | 25 मिलियन ZMWS | 3x |
| स्वतंत्र चरण | 1 | 4 | 4x |
| कम समय | 30 घंटे | 24 घंटे | 1.25x |
| 30x hifi मानव जीनोम / वर्ष | 88 | 1,300 | 1कुल मिलाकर 5x |
सेवा लाभ
● विभिन्न प्रजातियों के साथ हजारों बंद परियोजनाओं के साथ PACBIO अनुक्रमण मंच पर 8 साल से अधिक का अनुभव।
● पर्याप्त अनुक्रमण थ्रूपुट की गारंटी देने के लिए नवीनतम PACBIO अनुक्रमण प्लेटफार्मों, Revio से पूरी तरह से सुसज्जित।
● तेजी से टर्न-अराउंड समय, उच्च डेटा उपज और अधिक सटीक डेटा।
● सैकड़ों उच्च-प्रभाव वाले PACBIO- आधारित प्रकाशनों में योगदान दिया।
नमूना आवश्यकताएँ
| नमूना प्रकार | मात्रा | एकाग्रता ® Qubit®） | आयतन | पवित्रता | अन्य |
| जीनोमिक डीएनए | डेटा की आवश्यकता पर निर्भर करता है | ≥50 एनजी/μL | ≥15μL | OD260/280 = 1.7-2.2; OD260/230 = 1.8-2.5 ； 260 एनएम ， पर स्पष्ट शिखरकोई संदूषण नहीं | एकाग्रता को Qubit और Qubit/Nanopore = 0.8-2.5 द्वारा मापा जाना चाहिए |
| कुल आरएनए | ≥1.2μg | ≥120 एनजी/μL | ≥15μL | OD260/280 = 1.7-2.5; OD260/230 = 0.5-2.5 ；कोई संदूषण नहीं | RIN मान .57.5 528S/18S11 |
सेवा वर्कफ़्लो
नमूना तैयारी
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
परियोजना प्रसव
1.-घर डेटा उपज
63 सीसीएस कोशिकाओं से उत्पन्न डेटा (26 प्रजातियों से)
| डेटा-Pacbio-CCS-15 KB | औसत | अधिकतम | मिन | मंझला |
| उपज - उपखंड (जीबी) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - CCS (GB) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| पोलीमरेज़ N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| उपखंड N50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| औसत लंबाई-पोलीमरेज़ | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| औसत लंबाई-स्यूब्रेड्स | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| औसत लंबाई-सीसीएस | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
16 सीएलआर कोशिकाओं से उत्पन्न डेटा (76 प्रजातियों से)
| डेटा-पैकियो-सीएलआर -30KB | औसत | अधिकतम | मिन | मंझला |
| उपज - उपखंड (जीबी) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| पोलीमरेज़ N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| उपखंड N50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| औसत लंबाई-पोलीमरेज़ | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21,555 |
| औसत लंबाई-स्यूब्रेड्स | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2.DATA QC - डेमोआंकड़े उपज के आंकड़े
| नमूना | CCS NUM पढ़ता है | कुल सीसीएस आधार (बीपी) | CCS N50 (BP) पढ़ता है | सीसीएस का मतलब लंबाई (बीपी) | सीसीएस सबसे लंबे समय तक पढ़ें (बीपी) | उप -धाराओं (बीपी) | सीसीएस दर (%) |
| Pb_bmkxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
