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BMKMANU S3000_SPATIAL ट्रांसक्रिपटोम

BMKMANU S3000_SPATIAL Transcriptome चित्रित छवि

स्थानिक ट्रांसक्रिपटोमिक्स वैज्ञानिक नवाचार में सबसे आगे है, शोधकर्ताओं को उनके स्थानिक संदर्भ को संरक्षित करते हुए ऊतकों के भीतर जटिल जीन अभिव्यक्ति पैटर्न में तल्लीन करने के लिए सशक्त बनाता है। विभिन्न प्लेटफार्मों के बीच, BMKGENE ने BMKMANU S3000 स्थानिक ट्रांसक्रिपटोम चिप विकसित किया है, जो 3.5 andm के एक बढ़ाया रिज़ॉल्यूशन को घमंड करता है, जो उप-सीमाओं तक पहुंचता है, और बहु-स्तरीय रिज़ॉल्यूशन सेटिंग्स को सक्षम करता है। S3000 चिप, लगभग 4 मिलियन स्पॉट की विशेषता, स्थानिक रूप से बारकोड कैप्चर प्रोब के साथ भरी हुई मोतियों के साथ स्तरित माइक्रोवेल्स को नियुक्त करता है। एक सीडीएनए लाइब्रेरी, जो स्थानिक बारकोड से समृद्ध है, को S3000 चिप से तैयार किया जाता है और बाद में इलुमिना नोवसेक प्लेटफॉर्म पर अनुक्रमित किया जाता है। स्थानिक रूप से बारकोडेड नमूनों और यूएमआई का संयोजन उत्पन्न डेटा की सटीकता और विशिष्टता सुनिश्चित करता है। BMKMANU S3000 चिप का बेहद बहुमुखी है, बहु-स्तरीय रिज़ॉल्यूशन सेटिंग्स की पेशकश करता है जो विभिन्न ऊतकों और वांछित स्तरों के विस्तार के लिए बारीक रूप से ट्यून किया जा सकता है। यह अनुकूलनशीलता चिप को विविध स्थानिक ट्रांसक्रिपटोमिक्स अध्ययनों के लिए एक उत्कृष्ट विकल्प के रूप में रखती है, जो न्यूनतम शोर के साथ सटीक स्थानिक क्लस्टरिंग सुनिश्चित करती है। BMKMANU S3000 के साथ सेल विभाजन प्रौद्योगिकी का उपयोग कोशिकाओं की सीमाओं के लिए ट्रांसक्रिप्शनल डेटा के परिसीमन को सक्षम करता है, जिसके परिणामस्वरूप एक विश्लेषण होता है जिसका प्रत्यक्ष जैविक अर्थ होता है। इसके अलावा, S3000 के बेहतर रिज़ॉल्यूशन से अधिक संख्या में जीन और UMIS का पता चला है, जो प्रति सेल का पता चला है, जिससे स्थानिक प्रतिलेखन पैटर्न और कोशिकाओं के क्लस्टरिंग का बहुत अधिक सटीक विश्लेषण सक्षम होता है।

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सेवा विवरण

बायोइनफॉरमैटिक्स

डेमो परिणाम

S3000 और S1000 के बीच अंतर

BMKMANU S3000 स्थानिक प्रतिलेख तकनीकी योजना

विशेषताएँ

- संकल्प: 3.5 माइक्रोन

- स्पॉट व्यास: 2.5 माइक्रोन

- स्पॉट की संख्या: लगभग 4 मिलियन

- 3 संभावित कैप्चर क्षेत्र प्रारूप: 6.8 मिमी * 6.8 मिमी, 11 मिमी * 11 मिमी या 15 मिमी * 20 मिमी

- प्रत्येक बारकोडेड मनका 4 वर्गों से बना प्राइमरों से भरा हुआ है:

• mRNA प्राइमिंग और सीडीएनए संश्लेषण के लिए पॉली (डीटी) पूंछ,

• प्रवर्धन पूर्वाग्रह को सही करने के लिए अद्वितीय आणविक पहचानकर्ता (UMI)

• स्थानिक बारकोड

• आंशिक रीड 1 सीक्वेंसिंग प्राइमर का बाइंडिंग अनुक्रम

- एच एंड ई और फ्लोरोसेंट सेक्शन का धुंधला हो जाना

- सेल सेगमेंटेशन तकनीक का उपयोग करने की संभावना: प्रत्येक सेल की सीमाओं को निर्धारित करने के लिए एच एंड ई धुंधला, फ्लोरोसेंट धुंधला और आरएनए अनुक्रमण का एकीकरण और प्रत्येक सेल को जीन अभिव्यक्ति को सही ढंग से असाइन करने के लिए। सेल बिन के आधार पर डाउनस्ट्रीम स्थानिक प्रोफाइलिंग विश्लेषण प्रसंस्करण।

- मल्टीलेवल रिज़ॉल्यूशन विश्लेषण प्राप्त करने के लिए संभव: इष्टतम रिज़ॉल्यूशन पर विविध ऊतक सुविधाओं को हल करने के लिए लचीले बहु-स्तरीय विश्लेषण 100um से 3.5 UM से लेकर 3.5 UM तक।

BMKMANU S3000 के लाभ

-4 मिलियन तक कब्जा करने वाले स्पॉट को दोगुना करना: 3.5 UM के बेहतर रिज़ॉल्यूशन के साथ, उच्च जीन और UMI का पता लगाने के लिए प्रति सेल का पता चलता है। यह ट्रांसक्रिप्शनल प्रोफाइल के आधार पर कोशिकाओं के बेहतर क्लस्टरिंग में बेहतर होता है, जो कि ऊतकों की संरचना से मेल खाने वाले महीन विवरण के साथ होता है।

- उप-सेलुलर संकल्प:प्रत्येक कैप्चर क्षेत्र में 2.5 माइक्रोन के व्यास के साथ 2 मिलियन स्थानिक बारकोड स्पॉट और स्पॉट सेंटरों के बीच 5 माइक्रोन की रिक्ति, उप-सेलुलर रिज़ॉल्यूशन (5 माइक्रोन) के साथ स्थानिक प्रतिलेख विश्लेषण को सक्षम करते हुए।

-बहु-स्तरीय संकल्प विश्लेषण:इष्टतम रिज़ॉल्यूशन पर विविध ऊतक सुविधाओं को हल करने के लिए लचीले बहु-स्तरीय विश्लेषण 100 माइक्रोन से 5 माइक्रोन से लेकर।

-"एक स्लाइड में तीन" सेल विभाजन प्रौद्योगिकी का उपयोग करने की संभावना:एक स्लाइड पर प्रतिदीप्ति धुंधला, एच एंड ई धुंधला, और आरएनए अनुक्रमण का संयोजन, हमारे "तीन-इन-वन" विश्लेषण एल्गोरिथ्म बाद के सेल-आधारित ट्रांसक्रिपटॉमिक्स के लिए सेल सीमाओं की पहचान को सशक्त बनाता है।

-कई अनुक्रमण प्लेटफार्मों के साथ संगत: एनजीएस और लंबे समय से पढ़ने वाले अनुक्रमण दोनों उपलब्ध हैं।

-1-8 सक्रिय कैप्चर क्षेत्र का लचीला डिजाइन: कैप्चर क्षेत्र का आकार लचीला है, 3 प्रारूपों का उपयोग करना संभव है (6.8 मिमी * 6.8 मिमी।, 11 मिमी * 11 मिमी और 15 मिमी * 20 मिमी)

-एक बंद सेवा: क्रायो-सेक्शनिंग, धुंधला, ऊतक अनुकूलन, स्थानिक बारकोडिंग, पुस्तकालय की तैयारी, अनुक्रमण और जैव सूचना विज्ञान सहित सभी अनुभव और कौशल-आधारित चरणों को एकीकृत करता है।

-परिणामों के व्यापक जैव सूचना विज्ञान और उपयोगकर्ता के अनुकूल दृश्य:पैकेज में 29 विश्लेषण और 100+ उच्च-गुणवत्ता वाले आंकड़े शामिल हैं, जो सेल स्प्लिटिंग और स्पॉट क्लस्टरिंग की कल्पना और अनुकूलित करने के लिए इनहाउस विकसित सॉफ़्टवेयर के उपयोग के साथ संयुक्त हैं।

-अनुकूलित डेटा विश्लेषण और विज़ुअलाइज़ेशन: विभिन्न शोध अनुरोधों के लिए उपलब्ध है

-अत्यधिक कुशल तकनीकी टीम: मानव, माउस, स्तनपायी, मछली और पौधों सहित 250 से अधिक ऊतक प्रकारों और 100+ प्रजातियों में अनुभव के साथ।

-संपूर्ण परियोजना पर वास्तविक समय के अपडेट: प्रयोगात्मक प्रगति के पूर्ण नियंत्रण के साथ।

-एकल-कोशिका mRNA अनुक्रमण के साथ वैकल्पिक संयुक्त विश्लेषण

सेवा विनिर्देश

नमूना आवश्यकताएँ

पुस्तकालय

अनुक्रमण रणनीति

अनुशंसित आंकड़ा

गुणवत्ता नियंत्रण

अक्टूबर-एम्बेडेड क्रायो सैंपल

(इष्टतम व्यास: लगभग।

6 × 6 × 6 मिमी has)

प्रति नमूना 2 ब्लॉक

प्रयोग के लिए 1, बैकअप के लिए 1

S3000 सीडीएनए लाइब्रेरी

इलुमिना PE150

160K PE प्रति 100υm (250 GB) पढ़ता है

रिन> 7

नमूना तैयारी मार्गदर्शन और सेवा वर्कफ़्लो के बारे में अधिक जानकारी के लिए, कृपया बेझिझक बात करेंBMKGENE EPPARCH

सेवा कार्य प्रवाह

नमूना तैयारी चरण में, एक उच्च गुणवत्ता वाले आरएनए को प्राप्त करने के लिए एक प्रारंभिक बल्क आरएनए निष्कर्षण परीक्षण किया जाता है। ऊतक अनुकूलन चरण में वर्गों को दाग दिया जाता है और कल्पना की जाती है और ऊतक से mRNA रिलीज के लिए पारगम्यता की स्थिति अनुकूलित होती है। अनुकूलित प्रोटोकॉल तब पुस्तकालय निर्माण के दौरान लागू किया जाता है, इसके बाद अनुक्रमण और डेटा विश्लेषण किया जाता है।

पूर्ण सेवा वर्कफ़्लो में एक उत्तरदायी फीडबैक लूप बनाए रखने के लिए वास्तविक समय के अपडेट और क्लाइंट की पुष्टि शामिल है, जो सुचारू परियोजना निष्पादन को सुनिश्चित करता है।

पहले का: DNBSEQ पूर्व-निर्मित पुस्तकालयों

अगला:

BMKMANU S3000 द्वारा उत्पन्न डेटा का विश्लेषण सॉफ्टवेयर "BSTMatrix" का उपयोग करके किया जाता है, जो कि BMKGENE द्वारा स्वतंत्र रूप से डिज़ाइन किया गया है, जो एक सेल स्तर और मल्टीलेवल रिज़ॉल्यूशन जीन एक्सप्रेशन मैट्रिक्स उत्पन्न करता है। वहां से, एक मानक रिपोर्ट उत्पन्न होती है जिसमें डेटा गुणवत्ता नियंत्रण, आंतरिक-नमूना विश्लेषण और अंतर-समूह विश्लेषण शामिल हैं।

- डेटा गुणवत्ता नियंत्रण:

- डेटा आउटपुट और गुणवत्ता स्कोर वितरण

- प्रति स्पॉट जीन का पता लगाना

- ऊतक कवरेज

- आंतरिक-नमूना विश्लेषण:

- जीन समृद्धि

- स्पॉट क्लस्टरिंग, कम आयाम विश्लेषण सहित

- समूहों के बीच अंतर अभिव्यक्ति विश्लेषण: मार्कर जीन की पहचान

- कार्यात्मक एनोटेशन और मार्कर जीन का संवर्धन

- अंतर-समूह विश्लेषण

-दोनों नमूनों से स्पॉट का पुन: संयोजन (जैसे। रोगग्रस्त और नियंत्रण) और फिर से क्लस्टर

- प्रत्येक क्लस्टर के लिए मार्कर जीन की पहचान

- कार्यात्मक एनोटेशन और मार्कर जीन का संवर्धन

- समूहों के बीच एक ही क्लस्टर की विभेदक अभिव्यक्ति

इसके अतिरिक्त, BMKGENE विकसित "BSTViewer" एक उपयोगकर्ता के अनुकूल उपकरण है जो उपयोगकर्ता को जीन अभिव्यक्ति की कल्पना करने और विभिन्न प्रस्तावों पर स्पॉट क्लस्टरिंग की कल्पना करने में सक्षम बनाता है।

BMKGene सटीक एकल-सेल रिज़ॉल्यूशन (सेल बिन या मल्टीलेवल स्क्वायर बिन के आधार पर 100um से 3.5um तक) पर स्थानिक प्रोफाइलिंग सेवाएं प्रदान करता है।

S3000 स्लाइड पर ऊतक वर्गों से स्थानिक प्रोफाइलिंग डेटा नीचे के रूप में अच्छा प्रदर्शन किया।

केस स्टडी 1: माउस ब्रेन

S3000 के साथ एक माउस मस्तिष्क अनुभाग के विश्लेषण के परिणामस्वरूप ~ 94 000 कोशिकाओं की पहचान हुई, जिसमें प्रति सेल ~ 2000 जीन की औसत अनुक्रमण है। 3.5 यूएम के बेहतर रिज़ॉल्यूशन के परिणामस्वरूप ट्रांसक्रिप्शनल पैटर्न के आधार पर कोशिकाओं का एक बहुत विस्तृत क्लस्टरिंग हुआ, जिसमें मस्तिष्क के विभेदित संरचनाओं की नकल करने वाली कोशिकाओं के समूहों के साथ। यह आसानी से ऑलिगोडेंड्रोसाइट्स और माइक्रोग्लिया कोशिकाओं के रूप में क्लस्टर की गई कोशिकाओं के वितरण की कल्पना करके देखा जाता है, जो क्रमशः विशेष रूप से ग्रे और सफेद पदार्थ में स्थित हैं।

XV (1)

केस स्टडी 2: माउस भ्रूण

XV (1)

S3000 के साथ एक माउस भ्रूण अनुभाग के विश्लेषण के परिणामस्वरूप ~ 2200 000 कोशिकाओं की पहचान हुई, जिसमें प्रति सेल ~ 1600 जीन की औसत अनुक्रमण है। 3.5 UM के बेहतर रिज़ॉल्यूशन के परिणामस्वरूप ट्रांसक्रिप्शनल पैटर्न के आधार पर कोशिकाओं का एक बहुत विस्तृत क्लस्टरिंग हुआ, जिसमें आंख के क्षेत्र में 12 क्लस्टर और मस्तिष्क के क्षेत्र में 28 क्लस्टर थे।

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इनर-सैंपल एनालिसिस सेल क्लस्टरिंग:

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मार्कर जीन पहचान और स्थानिक वितरण:

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-उच्च उप-सेलुलर रिज़ॉल्यूशन: S1000 स्लाइड की तुलना में, S3000 के प्रत्येक कैप्चर क्षेत्र में 2.5 माइक्रोन के व्यास के साथ 4 मिलियन स्थानिक बारकोड स्पॉट और स्पॉट सेंटर के बीच 3.5 माइक्रोन की दूरी, उच्च उप-सेलुलर रिज़ॉल्यूशन के साथ स्थानिक ट्रांसक्रिप्टोम विश्लेषण को सक्षम करता है (वर्ग बिन: 3.5 माइक्रोन)।

- उच्च कैप्चर दक्षता: S1000 स्लाइड की तुलना में, Median_umi 30% से 70% तक बढ़ता है, Median_gene 30% से 60% तक बढ़ता है

S1000 चिप की योजना: