BMKMANU S1000 स्थानिक प्रतिलेख
BMKMANU S1000 स्थानिक प्रतिलेख तकनीकी योजना
विशेषताएँ
● रिज़ॉल्यूशन: 5 µM
● स्पॉट व्यास: 2.5 µM
● स्थानों की संख्या: लगभग 2 मिलियन
● 3 संभावित कैप्चर क्षेत्र प्रारूप: 6.8 मिमी * 6.8 मिमी, 11 मिमी * 11 मिमी या 15 मिमी * 20 मिमी
● प्रत्येक बारकोडेड मनका 4 खंडों से बने प्राइमरों से भरा हुआ है:
एमआरएनए प्राइमिंग और सीडीएनए संश्लेषण के लिए पॉली (डीटी) टेल
प्रवर्धन पूर्वाग्रह को ठीक करने के लिए अद्वितीय आणविक पहचानकर्ता (यूएमआई)।
स्थानिक बारकोड
आंशिक रूप से पढ़े गए 1 अनुक्रमण प्राइमर का बाइंडिंग अनुक्रम
● एच एंड ई और अनुभागों का फ्लोरोसेंट धुंधलापन
● उपयोग करने की संभावनाकोशिका विभाजन प्रौद्योगिकी: प्रत्येक कोशिका की सीमाओं को निर्धारित करने और प्रत्येक कोशिका को जीन अभिव्यक्ति को सही ढंग से निर्दिष्ट करने के लिए एच एंड ई स्टेनिंग, फ्लोरोसेंट स्टेनिंग और आरएनए अनुक्रमण का एकीकरण।
BMKMANU S1000 के लाभ
●उप-सेलुलर संकल्प: प्रत्येक कैप्चर क्षेत्र में 2.5 µm के व्यास और स्पॉट केंद्रों के बीच 5 µm के अंतर के साथ 2 मिलियन से अधिक स्थानिक बारकोडेड स्पॉट शामिल हैं, जो उप-सेलुलर रिज़ॉल्यूशन (5 µm) के साथ स्थानिक प्रतिलेख विश्लेषण को सक्षम करता है।
●बहु-स्तरीय रिज़ॉल्यूशन विश्लेषण:इष्टतम रिज़ॉल्यूशन पर विविध ऊतक विशेषताओं को हल करने के लिए 100 μm से 5 μm तक का लचीला बहु-स्तरीय विश्लेषण।
●"एक स्लाइड में तीन" सेल विभाजन प्रौद्योगिकी का उपयोग करने की संभावना:एक ही स्लाइड पर प्रतिदीप्ति धुंधलापन, एच एंड ई धुंधलापन और आरएनए अनुक्रमण का संयोजन, हमारा "थ्री-इन-वन" विश्लेषण एल्गोरिदम बाद के सेल-आधारित ट्रांसक्रिप्टोमिक्स के लिए सेल सीमाओं की पहचान को सशक्त बनाता है।
●एकाधिक अनुक्रमण प्लेटफ़ॉर्म के साथ संगत: एनजीएस और दीर्घ-पठित अनुक्रमण दोनों उपलब्ध हैं।
●1-8 सक्रिय कैप्चर क्षेत्र का लचीला डिज़ाइन: कैप्चर क्षेत्र का आकार लचीला है, 3 प्रारूपों (6.8 मिमी * 6.8 मिमी, 11 मिमी * 11 मिमी और 15 मिमी * 20 मिमी) का उपयोग करना संभव है।
●एक बंद सेवा: यह क्रायो-सेक्शनिंग, स्टेनिंग, ऊतक अनुकूलन, स्थानिक बारकोडिंग, लाइब्रेरी तैयारी, अनुक्रमण और जैव सूचना विज्ञान सहित सभी अनुभव और कौशल-आधारित चरणों को एकीकृत करता है।
●व्यापक जैव सूचना विज्ञान और परिणामों का उपयोगकर्ता-अनुकूल विज़ुअलाइज़ेशन:पैकेज में 29 विश्लेषण और 100+ उच्च गुणवत्ता वाले आंकड़े शामिल हैं, जो सेल विभाजन और स्पॉट क्लस्टरिंग को देखने और अनुकूलित करने के लिए इनहाउस विकसित सॉफ़्टवेयर के उपयोग के साथ संयुक्त हैं।
●अनुकूलित डेटा विश्लेषण और विज़ुअलाइज़ेशन: विभिन्न शोध अनुरोधों के लिए उपलब्ध
●अत्यधिक कुशल तकनीकी टीम: 250 से अधिक ऊतक प्रकारों और मानव, चूहे, स्तनपायी, मछली और पौधों सहित 100 से अधिक प्रजातियों में अनुभव के साथ।
●संपूर्ण परियोजना पर वास्तविक समय अपडेट: प्रायोगिक प्रगति के पूर्ण नियंत्रण के साथ।
●एकल-कोशिका एमआरएनए अनुक्रमण के साथ वैकल्पिक संयुक्त विश्लेषण
सेवा विशिष्टताएँ
|
नमूना आवश्यकताएं
| पुस्तकालय |
अनुक्रमण रणनीति
| डेटा अनुशंसित | गुणवत्ता नियंत्रण |
| OCT-एम्बेडेड क्रायो नमूने, प्रति नमूना 3 ब्लॉक | S1000 सीडीएनए लाइब्रेरी | इलुमिना PE150 (अन्य प्लेटफ़ॉर्म उपलब्ध) | 100K PE प्रति 100 uM पढ़ता है (60-150 जीबी) | आरआईएन>7 |
नमूना तैयार करने के मार्गदर्शन और सेवा कार्यप्रवाह के बारे में अधिक जानकारी के लिए, कृपया बेझिझक किसी से बात करेंबीएमकेजीन विशेषज्ञ
सेवा कार्य प्रवाह
नमूना तैयार करने के चरण में, उच्च गुणवत्ता वाला आरएनए प्राप्त किया जा सकता है यह सुनिश्चित करने के लिए प्रारंभिक थोक आरएनए निष्कर्षण परीक्षण किया जाता है। ऊतक अनुकूलन चरण में वर्गों को दाग दिया जाता है और कल्पना की जाती है और ऊतक से एमआरएनए रिलीज के लिए पारगम्यता स्थितियों को अनुकूलित किया जाता है। अनुकूलित प्रोटोकॉल को लाइब्रेरी निर्माण के दौरान लागू किया जाता है, इसके बाद अनुक्रमण और डेटा विश्लेषण किया जाता है।
संपूर्ण सेवा वर्कफ़्लो में एक प्रतिक्रियाशील फीडबैक लूप बनाए रखने के लिए वास्तविक समय के अपडेट और क्लाइंट पुष्टिकरण शामिल हैं, जिससे परियोजना का सुचारू निष्पादन सुनिश्चित होता है।
BMKMANU S1000 द्वारा उत्पन्न डेटा का विश्लेषण सॉफ्टवेयर "BSTMatrix" का उपयोग करके किया जाता है, जिसे BMKGENE द्वारा स्वतंत्र रूप से डिज़ाइन किया गया है, जो एक जीन एक्सप्रेशन मैट्रिक्स उत्पन्न करता है। वहां से, एक मानक रिपोर्ट तैयार की जाती है जिसमें डेटा गुणवत्ता नियंत्रण, आंतरिक-नमूना विश्लेषण और अंतर-समूह विश्लेषण शामिल होता है।
● डेटा गुणवत्ता नियंत्रण:
डेटा आउटपुट और गुणवत्ता स्कोर वितरण
प्रति स्थान जीन का पता लगाना
ऊतक कवरेज
● आंतरिक नमूना विश्लेषण:
जीन समृद्धि
कम आयाम विश्लेषण सहित स्पॉट क्लस्टरिंग
समूहों के बीच विभेदक अभिव्यक्ति विश्लेषण: मार्कर जीन की पहचान
मार्कर जीन का कार्यात्मक एनोटेशन और संवर्धन
● अंतर-समूह विश्लेषण:
दोनों नमूनों (जैसे रोगग्रस्त और नियंत्रित) से धब्बों का पुनः संयोजन और पुनः क्लस्टर
प्रत्येक क्लस्टर के लिए मार्कर जीन की पहचान
मार्कर जीन का कार्यात्मक एनोटेशन और संवर्धन
समूहों के बीच एक ही क्लस्टर की विभेदक अभिव्यक्ति
इसके अतिरिक्त, BMKGENE द्वारा विकसित "BSTViewer" एक उपयोगकर्ता-अनुकूल उपकरण है जो उपयोगकर्ता को विभिन्न रिज़ॉल्यूशन पर जीन अभिव्यक्ति और स्पॉट क्लस्टरिंग की कल्पना करने में सक्षम बनाता है।
BMKGene ने उपयोगकर्ता के अनुकूल विज़ुअलाइज़ेशन के लिए सॉफ़्टवेयर विकसित किया
बहु-स्तरीय रिज़ॉल्यूशन पर BSTViewer स्पॉट क्लस्टरिंग
BSTCellViewer: स्वचालित और मैन्युअल सेल विभाजन
आंतरिक नमूना विश्लेषण
स्पॉट क्लस्टरिंग:
मार्कर जीन की पहचान और स्थानिक वितरण:
अंतर-समूह विश्लेषण
दोनों समूहों और पुनः क्लस्टर से डेटा संयोजन:
नए समूहों के मार्कर जीन:
इस विशेष प्रकाशन में BMKManu S1000 प्रौद्योगिकी के साथ BMKGene की स्थानिक ट्रांसक्रिपटॉमिक्स सेवाओं द्वारा सुगम की गई प्रगति का अन्वेषण करें:
सॉन्ग, एक्स. एट अल. (2023) 'स्थानिक ट्रांसक्रिपटॉमिक्स से टमाटर कैलस में शूट पुनर्जनन को बढ़ावा देने में शामिल प्रकाश-प्रेरित क्लोरेनकाइमा कोशिकाओं का पता चलता है',संयुक्त राज्य अमेरिका की राष्ट्रीय विज्ञान अकादमी की कार्यवाही, 120(38), पृ. e2310163120. डीओआई: 10.1073/पीएनएएस.2310163120
आप, वाई. एट अल. (2023) 'अनुक्रमण-आधारित स्थानिक ट्रांसक्रिप्टोमिक विधियों की व्यवस्थित तुलना',Biorxiv, पी। 2023.12.03.569744. डीओआई: 10.1101/2023.12.03.569744।
