एम्प्लिकॉन सीक्वेंसिंग (16S/18S/ITS)

Illumina के साथ एम्प्लिकॉन (16S/18S/ITS) अनुक्रमण उनके अनुक्रमों के अनुसार माइक्रोबियल प्रोफाइल की पहचान करके माइक्रोबियल विविधता का विश्लेषण करने और फिर प्रत्येक नमूने के भीतर और नमूनों के बीच सामुदायिक समृद्धि और विविधता को समझने का प्रयास करने की एक विधि है। BMKCLOUD एम्प्लिकॉन (NGS) पाइपलाइन 16s, 18s, ITS और कई कार्यात्मक जीनों के विश्लेषण की अनुमति देता है। यह रीड ट्रिमिंग, पेयर-एंड रीड असेंबली और क्वालिटी असेसमेंट के साथ शुरू होता है, इसके बाद छह अलग-अलग विश्लेषण वर्गों में उपयोग किए जाने वाले ऑपरेशनल टैक्सोनोमिक यूनिट्स (ओटीयूएस) को उत्पन्न करने के लिए समान रीड्स की क्लस्टरिंग होती है। टैक्सोनोमिक एनोटेशन प्रत्येक नमूने की सापेक्ष बहुतायत और संरचना के बारे में जानकारी प्रदान करता है, जबकि अल्फा और बीटा विविधता विश्लेषण क्रमशः नमूनों के भीतर और बीच में माइक्रोबियल विविधता पर ध्यान केंद्रित करती है। समूहों के बीच विभेदक विश्लेषण ओटीयू को पाता है जो पैरामीट्रिक और गैर-पैरामीट्रिक दोनों परीक्षणों का उपयोग करके भिन्न होता है, जबकि सहसंबंध विश्लेषण इन अंतरों को पर्यावरणीय कारकों से संबंधित करता है। अंत में, कार्यात्मक जीन बहुतायत की भविष्यवाणी मार्कर जीन बहुतायत के आधार पर की जाती है, जो प्रत्येक नमूने में कार्य और पारिस्थितिकी में अंतर्दृष्टि प्रदान करती है।