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16एस/18एस/आईटीएस एम्प्लिकॉन सीक्वेंसिंग-पैकबायो

16एस और 18एस आरआरएनए जीन, इंटरनल ट्रांसक्राइब्ड स्पेसर (आईटीएस) क्षेत्र के साथ, अत्यधिक संरक्षित और हाइपर-वेरिएबल क्षेत्रों के संयोजन के कारण निर्णायक आणविक फिंगरप्रिंटिंग मार्कर के रूप में काम करते हैं, जो उन्हें प्रोकैरियोटिक और यूकेरियोटिक जीवों को चिह्नित करने के लिए अमूल्य उपकरण बनाते हैं। इन क्षेत्रों का प्रवर्धन और अनुक्रमण विभिन्न पारिस्थितिक तंत्रों में माइक्रोबियल संरचना और विविधता की जांच के लिए एक अलगाव-मुक्त दृष्टिकोण प्रदान करता है। जबकि इलुमिना अनुक्रमण आमतौर पर 16S और ITS1 के V3-V4 जैसे छोटे हाइपरवेरिएबल क्षेत्रों को लक्षित करता है, यह प्रदर्शित किया गया है कि 16S, 18S और ITS की पूरी लंबाई को अनुक्रमित करके बेहतर टैक्सोनोमिक एनोटेशन प्राप्त किया जा सकता है। इस व्यापक दृष्टिकोण के परिणामस्वरूप सटीक रूप से वर्गीकृत अनुक्रमों का उच्च प्रतिशत प्राप्त होता है, जिससे प्रजातियों की पहचान तक विस्तारित संकल्प का स्तर प्राप्त होता है। PacBio का सिंगल-मोलेक्यूल रियल-टाइम (SMRT) सीक्वेंसिंग प्लेटफॉर्म अत्यधिक सटीक लॉन्ग रीड्स (HiFi) प्रदान करके अलग दिखता है, जो फुल-लेंथ एम्पलीकॉन्स को कवर करता है, जो इलुमिना सीक्वेंसिंग की सटीकता को टक्कर देता है। यह क्षमता शोधकर्ताओं को एक बेजोड़ लाभ प्राप्त करने की अनुमति देती है - आनुवंशिक परिदृश्य का एक मनोरम दृश्य। विस्तारित कवरेज प्रजातियों के एनोटेशन में रिज़ॉल्यूशन को महत्वपूर्ण रूप से बढ़ाता है, विशेष रूप से बैक्टीरिया या कवक समुदायों के भीतर, जिससे माइक्रोबियल आबादी की जटिलताओं की गहरी समझ संभव हो पाती है।

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सेवा विवरण

बायोइनफॉरमैटिक्स

डेमो परिणाम

विशेष प्रकाशन

सेवा सुविधाएँ

● सीक्वेंसिंग प्लेटफ़ॉर्म: PacBio Revio

● अनुक्रमण मोड: CCS (HiFi पढ़ता है)

● HiFi SMRT घंटी लाइब्रेरी की तैयारी से पहले लक्ष्य क्षेत्र का प्रवर्धन और उसके बाद एम्प्लिकॉन्स को अग्रानुक्रम रूप से जोड़ना

सेवा लाभ

●उच्च वर्गीकरण विभेदन: टीहान शॉर्ट-एम्प्लिकॉन अनुक्रमण,प्रजातियों के स्तर पर उच्च ओटीयू वर्गीकरण दरों को सक्षम करना।

●अत्यधिक सटीक आधार कॉलिंग: PacBio CCS मोड अनुक्रमण (HiFi पढ़ता है)।

●अलगाव-मुक्त: पर्यावरणीय नमूनों में माइक्रोबियल संरचना की तेजी से पहचान।

●व्यापक रूप से लागू: विविध माइक्रोबियल समुदाय अध्ययन।

●व्यापक जैव सूचनात्मक विश्लेषण: डेटाबेस, एनोटेशन, OTU/ASV के संदर्भ में विविध विश्लेषणों के साथ नवीनतम QIIME2 पैकेज (माइक्रोबियल पारिस्थितिकी में मात्रात्मक अंतर्दृष्टि)।

●व्यापक विशेषज्ञता: प्रतिवर्ष आयोजित हजारों एम्प्लिकॉन अनुक्रमण परियोजनाओं के साथ, BMKGENE एक दशक से अधिक का अनुभव, एक उच्च कुशल विश्लेषण टीम, व्यापक सामग्री और बिक्री के बाद उत्कृष्ट समर्थन लाता है।

सेवा विशिष्टताएँ

पुस्तकालय	अनुक्रमण रणनीति	डेटा अनुशंसित
एम्प्लिकॉन	पैकबियो रिवियो	10/30/50 K टैग (CCS)

नमूना आवश्यकताएँ

एकाग्रता (एनजी/μL)	कुल मात्रा (µg)	आयतन (µL)
≥5	≥0.3	≥20

अनुशंसित नमूना वितरण

नमूनों को तरल नाइट्रोजन में 3-4 घंटे के लिए फ्रीज करें और दीर्घकालिक आरक्षण के लिए तरल नाइट्रोजन या -80 डिग्री में संग्रहित करें। सूखी बर्फ के साथ नमूना शिपिंग आवश्यक है।

सेवा कार्य प्रवाह

नमूना वितरण

पुस्तकालय निर्माण

अनुक्रमण

डेटा विश्लेषण

बिक्री के बाद की सेवाएँ

पहले का: 16एस/18एस/आईटीएस एम्प्लिकॉन सीक्वेंसिंग-एनजीएस

अगला: उच्च थ्रूपुट अनुक्रमण (एटीएसी-सीक्यू) के साथ ट्रांसपोज़ेज़-सुलभ क्रोमैटिन के लिए परख

निम्नलिखित विश्लेषण शामिल है:

●कच्चा डेटा गुणवत्ता नियंत्रण

●ओटीयू क्लस्टरिंग/डी-शोर (एएसवी)

●ओटीयू एनोटेशन

●अल्फा विविधता विश्लेषण: शैनन, सिम्पसन और एसीई सहित कई सूचकांक।

●बीटा विविधता विश्लेषण

●अंतर-समूह विश्लेषण

●सहसंबंध विश्लेषण: पर्यावरणीय कारकों और OUT संरचना और विविधता के बीच

●16S कार्यात्मक जीन भविष्यवाणी

वर्गीकरण वितरण का हिस्टोग्राम

सामुदायिक वितरण फ़ाइलोजेनेटिक वृक्ष

अल्फा विविधता विश्लेषण: एसीई

अनुक्रमणिका

बीटा विविधता विश्लेषण: पीसीओए

इंटरग्रुप विश्लेषण: एनोवा

प्रकाशनों के क्यूरेटेड संग्रह के माध्यम से PacBio के साथ BMKGene की एम्प्लिकॉन अनुक्रमण सेवाओं द्वारा की गई प्रगति का पता लगाएं।

गाओ, एक्स. और वांग, एच. (2023) 'अल्पाइन मीडो पर दो बढ़ते चरणों के साथ अल्पाइन मेरिनो भेड़ में विभिन्न फेनोलॉजी (रीग्रीन बनाम ग्रासी) के अनुकूलन के दौरान रुमेन बैक्टीरियल प्रोफाइल और कार्यों का तुलनात्मक विश्लेषण', किण्वन, 9( 1), पी. 16. डीओआई: 10.3390/किण्वन9010016/एस1।

ली, एस. एट अल. (2023) 'कल्चरोमिक्स-आधारित मेटाजेनोमिक्स और उच्च-रिज़ॉल्यूशन विश्लेषण का उपयोग करके रेगिस्तानी मिट्टी में माइक्रोबियल डार्क मैटर को कैप्चर करना', एनपीजे बायोफिल्म्स और माइक्रोबायोम्स 2023 9:1, 9(1), पीपी 1-14। डीओआई: 10.1038/एस41522-023-00439-8।

म्यू, एल. एट अल. (2022) 'अल्फाल्फा, चावल के भूसे और गेहूं की भूसी से तैयार मिश्रित साइलेज की किण्वन विशेषताओं, जीवाणु विविधता और एरोबिक स्थिरता पर फैटी एसिड लवण का प्रभाव', जर्नल ऑफ द साइंस ऑफ फूड एंड एग्रीकल्चर, 102(4), पीपी 1475- 1487. डीओआई: 10.1002/जेएसएफए.11482।

यांग, जे. एट अल. (2023) 'सोनचस ब्रैचियोटस डीसी के अर्क के एंटीऑक्सीडेंट प्रभाव में ऑक्सीडेटिव तनाव बायोमार्कर और आंत माइक्रोबायोटा के बीच बातचीत। वयस्क ज़ेब्राफिश में ऑक्साज़ोलोन-प्रेरित आंतों के ऑक्सीडेटिव तनाव में, एंटीऑक्सिडेंट्स 2023, वॉल्यूम। 12, पृष्ठ 192, 12(1), पृ. 192. डीओआई: 10.3390/एंटीओएक्स12010192।