10x जीनोमिक्स विसियम स्थानिक प्रतिलेख
तकनीकी योजना
विशेषताएँ
● संकल्प: 100 माइक्रोन
● स्पॉट व्यास: 55 माइक्रोन
● स्पॉट की संख्या: 4992
● कैप्चर क्षेत्र: 6.5 x 6.5 मिमी
● प्रत्येक बारकोड स्पॉट 4 वर्गों से बना प्राइमरों से भरा हुआ है:
- mRNA प्राइमिंग और सीडीएनए संश्लेषण के लिए पॉली (डीटी) पूंछ
- प्रवर्धन पूर्वाग्रह को सही करने के लिए अद्वितीय आणविक पहचानकर्ता (UMI)
- स्थानिक बारकोड
- आंशिक रीड 1 सीक्वेंसिंग प्राइमर का बाइंडिंग अनुक्रम
● एच एंड ई वर्गों का धुंधला हो जाना
लाभ
●एक बंद सेवा: क्रायो-सेक्शनिंग, धुंधला, ऊतक अनुकूलन, स्थानिक बारकोडिंग, पुस्तकालय की तैयारी, अनुक्रमण और जैव सूचना विज्ञान सहित सभी अनुभव और कौशल-आधारित चरणों को एकीकृत करता है।
● अत्यधिक कुशल तकनीकी टीम: मानव, माउस, स्तनपायी, मछली और पौधों सहित 250 से अधिक ऊतक प्रकारों और 100+ प्रजातियों में अनुभव के साथ।
●पूरे प्रोजेक्ट पर रियल-टाइम अपडेट: प्रयोगात्मक प्रगति के पूर्ण नियंत्रण के साथ।
●व्यापक मानक जैव सूचना विज्ञान:पैकेज में 29 विश्लेषण और 100+ उच्च-गुणवत्ता वाले आंकड़े शामिल हैं।
●अनुकूलित डेटा विश्लेषण और विज़ुअलाइज़ेशन: विभिन्न शोध अनुरोधों के लिए उपलब्ध है।
●एकल-कोशिका mRNA अनुक्रमण के साथ वैकल्पिक संयुक्त विश्लेषण
विशेष विवरण
| नमूना आवश्यकताएँ | पुस्तकालय | अनुक्रमण रणनीति | अनुशंसित आंकड़ा | गुणवत्ता नियंत्रण |
| अक्टूबर-एम्बेडेड क्रायो सैंपल (इष्टतम व्यास: लगभग। 6x6x6 mm this) प्रति नमूना 2 ब्लॉक | 10x विसियम सीडीएनए लाइब्रेरी | इलुमिना PE150 | 50k पीई प्रति स्पॉट पढ़ता है (60GB) | रिन> 7 |
नमूना तैयारी मार्गदर्शन और सेवा वर्कफ़्लो के बारे में अधिक जानकारी के लिए, कृपया बेझिझक बात करेंBMKGENE EPPARCH
सेवा वर्कफ़्लो
नमूना तैयारी चरण में, एक उच्च गुणवत्ता वाले आरएनए को प्राप्त करने के लिए एक प्रारंभिक बल्क आरएनए निष्कर्षण परीक्षण किया जाता है। ऊतक अनुकूलन चरण में वर्गों को दाग दिया जाता है और कल्पना की जाती है और ऊतक से mRNA रिलीज के लिए पारगम्यता की स्थिति अनुकूलित होती है। अनुकूलित प्रोटोकॉल तब पुस्तकालय निर्माण के दौरान लागू किया जाता है, इसके बाद अनुक्रमण और डेटा विश्लेषण किया जाता है।
पूर्ण सेवा वर्कफ़्लो में एक उत्तरदायी फीडबैक लूप बनाए रखने के लिए वास्तविक समय के अपडेट और क्लाइंट की पुष्टि शामिल है, जो सुचारू परियोजना निष्पादन को सुनिश्चित करता है।
निम्नलिखित विश्लेषण शामिल है:
डेटा गुणवत्ता नियंत्रण:
o डेटा आउटपुट और गुणवत्ता स्कोर वितरण
ओ जीन प्रति स्पॉट जीन का पता लगाना
o ऊतक कवरेज
आंतरिक-नमूना विश्लेषण:
ओ जीन समृद्धि
ओ स्पॉट क्लस्टरिंग, कम आयाम विश्लेषण सहित
o समूहों के बीच अंतर अभिव्यक्ति विश्लेषण: मार्कर जीन की पहचान
ओ कार्यात्मक एनोटेशन और मार्कर जीन का संवर्धन
अंतर-समूह विश्लेषण
o दोनों नमूनों से स्पॉट का फिर से संयोजन (जैसे। रोगग्रस्त और नियंत्रण) और फिर से क्लस्टर
o प्रत्येक क्लस्टर के लिए मार्कर जीन की पहचान
ओ कार्यात्मक एनोटेशन और मार्कर जीन का संवर्धन
o समूहों के बीच एक ही क्लस्टर की विभेदक अभिव्यक्ति
आंतरिक-नमूना विश्लेषण
स्पॉट क्लस्टरिंग
मार्कर जीन पहचान और स्थानिक वितरण
अंतर-समूह विश्लेषण
दोनों समूहों और पुन: क्लस्टर से डेटा संयोजन
नए समूहों के मार्कर जीन
इन विशेष प्रकाशनों में 10x विसियम द्वारा BMKGENE की स्थानिक ट्रांसक्रिपटोमिक्स सेवा द्वारा सुविधा प्रदान की गई प्रगति का अन्वेषण करें:
चेन, डी। एट अल। ।संयुक्त राज्य अमेरिका के नेशनल एकेडमी ऑफ साइंसेज की कार्यवाही, 120 (30), पी। E2303462120। doi: /10.1073/pnas.2303462120
चेन, वाई। एट अल। (2023) 'स्टील स्पेटियोटेम्पोरल ट्रांसक्रिपटोमिक डेटा के उच्च-रिज़ॉल्यूशन परिसीमन को सक्षम करता है',जैव सूचना विज्ञान में ब्रीफिंग, 24 (2), पीपी। 1-10। doi: 10.1093/bib/bbad068।
लियू, सी। एट अल। (2022) 'ऑर्किड फूलों के विकास में ऑर्गेनोजेनेसिस का एक स्पैटियोटेम्पोरल एटलस',न्यूक्लिक एसिड अनुसंधान, 50 (17), पीपी। 9724–9737। doi: 10.1093/nar/gkac773।
वांग, जे। एट अल। (2023) 'स्थानिक ट्रांसक्रिपटोमिक्स और सिंगल-न्यूक्लियस आरएनए अनुक्रमण को एकीकृत करना गर्भाशय लेयोमोमा के लिए संभावित चिकित्सीय रणनीतियों का पता चलता है,',इंटरनेशनल जर्नल ऑफ बायोलॉजिकल साइंसेज, 19 (8), पीपी। 2515–2530। doi: 10.7150/ijbs.83510।
