MRNA-Seq (NGS) me ka haʻiʻana o Genome

MRNA-Seq (NGS) me ka haʻiʻana o Genome

ʻO RNA-Seq kahi mea hana maʻamau ma keʻano o ke ola a me nā Science Science ʻO kona ikaika e kū ai i kaʻikeʻana i nā kope hou a me ka heluʻana i kā lākou'ōlelo i hoʻokahi assay. Ua hoʻohana nuiʻia ia no ka hoʻohālikelikeʻana i nā haʻawina kākau'ōleloʻana, e pili ana i nā aniani e pili ana i nāʻano likeʻole a iʻole e hoʻohālikelike ana i nāʻano likeʻole. BMNLloud MRNA (E kuhikuhi) i ka heluʻana o ka hōʻikeʻana,ʻo ka helu helu likeʻole Hiki i nā mea hoʻohana ke hoʻouka i kā lākouʻikepili RNA-Seq Seq i ke ao, kahi e hāʻawi ai ka app i kahi hopena bionitatic Eia kekahi,ʻoi aku ia i kaʻike o ka mea kūʻai aku, e hāʻawi ana i nā hana pilikino i nā mea hoʻohana i nā mea hoʻohana i hoʻohanaʻia. Hiki i nā mea hoʻohana ke hoʻonohonoho i nā paramters a hoʻouna i ka misipela pipeline e lākou, e nānā i ka hōʻikeʻana i kaʻike

Nā hopena demo

Nā Minor Mining

Koi koi

Hoʻohana nuiʻia

Kamaʻilio

Nā hopena demo

Nā Minor Mining

Koi koi

Kahua:ʻO Mahaʻalalina, MGI
Kumuhana:Rna-seq
Papa: Papa, hoʻomaʻemaʻe i kaʻike.
Nā waihona puke:FR-UNTRABEDDED, FR-mua a iʻole FR-F-FECETRAND
Heluhelu Lele:150 BP
Kākau Kānāwai:* .ʻOiʻEʻEʻEʻE, * .FQ, * .Rev.gz a iʻole * .fz. E lilo ka'ōnaehanae hui pū i nā faila. Ho'ākāka e like me nā inoa file thier,eg * _1.Fastq Paired me * ._.
Ka helu o nā hiʻohiʻona:ʻAʻohe mea palena i ka heluo nā hiʻohiʻona, akā e hoʻonui ka manawa kiko'ī e hoʻonui i ka helu ogews grows.
Ka helu heluʻikepili:6g no kēlā me kēia hoʻohālike

Hoʻohana nuiʻia

ʻO nā mea nui nui a me nā mea hana nui bioinformatic o mrna-seq (kuhikuhi)Eia ka pipeline penei:

1.ʻO ka mana o Rawdata:

• ka weheʻana i nā pauku haʻahaʻa haʻahaʻa, adapteretc;

• Nā mea hana: kūkuluʻia ka hale ma ka piko pipeline;

2. Ke hoʻololiʻana o kaʻikepili i kahi'ōlelo a Genome:

• Ke heluhelu nei i nā heluhelu me kahi algorithm a me nā algorithm a me kaNā'ōlelo haʻi'ōlelo.

• Nā mea hana:Toat2, HAKUA

• E hoʻokomo i ka loiloi lōʻihi,ʻo ka weheweheʻana i ka loiloi Sangente, ETC;

• Nā mea hana:HAKUA;

4.ʻO ka hōʻike hoʻonohonoho hoʻonohonoho:

• Nā kiʻi kiko'ī Frlicing SPLINESSSISNovel bast, etct;

• Nā mea hana:Stondie, gffolutionpare, Gatk,Diamond.Cond.CH, Huipuna, aHMBER.

• deg laka, ka loiloi piliʻana, hanaenrichment;

•Nā hopena hōʻike'ē aʻe;

•RmeLihao tregseq, Ueo, ggplot2, Forxseq

Kamaʻilio

1. Kim, Daehwan et al. "ʻO keʻano o ka hoʻokele Genome Ronome a megenotyping me kānat2 a me kāna genoype. "Ke KūponoʻO Biotechnology Piotechnology37 (2019): 907 - 915.

2. M MONDNA, AERDO ET AT. "ʻO ka loiloi genomePalapalaʻana o Mapsenuce no ka hoʻopaʻa inoaʻana i ka DNAʻo DNAseequing data. "Hōʻike HAENE genome20 9 (2010): 1297-303.

3. L, heng et al. "ʻO keʻano o ka papa kuhikuhiNā Samtools. "Nāʻano bioniformatic25 (2009): 2078 - 2079.

4. Persona, mihaela et al. "E hoʻomaikaʻiʻia nā kaularecstruccutructs of a transcriptome mai rna-ceq heluhelu. "Ke KūponoʻO Biotechnology Piotechnology33 (2015): 290-295.

5. Aloha, Michael i. Et al. "ʻO ka manaʻo hoʻololi o ka hoʻololiʻana i ka loli aʻO ka mea kīnā no kaʻikepili RNA-Seq Seq me Deseq2. "GenomeLoea15 (2014): n. pag.

6 ^ E Eddy, Sean R .. "EXCELECERED Profile HMM."Plos ʻO ka hoʻohui hoʻohui7 (2011): n. pag.

MRNA-Seq (NGS) me ka haʻiʻana o Genome

MRNA-Seq (NGS) me ka haʻiʻana o Genome

E kiʻi i kahi'ōlelo

E hoʻouna i kāu leka iā mākou: