BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome Technical Scheme
Nā hiʻohiʻona
● Hoʻoholo: 5 µM
● Anawaena kiko: 2.5 µM
● Ka helu o nā kiko: ma kahi o 2 miliona
● 3 hiki ke hoʻopaʻa ʻia nā ʻāpana wahi: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm a i ʻole 15 mm * 20 mm
● Hoʻopiha ʻia kēlā me kēia pahu barcoded me nā mea mua i haku ʻia me 4 mau ʻāpana:
poly(dT) huelo no ka mRNA priming a me ka cDNA synthesis
Unique Molecular Identifier (UMI) no ka hoʻoponopono ʻana i ka manaʻo hoʻonui
Barcode āpau
Ke kaʻina hoʻopaʻa ʻana o ka helu helu ʻāpana 1 sequencing primer
● H&E a me ka ʻulaʻula o nā ʻāpana
● Hiki ke hoʻohanaʻenehana hoʻokaʻawale kelepona: ka hoʻohui ʻana o ka ʻili H&E, ka ʻulaʻula fluorescent, a me ke kaʻina RNA no ka hoʻoholo ʻana i nā palena o kēlā me kēia cell a kau pololei i ka hōʻike gene i kēlā me kēia cell.
Pono o BMKMANU S1000
●Hoʻoholo i lalo o ke kelepona: Loaʻa i kēlā me kēia wahi hopu he> 2 miliona spatial Barcoded Spots me ke anawaena o 2.5 µm a me kahi ākea o 5 µm ma waena o nā kikowaena kiko, e hiki ai i ka nānā ʻana i ka transcriptome spatial me ka hoʻonā sub-cellular (5 µm).
●ʻIkepili hoʻonā pae nui:ʻO ka loiloi multi-level hiki ke hoʻololi ʻia mai ka 100 μm a i ka 5 μm e hoʻoholo i nā hiʻohiʻona ʻokoʻa i ka hoʻonā maikaʻi loa.
● Hiki ke hoʻohana i "ʻEkolu i ka paheʻe hoʻokahi" ʻenehana Hoʻokaʻawale Pūnaewele:ʻO ka hoʻohui ʻana i ka ʻili fluorescence, H&E staining, a me RNA sequencing ma kahi paheʻe hoʻokahi, ʻo kā mākou "ʻekolu-i-hoʻokahi" algorithm loiloi e hoʻoikaika i ka ʻike ʻana i nā palena o nā cell no nā transcriptomics pili pūnaewele ma hope.
●Hoʻolike me nā pae hoʻonohonoho hoʻonohonoho lehulehu: Loaʻa nā NGS a me ke kaʻina heluhelu lōʻihi.
●Hoʻolālā maʻalahi o 1-8 ʻĀpana Hoʻopaʻa Paʻa: Hiki ke maʻalahi ka nui o ka wahi hopu, hiki ke hoʻohana i nā ʻano 3 (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm a me 15 mm * 20 mm)
●ʻOihana hoʻokahi: Hoʻohui ia i nā ʻike āpau a me nā ʻanuʻu e pili ana i ka mākaukau, me ka cryo-sectioning, staining, tissue optimization, spatial barcoding, hoʻomākaukau hale waihona, sequencing, a me bioinformatics.
●Nā Bioinformatics piha a me ka hoʻohana ʻana i nā hopena:Aia i loko o ka pūʻolo he 29 kānana a me 100+ mau kiʻi kiʻekiʻe, i hui pū ʻia me ka hoʻohana ʻana i nā polokalamu i kūkulu ʻia i loko o ka hale e nānā a hoʻopilikino i ka hoʻokaʻawale kelepona a me ka hui ʻana.
●ʻIkepili ʻIkepili a me ka ʻike ʻike: loaʻa no nā noi noiʻi like ʻole
●Pūʻulu ʻenehana akamai loa: me ka ʻike ma luna o 250 mau ʻano kiko a me 100+ mau ʻano me ke kanaka, ka ʻiole, ka mammal, ka iʻa a me nā mea kanu.
●Nā mea hou manawa maoli ma ka papahana holoʻokoʻa: me ka mana piha o ka holomua hoʻokolohua.
●ʻO ka ʻimi ʻana i ka hui pū me ka hoʻopaʻa ʻana o ka mRNA
Nā kikoʻī lawelawe
|
Laʻana Nā koi
| Hale Waihona Puke |
Hoʻolālā kaʻina
| Manaʻo ʻia ka ʻikepili | Ka Mana Mana |
| Nā laʻana cryo i hoʻokomo ʻia ma OCT, 3 poloka no kēlā me kēia laʻana | S1000 cDNA waihona | Illumina PE150 (nā papahana ʻē aʻe i loaʻa) | 100K PE heluhelu no 100 uM ( 60-150 Gb ) | RIN>7 |
No nā kikoʻī hou aku e pili ana i ke alakaʻi hoʻomākaukau laʻana a me ke kahe hana lawelawe, e ʻoluʻolu e kamaʻilio me aloea BMKGENE
Holo Hana Hana
Ma ka papa hoʻomākaukau laʻana, hana ʻia kahi hoʻāʻo hoʻāʻo RNA hoʻāʻo mua e hōʻoia i hiki ke loaʻa kahi RNA kiʻekiʻe. Ma ke kahua hoʻomaʻamaʻa kikoʻī ua ʻike ʻia nā ʻāpana a ʻike ʻia nā kūlana permeabilization no ka hoʻokuʻu ʻana o ka mRNA mai ka ʻiʻo. Hoʻohana ʻia ka protocol i hoʻopaʻa ʻia i ka wā o ke kūkulu ʻana i ka hale waihona puke, a ukali ʻia e ka sequencing a me ka nānā ʻana i ka ʻikepili.
Loaʻa ka holo kaʻa hana piha i ka manawa maoli a me ka hōʻoia ʻana o ka mea kūʻai aku e mālama i kahi loop pane pane, e hōʻoia i ka hoʻokō ʻana o ka papahana.
Hoʻopili ʻia nā ʻikepili i hana ʻia e BMKMANU S1000 me ka hoʻohana ʻana i ka polokalamu "BSTMatrix", i hoʻolālā kūʻokoʻa ʻia e BMKGENE, e hana ana i kahi Gene Expression Matrix. Mai laila mai, hana ʻia kahi hōʻike maʻamau e pili ana i ka mana o ka maikaʻi o ka ʻikepili, ka nānā ʻana i loko a me ka nānā ʻana i waena o ka hui.
● Mana Mana Pono ʻIkepili:
Hoʻopuka ʻikepili a me ka hāʻawi ʻana i ka helu maikaʻi
Ka ʻike ʻana i nā Gene ma kēlā me kēia wahi
Ka uhi ʻili
● Ka nānā 'ana i loko:
Gene waiwai
ʻO ka hōʻuluʻulu ʻana o nā kiko, me ka nānā ʻana i ke ana i hoʻemi ʻia
Ka nānā 'ana o ka 'ōlelo 'oko'a ma waena o nā pū'ulu: 'ike 'ana i nā genes marker
ʻO ka hōʻike kikoʻī a me ka hoʻonui ʻana i nā genes marker
● Ka nānā ʻana ma waena o ka hui:
ʻO ka hui hou ʻana o nā kiko mai nā laʻana ʻelua (e laʻa. ka maʻi a me ka hoʻomalu) a me ka hui hou
Ka ʻike ʻana i nā genes marker no kēlā me kēia pūʻulu
ʻO ka hōʻike kikoʻī a me ka hoʻonui ʻana i nā genes marker
Hōʻike ʻokoʻa o ka pūʻulu like ma waena o nā pūʻulu
Hoʻohui hou, ua hoʻomohala ʻo BMKGENE i ka "BSTViewer" he mea hoʻohana ʻoluʻolu e hiki ai i ka mea hoʻohana ke ʻike i ka hōʻike gene a me ka hui ʻana ma nā ʻōlelo hoʻoholo like ʻole.
Ua hoʻomohala ʻo BMKGene i nā lako polokalamu no ka nānā ʻana i nā mea hoʻohana
ʻO ka hui ʻana o ka BSTViewer ma kahi hoʻonā pae-nui
BSTellViewer: ka hoʻokaʻawale ʻokoʻa a me ka manual cell
Hoʻolāʻau i loko
Hoʻopili kiko:
ʻO ka ʻike ʻana i nā genes marker a me ka hoʻohele ākea:
ʻIkepili waena
Huihui ʻikepili mai nā hui ʻelua a me ka hui hou ʻana:
Nā genes marker o nā pūʻulu hou:
E ʻimi i nā holomua i hoʻokō ʻia e nā lawelawe spatial transcriptomics a BMKGene me ka ʻenehana BMKManu S1000 i kēia puke i hōʻike ʻia:
Mele, X. et al. (2023) 'Hōʻike nā transcriptomic spatial i nā pūnaewele chlorenchyma i hoʻokomo ʻia i ka māmā e pili ana i ka hoʻoulu ʻana i ka pana hou ʻana i ka callus tomato',Nā hana o ka National Academy of Sciences o ʻAmelika Hui Pū ʻIa, 120(38), p. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
ʻO ʻoe, Y. et al. (2023) 'Systematic hoʻohālikelike o ka sequencing-based spatial transcriptomic method',bioRxiv, p. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
