સ્પેસિફિક-લોકસ એમ્પ્લીફાઇડ ફ્રેગમેન્ટ સિક્વન્સિંગ (SLAF-Seq)
વર્કફ્લો
તકનીકી યોજના
સેવા સુવિધાઓ
● PE150 સાથે NovaSeq પર સિક્વન્સિંગ.
● ડબલ બારકોડિંગ સાથે લાઇબ્રેરીની તૈયારી, 1000 થી વધુ નમૂનાઓનું પૂલિંગ સક્ષમ કરે છે.
● આ ટેકનિકનો ઉપયોગ સંદર્ભ જિનોમ સાથે અથવા તેના વિના કરી શકાય છે, દરેક કેસ માટે અલગ-અલગ બાયોઇન્ફોર્મેટિક પાઇપલાઇન્સ સાથે:
સંદર્ભ જીનોમ સાથે: SNP અને InDel શોધ
સંદર્ભ જીનોમ વિના: નમૂના ક્લસ્ટરિંગ અને SNP શોધ
● માંસિલિકો માંપ્રી-ડિઝાઇન સ્ટેજ બહુવિધ પ્રતિબંધ એન્ઝાઇમ સંયોજનોને શોધવા માટે તપાસવામાં આવે છે જે જીનોમ સાથે SLAF ટૅગ્સનું સમાન વિતરણ ઉત્પન્ન કરે છે.
● પૂર્વ-પ્રયોગ દરમિયાન, 9 SLAF લાઇબ્રેરીઓ બનાવવા માટે 3 નમૂનાઓમાં ત્રણ એન્ઝાઇમ સંયોજનોનું પરીક્ષણ કરવામાં આવે છે, અને આ માહિતીનો ઉપયોગ પ્રોજેક્ટ માટે શ્રેષ્ઠ પ્રતિબંધ એન્ઝાઇમ સંયોજનને પસંદ કરવા માટે થાય છે.
સેવા લાભો
●ઉચ્ચ આનુવંશિક માર્કર શોધ: ઉચ્ચ-થ્રુપુટ ડબલ બારકોડ સિસ્ટમને એકીકૃત કરવાથી મોટી વસ્તીના એકસાથે અનુક્રમની અનુમતિ મળે છે, અને લોકસ-વિશિષ્ટ એમ્પ્લીફિકેશન કાર્યક્ષમતામાં વધારો કરે છે, તેની ખાતરી કરીને કે ટેગ નંબરો વિવિધ સંશોધન પ્રશ્નોની વિવિધ આવશ્યકતાઓને પૂર્ણ કરે છે.
● જીનોમ પર ઓછી અવલંબન: તે સંદર્ભ જીનોમ સાથે અથવા વગર જાતિઓ પર લાગુ કરી શકાય છે.
●લવચીક યોજના ડિઝાઇન: સિંગલ-એન્ઝાઇમ, ડ્યુઅલ-એન્ઝાઇમ, મલ્ટિ-એન્ઝાઇમ પાચન, અને વિવિધ પ્રકારના ઉત્સેચકો બધાને વિવિધ સંશોધન લક્ષ્યો અથવા પ્રજાતિઓને પૂર્ણ કરવા માટે પસંદ કરી શકાય છે. આસિલિકો માંશ્રેષ્ઠ એન્ઝાઇમ ડિઝાઇનની ખાતરી કરવા માટે પૂર્વ-ડિઝાઇન હાથ ધરવામાં આવે છે.
● એન્ઝાઇમેટિક પાચનમાં ઉચ્ચ કાર્યક્ષમતા: એક નું વહનસિલિકો માંરંગસૂત્ર (1 SLAF ટેગ/4Kb) પર SLAF ટૅગના સમાન વિતરણ સાથે અને પુનરાવર્તિત ક્રમમાં ઘટાડો (<5%) સાથે પ્રી-ડિઝાઇન અને પ્રી-પ્રયોગની ખાતરી આપેલ શ્રેષ્ઠ ડિઝાઇન.
●વ્યાપક નિપુણતા: અમારી ટીમ છોડ, સસ્તન પ્રાણીઓ, પક્ષીઓ, જંતુઓ અને જળચર સજીવો સહિતની સેંકડો પ્રજાતિઓ પર 5000 થી વધુ SLAF-Seq પ્રોજેક્ટને બંધ કરવાના ટ્રેક રેકોર્ડ સાથે દરેક પ્રોજેક્ટમાં અનુભવનો ભંડાર લાવે છે.
● સ્વ-વિકસિત બાયોઇન્ફોર્મેટીક વર્કફ્લો: BMKGENE એ અંતિમ આઉટપુટની વિશ્વસનીયતા અને ચોકસાઈની ખાતરી કરવા માટે SLAF-Seq માટે એક સંકલિત બાયોઇન્ફોર્મેટીક વર્કફ્લો વિકસાવ્યો છે.
સેવા વિશિષ્ટતાઓ
| વિશ્લેષણનો પ્રકાર | ભલામણ કરેલ વસ્તી સ્કેલ | સિક્વન્સિંગ વ્યૂહરચના | |
| ટૅગ સિક્વન્સિંગની ઊંડાઈ | ટેગ નંબર | ||
| આનુવંશિક નકશા | 2 માતાપિતા અને >150 સંતાનો | માતાપિતા: 20x WGS સંતાન: 10x | જીનોમ કદ: <400 Mb: WGS ની ભલામણ કરવામાં આવે છે <1Gb: 100K ટૅગ્સ 1-2Gb:: 200K ટૅગ્સ >2Gb: 300K ટૅગ્સ મહત્તમ 500k ટૅગ્સ |
| જીનોમ-વાઇડ એસોસિયેશન સ્ટડીઝ (GWAS) | ≥200 નમૂનાઓ | 10x | |
| આનુવંશિક ઉત્ક્રાંતિ | ≥30 નમૂનાઓ, દરેક પેટાજૂથમાંથી >10 નમૂનાઓ સાથે | 10x | |
સેવા જરૂરીયાતો
સાંદ્રતા ≥ 5 ng/µL
કુલ રકમ ≥ 80 એનજી
નેનોડ્રોપ OD260/280=1.6-2.5
એગેરોઝ જેલ: ના અથવા મર્યાદિત અધોગતિ અથવા દૂષણ
ભલામણ કરેલ નમૂના ડિલિવરી
કન્ટેનર: 2 મિલી સેન્ટ્રીફ્યુજ ટ્યુબ
(મોટા ભાગના નમૂનાઓ માટે, અમે ઇથેનોલમાં સાચવી ન રાખવાની ભલામણ કરીએ છીએ)
સેમ્પલ લેબલીંગ: સેમ્પલને સબમિટ કરેલ સેમ્પલ માહિતી ફોર્મ માટે સ્પષ્ટપણે લેબલ અને સમાન હોવું જરૂરી છે.
શિપમેન્ટ: ડ્રાય-આઈસ: સેમ્પલને પહેલા બેગમાં પેક કરીને ડ્રાય-આઈસમાં દાટી દેવાની જરૂર છે.
સેવા વર્કફ્લો
નમૂના QC
પાયલોટ પ્રયોગ
SLAF-પ્રયોગ
પુસ્તકાલયની તૈયારી
સિક્વન્સિંગ
ડેટા વિશ્લેષણ
વેચાણ પછીની સેવાઓ
નીચેના વિશ્લેષણનો સમાવેશ થાય છે:
- સિક્વન્સિંગ ડેટા QC
- SLAF ટેગ વિકાસ
સંદર્ભ જીનોમ માટે મેપિંગ
સંદર્ભ જીનોમ વિના: ક્લસ્ટરિંગ
- SLAF ટૅગ્સનું વિશ્લેષણ.: આંકડા, સમગ્ર જીનોમમાં વિતરણ
- માર્કર શોધ: SNP, InDel, SNV, CV કૉલિંગ અને એનોટેશન
રંગસૂત્રો પર SLAF ટૅગ્સનું વિતરણ:
રંગસૂત્રો પર SNP નું વિતરણ:
SNP એનોટેશન
| વર્ષ | જર્નલ | IF | શીર્ષક | અરજીઓ |
| 2022 | પ્રકૃતિ સંચાર | 17.694 | ગીગા-રંગસૂત્રોનો જીનોમિક આધાર અને વૃક્ષ પીનીના ગીગા-જીનોમ પેઓનિયા ઓસ્ટી | SLAF-GWAS |
| 2015 | નવા ફાયટોલોજિસ્ટ | 7.433 | ડોમેસ્ટિકેશન ફૂટપ્રિન્ટ્સ એગ્રોનોમિક મહત્વના જીનોમિક પ્રદેશોને એન્કર કરે છે સોયાબીન | SLAF-GWAS |
| 2022 | જર્નલ ઓફ એડવાન્સ્ડ રિસર્ચ | 12.822 | જી. હિરસુટમમાં ગોસીપિયમ બાર્બાડેન્સના જીનોમ-વ્યાપી કૃત્રિમ પ્રવેશ કપાસના ફાઇબરની ગુણવત્તા અને ઉપજમાં એક સાથે સુધારણા માટે શ્રેષ્ઠ સ્થાન જાહેર કરો લક્ષણો | SLAF-ઇવોલ્યુશનરી જીનેટિક્સ |
| 2019 | મોલેક્યુલર પ્લાન્ટ | 10.81 | પોપ્યુલેશન જીનોમિક એનાલિસિસ અને ડી નોવો એસેમ્બલી વીડીના મૂળને જાહેર કરે છે એક ઉત્ક્રાંતિ રમત તરીકે ચોખા | SLAF-ઇવોલ્યુશનરી જીનેટિક્સ |
| 2019 | નેચર જિનેટિક્સ | 31.616 | સામાન્ય કાર્પ, સાયપ્રિનસ કાર્પિયોની જીનોમ સિક્વન્સ અને આનુવંશિક વિવિધતા | SLAF-લિંકેજ નકશો |
| 2014 | નેચર જિનેટિક્સ | 25.455 | ખેતી કરેલ મગફળીનો જીનોમ લીગ્યુમ કેરીયોટાઇપ્સ, પોલીપ્લોઇડની સમજ આપે છે ઉત્ક્રાંતિ અને પાક પાળવું. | SLAF-લિંકેજ નકશો |
| 2022 | પ્લાન્ટ બાયોટેકનોલોજી જર્નલ | 9.803 | ST1 ની ઓળખ બીજ મોર્ફોલોજીના હિચહાઈકિંગ સાથે સંકળાયેલી પસંદગી દર્શાવે છે અને સોયાબીન પાળતી વખતે તેલનું પ્રમાણ | SLAF-માર્કર વિકાસ |
| 2022 | ઇન્ટરનેશનલ જર્નલ ઓફ મોલેક્યુલર સાયન્સ | 6.208 | ઘઉં-લેમસ મોલીસ 2Ns (2D) માટે ઓળખ અને ડીએનએ માર્કર ડેવલપમેન્ટ ડિસોમિક રંગસૂત્ર અવેજી | SLAF-માર્કર વિકાસ |
| વર્ષ | જર્નલ | IF | શીર્ષક | અરજીઓ |
| 2023 | વનસ્પતિ વિજ્ઞાનમાં ફ્રન્ટીયર્સ | 6.735 | Pyrus pyrifolia ના ફળ પાકવા દરમિયાન ખાંડની સામગ્રીનું QTL મેપિંગ અને ટ્રાન્સક્રિપ્ટમ વિશ્લેષણ | આનુવંશિક નકશો |
| 2022 | પ્લાન્ટ બાયોટેકનોલોજી જર્નલ | 8.154 | ST1 ની ઓળખ સોયાબીન પાળતી વખતે બીજ મોર્ફોલોજી અને તેલની સામગ્રીની હિચહાઇકિંગ સાથેની પસંદગી દર્શાવે છે
| SNP કૉલિંગ |
| 2022 | વનસ્પતિ વિજ્ઞાનમાં ફ્રન્ટીયર્સ | 6.623 | જીનોમ-વાઇડ એસોસિયેશન મેપિંગ ઓફ હલલેસ બેરલી ફેનોટાઇપ્સ ઇન ડ્રોટ એન્વાયર્નમેન્ટ.
| GWAS |
