-
સિંગલ- ન્યુક્લી આરએનએ સિક્વન્સિંગ
સિંગલ-સેલ કેપ્ચર અને કસ્ટમ લાઇબ્રેરી બાંધકામ તકનીકોના વિકાસ, ઉચ્ચ-થ્રુપુટ સિક્વન્સિંગ સાથે, સેલ સ્તરે જનીન અભિવ્યક્તિ અભ્યાસમાં ક્રાંતિ લાવી છે. આ સફળતા તમામ કોષો પર સરેરાશ જનીન અભિવ્યક્તિ સાથે સંકળાયેલી મર્યાદાઓને દૂર કરીને જટિલ કોષોની વસ્તીના ઊંડા અને વધુ વ્યાપક પૃથ્થકરણ માટે પરવાનગી આપે છે અને આ વસ્તીમાં સાચી વિજાતીયતાને જાળવી રાખે છે. જ્યારે સિંગલ-સેલ આરએનએ સિક્વન્સિંગ (scRNA-seq) ના નિર્વિવાદ ફાયદા છે, તે ચોક્કસ પેશીઓમાં પડકારોનો સામનો કરે છે જ્યાં સિંગલ-સેલ સસ્પેન્શનનું નિર્માણ મુશ્કેલ સાબિત થાય છે અને તેને તાજા નમૂનાઓની જરૂર પડે છે. BMKGene ખાતે, અમે અત્યાધુનિક 10X જેનોમિક્સ ક્રોમિયમ ટેક્નોલોજીનો ઉપયોગ કરીને સિંગલ-ન્યુક્લિયસ RNA સિક્વન્સિંગ (snRNA-seq) ઓફર કરીને આ અવરોધને દૂર કરીએ છીએ. આ અભિગમ સિંગલ-સેલ સ્તરે ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ વિશ્લેષણ માટે સક્ષમ નમૂનાઓના સ્પેક્ટ્રમને વિસ્તૃત કરે છે.
ન્યુક્લીનું આઇસોલેશન નવીન 10X જીનોમિક્સ ક્રોમિયમ ચિપ દ્વારા પરિપૂર્ણ થાય છે, જેમાં ડબલ ક્રોસિંગ સાથે આઠ-ચેનલ માઇક્રોફ્લુઇડિક્સ સિસ્ટમ છે. આ સિસ્ટમની અંદર, બારકોડ્સ, પ્રાઇમર્સ, એન્ઝાઇમ્સ અને એક ન્યુક્લિયસને સમાવિષ્ટ જેલ બીડ્સ નેનોલિટર-કદના તેલના ટીપાંમાં સમાવિષ્ટ કરવામાં આવે છે, જે જેલ બીડ-ઇન-ઇમલ્સન (GEM) બનાવે છે. GEM ની રચના પછી, સેલ લિસિસ અને બારકોડ રિલીઝ દરેક GEM માં થાય છે. ત્યારબાદ, mRNA અણુઓ 10X બારકોડ્સ અને યુનિક મોલેક્યુલર આઇડેન્ટિફાયર (UMIs) ને સમાવિષ્ટ કરીને, cDNAs માં રિવર્સ ટ્રાન્સક્રિપ્શનમાંથી પસાર થાય છે. આ cDNAs પછી પ્રમાણભૂત અનુક્રમ લાઇબ્રેરી બાંધકામને આધિન કરવામાં આવે છે, જે સિંગલ-સેલ સ્તરે જનીન અભિવ્યક્તિ પ્રોફાઇલ્સના મજબૂત અને વ્યાપક સંશોધનની સુવિધા આપે છે.
પ્લેટફોર્મ: 10× જીનોમિક્સ ક્રોમિયમ અને ઈલુમિના નોવાસેક પ્લેટફોર્મ
-
10x જીનોમિક્સ વિઝિયમ સ્પેશિયલ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ
અવકાશી ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમિક્સ એ એક અદ્યતન તકનીક છે જે સંશોધકોને તેમના અવકાશી સંદર્ભને સાચવીને પેશીઓની અંદર જનીન અભિવ્યક્તિ પેટર્નની તપાસ કરવાની મંજૂરી આપે છે. આ ડોમેનમાં એક શક્તિશાળી પ્લેટફોર્મ 10x જીનોમિક્સ વિઝિયમ છે જે ઇલુમિના સિક્વન્સિંગ સાથે જોડાયેલું છે. 10X વિઝિયમનો સિદ્ધાંત નિયુક્ત કેપ્ચર વિસ્તાર સાથે વિશિષ્ટ ચિપ પર રહેલો છે જ્યાં પેશી વિભાગો મૂકવામાં આવે છે. આ કેપ્ચર એરિયામાં બારકોડેડ સ્પોટ્સ હોય છે, જે પ્રત્યેક પેશીની અંદર એક અનન્ય અવકાશી સ્થાનને અનુરૂપ હોય છે. રિવર્સ ટ્રાંસ્ક્રિપ્શન પ્રક્રિયા દરમિયાન પેશીઓમાંથી કબજે કરેલા આરએનએ પરમાણુઓને પછી અનન્ય પરમાણુ ઓળખકર્તા (UMIs) સાથે લેબલ કરવામાં આવે છે. આ બારકોડેડ સ્પોટ્સ અને UMIs ચોક્કસ અવકાશી મેપિંગ અને જનીન અભિવ્યક્તિનું પ્રમાણીકરણ સિંગલ-સેલ રિઝોલ્યુશન પર સક્ષમ કરે છે. અવકાશી રીતે બારકોડેડ નમૂનાઓ અને UMIsનું સંયોજન જનરેટ થયેલ ડેટાની ચોકસાઈ અને વિશિષ્ટતાની ખાતરી કરે છે. આ અવકાશી ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમિક્સ ટેકનોલોજીનો ઉપયોગ કરીને, સંશોધકો કોશિકાઓના અવકાશી સંગઠન અને પેશીઓની અંદર થતી જટિલ પરમાણુ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓની ઊંડી સમજ મેળવી શકે છે, ઓન્કોલોજી, ન્યુરોસાયન્સ, ડેવલપમેન્ટલ બાયોલોજી, ઇમ્યુનોલોજી સહિત બહુવિધ ક્ષેત્રોમાં જૈવિક પ્રક્રિયાઓ અંતર્ગત મિકેનિઝમ્સમાં અમૂલ્ય આંતરદૃષ્ટિ પ્રદાન કરે છે. , અને બોટનિકલ અભ્યાસ.
પ્લેટફોર્મ: 10X જીનોમિક્સ વિઝિયમ અને ઈલુમિના નોવાસેક
-
પૂર્ણ-લંબાઈ mRNA સિક્વન્સિંગ-નેનોપોર
જ્યારે NGS-આધારિત mRNA સિક્વન્સિંગ એ જનીન અભિવ્યક્તિનું પ્રમાણ નક્કી કરવા માટે બહુમુખી સાધન છે, ટૂંકા વાંચન પર તેની નિર્ભરતા જટિલ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમિક વિશ્લેષણમાં તેની અસરકારકતાને પ્રતિબંધિત કરે છે. બીજી બાજુ, નેનોપોર સિક્વન્સિંગ લાંબા-વાંચવાની તકનીકનો ઉપયોગ કરે છે, જે પૂર્ણ-લંબાઈના mRNA ટ્રાન્સક્રિપ્ટના ક્રમને સક્ષમ કરે છે. આ અભિગમ વૈકલ્પિક સ્પ્લિસિંગ, જનીન ફ્યુઝન, પોલી-એડીનીલેશન અને mRNA આઇસોફોર્મ્સના પરિમાણના વ્યાપક અન્વેષણની સુવિધા આપે છે.
નેનોપોર સિક્વન્સિંગ, એક પદ્ધતિ કે જે નેનોપોર સિંગલ-મોલેક્યુલ રીઅલ-ટાઇમ ઇલેક્ટ્રિકલ સિગ્નલો પર આધાર રાખે છે, તે વાસ્તવિક સમયમાં પરિણામો પ્રદાન કરે છે. મોટર પ્રોટીન દ્વારા માર્ગદર્શિત, ડબલ-સ્ટ્રેન્ડેડ ડીએનએ બાયોફિલ્મમાં જડિત નેનોપોર પ્રોટીન સાથે જોડાય છે, જ્યારે તે વોલ્ટેજ તફાવત હેઠળ નેનોપોર ચેનલમાંથી પસાર થાય છે ત્યારે અનવાઈન્ડ થાય છે. ડીએનએ સ્ટ્રૅન્ડ પર વિવિધ પાયા દ્વારા પેદા થતા વિશિષ્ટ વિદ્યુત સંકેતોને વાસ્તવિક સમયમાં શોધી અને વર્ગીકૃત કરવામાં આવે છે, જે ચોક્કસ અને સતત ન્યુક્લિયોટાઇડ સિક્વન્સિંગની સુવિધા આપે છે. આ નવીન અભિગમ ટૂંકી-વાંચવાની મર્યાદાઓને દૂર કરે છે અને તાત્કાલિક પરિણામો સાથે જટિલ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમિક અભ્યાસો સહિત જટિલ જીનોમિક વિશ્લેષણ માટે ગતિશીલ પ્લેટફોર્મ પૂરું પાડે છે.
પ્લેટફોર્મ: નેનોપોર પ્રોમેથિયન 48
-
પૂર્ણ-લંબાઈની mRNA સિક્વન્સિંગ -PacBio
જ્યારે NGS-આધારિત mRNA સિક્વન્સિંગ એ જનીન અભિવ્યક્તિનું પ્રમાણ નક્કી કરવા માટે બહુમુખી સાધન છે, ટૂંકા વાંચન પર તેની નિર્ભરતા જટિલ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમિક વિશ્લેષણમાં તેના ઉપયોગને પ્રતિબંધિત કરે છે. બીજી બાજુ, PacBio સિક્વન્સિંગ (Iso-Seq) લાંબી-વાંચવાની તકનીકનો ઉપયોગ કરે છે, જે પૂર્ણ-લંબાઈના mRNA ટ્રાન્સક્રિપ્ટના ક્રમને સક્ષમ કરે છે. આ અભિગમ વૈકલ્પિક સ્પ્લિસિંગ, જનીન ફ્યુઝન અને પોલી-એડીનેલેશનના વ્યાપક અન્વેષણની સુવિધા આપે છે. જો કે, જનીન અભિવ્યક્તિના પ્રમાણીકરણ માટેના અન્ય વિકલ્પો છે કારણ કે જરૂરી ડેટાની ઊંચી માત્રાને કારણે. PacBio સિક્વન્સિંગ ટેક્નોલોજી સિંગલ-મોલેક્યુલ, રીઅલ-ટાઇમ (SMRT) સિક્વન્સિંગ પર આધાર રાખે છે, જે પૂર્ણ-લંબાઈના mRNA ટ્રાંસ્ક્રિપ્ટને કૅપ્ચર કરવામાં એક અલગ ફાયદો પ્રદાન કરે છે. આ નવીન અભિગમમાં શૂન્ય-મોડ વેવગાઇડ્સ (ZMWs) અને માઇક્રોફેબ્રિકેટેડ કૂવાઓનો ઉપયોગ શામેલ છે જે ક્રમ દરમિયાન DNA પોલિમરેઝ પ્રવૃત્તિનું વાસ્તવિક-સમય અવલોકન સક્ષમ કરે છે. આ ZMW ની અંદર, PacBio નું DNA પોલિમરેઝ DNA ના પૂરક સ્ટ્રૅન્ડનું સંશ્લેષણ કરે છે, લાંબા વાંચન ઉત્પન્ન કરે છે જે mRNA ટ્રાંસ્ક્રિપ્ટ્સની સંપૂર્ણતાને ફેલાવે છે. સર્ક્યુલર કન્સેન્સસ સિક્વન્સિંગ (CCS) મોડમાં PacBio ઑપરેશન એક જ પરમાણુને વારંવાર સિક્વન્સ કરીને સચોટતા વધારે છે. જનરેટ કરેલ HiFi રીડ્સ NGS સાથે સરખાવી શકાય તેવી ચોકસાઈ ધરાવે છે, જે જટિલ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમિક લક્ષણોના વ્યાપક અને વિશ્વસનીય વિશ્લેષણમાં આગળ ફાળો આપે છે.
પ્લેટફોર્મ: PacBio સિક્વલ II; PacBio Revio
-
યુકેરીયોટિક mRNA સિક્વન્સિંગ-NGS
mRNA સિક્વન્સિંગ, એક બહુમુખી તકનીક, ચોક્કસ પરિસ્થિતિઓ હેઠળ કોષોની અંદર તમામ mRNA ટ્રાન્સક્રિપ્ટ્સની વ્યાપક પ્રોફાઇલિંગને સશક્ત બનાવે છે. તેના વિશાળ શ્રેણીના કાર્યક્રમો સાથે, આ અદ્યતન સાધન જટિલ જનીન અભિવ્યક્તિ રૂપરેખાઓ, જનીન રચનાઓ અને વિવિધ જૈવિક પ્રક્રિયાઓ સાથે સંકળાયેલ મોલેક્યુલર મિકેનિઝમ્સનું અનાવરણ કરે છે. મૂળભૂત સંશોધન, ક્લિનિકલ ડાયગ્નોસ્ટિક્સ અને ડ્રગ ડેવલપમેન્ટમાં વ્યાપકપણે અપનાવવામાં આવેલ, mRNA સિક્વન્સિંગ સેલ્યુલર ડાયનેમિક્સ અને આનુવંશિક નિયમનની જટિલતાઓમાં આંતરદૃષ્ટિ પ્રદાન કરે છે, જે વિવિધ ક્ષેત્રોમાં તેની સંભવિતતા વિશે ઉત્સુકતા પેદા કરે છે.
પ્લેટફોર્મ: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
બિન-સંદર્ભ આધારિત mRNA સિક્વન્સિંગ-NGS
mRNA સિક્વન્સિંગ ચોક્કસ પરિસ્થિતિઓ હેઠળ કોષોની અંદર તમામ mRNA ટ્રાન્સક્રિપ્ટ્સની વ્યાપક પ્રોફાઇલિંગને સશક્ત બનાવે છે. આ અદ્યતન ટેકનોલોજી એક શક્તિશાળી સાધન તરીકે કામ કરે છે, જટિલ જનીન અભિવ્યક્તિ પ્રોફાઇલ્સ, જનીન બંધારણો અને વિવિધ જૈવિક પ્રક્રિયાઓ સાથે સંકળાયેલ મોલેક્યુલર મિકેનિઝમ્સનું અનાવરણ કરે છે. મૂળભૂત સંશોધન, ક્લિનિકલ ડાયગ્નોસ્ટિક્સ અને ડ્રગ ડેવલપમેન્ટમાં વ્યાપકપણે અપનાવવામાં આવેલ, mRNA સિક્વન્સિંગ સેલ્યુલર ડાયનેમિક્સ અને આનુવંશિક નિયમનની જટિલતાઓમાં આંતરદૃષ્ટિ પ્રદાન કરે છે.
પ્લેટફોર્મ: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
લાંબી નોન-કોડિંગ સિક્વન્સિંગ-ઇલ્યુમિના
લાંબા નોન-કોડિંગ આરએનએ (lncRNAs) 200 ન્યુક્લિયોટાઇડ્સ કરતાં લાંબા હોય છે જે ન્યૂનતમ કોડિંગ સંભવિત ધરાવે છે અને બિન-કોડિંગ આરએનએમાં મુખ્ય ઘટકો છે. ન્યુક્લિયસ અને સાયટોપ્લાઝમમાં જોવા મળતા, આ આરએનએ એપિજેનેટિક, ટ્રાન્સક્રિપ્શનલ અને પોસ્ટ-ટ્રાન્સક્રિપ્શનલ રેગ્યુલેશનમાં નિર્ણાયક ભૂમિકા ભજવે છે, જે સેલ્યુલર અને મોલેક્યુલર પ્રક્રિયાઓને આકાર આપવામાં તેમના મહત્વને રેખાંકિત કરે છે. LncRNA સિક્વન્સિંગ એ સેલ ડિફરન્સિએશન, ઑન્ટોજેનેસિસ અને માનવ રોગોમાં એક શક્તિશાળી સાધન છે.
પ્લેટફોર્મ: Illumina NovaSeq
-
નાના આરએનએ સિક્વન્સિંગ-ઇલ્યુમિના
નાના આરએનએ (એસઆરએનએ) પરમાણુઓમાં માઇક્રોઆરએનએ (મીઆરએનએ), નાના દખલ કરનારા આરએનએ (સીઆરએનએ), અને પીવી-ઇન્ટરેક્ટિંગ આરએનએ (પીઆરએનએ)નો સમાવેશ થાય છે. આ પૈકી, miRNAs, લગભગ 18-25 ન્યુક્લિયોટાઇડ્સ લાંબા, વિવિધ સેલ્યુલર પ્રક્રિયાઓમાં તેમની મુખ્ય નિયમનકારી ભૂમિકાઓ માટે ખાસ કરીને નોંધપાત્ર છે. ટીશ્યુ-વિશિષ્ટ અને સ્ટેજ-વિશિષ્ટ અભિવ્યક્તિ પેટર્ન સાથે, miRNAs વિવિધ જાતિઓમાં ઉચ્ચ સંરક્ષણ દર્શાવે છે.
પ્લેટફોર્મ: Illumina NovaSeq
-
CircRNA સિક્વન્સિંગ-ઇલ્યુમિના
સર્ક્યુલર આરએનએ સિક્વન્સિંગ (circRNA-seq) એ ગોળ આરએનએનું પ્રોફાઇલ અને વિશ્લેષણ કરવાનું છે, જે આરએનએ પરમાણુઓનો એક વર્ગ છે જે બિન-પ્રમાણિક સ્પ્લિસિંગ ઘટનાઓને કારણે બંધ લૂપ્સ બનાવે છે, આ આરએનએને વધેલી સ્થિરતા પ્રદાન કરે છે. જ્યારે કેટલાક circRNA ને માઇક્રોઆરએનએ સ્પંજ તરીકે કામ કરતા દર્શાવવામાં આવ્યા છે, માઇક્રોઆરએનએને અલગ કરે છે અને તેમને તેમના લક્ષ્ય mRNA ને નિયમન કરતા અટકાવે છે, અન્ય circRNA પ્રોટીન સાથે ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરી શકે છે, જનીન અભિવ્યક્તિને મોડ્યુલેટ કરી શકે છે અથવા સેલ્યુલર પ્રક્રિયાઓમાં ભૂમિકા ભજવી શકે છે. circRNA અભિવ્યક્તિ વિશ્લેષણ આ પરમાણુઓની નિયમનકારી ભૂમિકાઓ અને વિવિધ સેલ્યુલર પ્રક્રિયાઓ, વિકાસના તબક્કાઓ અને રોગની પરિસ્થિતિઓમાં તેમના મહત્વની આંતરદૃષ્ટિ પ્રદાન કરે છે, જે જનીન અભિવ્યક્તિના સંદર્ભમાં RNA નિયમનની જટિલતાની ઊંડી સમજણમાં ફાળો આપે છે.
-
સંપૂર્ણ ટ્રાન્સક્રિપ્ટમ સિક્વન્સિંગ - ઇલુમિના
સંપૂર્ણ ટ્રાન્સક્રિપ્ટમ સિક્વન્સિંગ વિવિધ આરએનએ પરમાણુઓ, સમાવિષ્ટ કોડિંગ (એમઆરએનએ) અને નોન-કોડિંગ આરએનએ (lncRNA, circRNA, અને miRNA) ની રૂપરેખા કરવા માટે વ્યાપક અભિગમ પ્રદાન કરે છે. આ ટેકનિક આપેલ ક્ષણે ચોક્કસ કોષોના સમગ્ર ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમને કેપ્ચર કરે છે, જે સેલ્યુલર પ્રક્રિયાઓની સર્વગ્રાહી સમજણ માટે પરવાનગી આપે છે. "કુલ આરએનએ સિક્વન્સિંગ" તરીકે પણ ઓળખાય છે, તેનો હેતુ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ સ્તરે જટિલ નિયમનકારી નેટવર્ક્સને અનાવરણ કરવાનો છે, જે સ્પર્ધાત્મક અંતર્જાત RNA (ceRNA) અને સંયુક્ત RNA વિશ્લેષણ જેવા ઊંડાણપૂર્વક વિશ્લેષણને સક્ષમ કરે છે. આ કાર્યાત્મક પાત્રાલેખન તરફના પ્રારંભિક પગલાને ચિહ્નિત કરે છે, ખાસ કરીને circRNA-miRNA-mRNA-આધારિત ceRNA ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ સાથે સંકળાયેલા નિયમનકારી નેટવર્કને ઉકેલવામાં.
